План был неплох, однако и его осуществить не удалось. Через сутки после ухода повстанцев в Усть-Лыжу добрались две группы вохровцев численностью 55 и 70 человек. Отдохнув, они отправились в погоню. Беглецы не смогли использовать этот временной разрыв, они задержались у оленеводов, вымотанные длительным бегством. Утром 28 января у стоянки Усть-Усинского оленесовхоза вохровцы настигли ретюнинцев. Начался бой. Отряд окопался на обоих берегах реки Лыжи и открыл огонь по преследователям. Перестрелка длилась до позднего вечера и окончилась победой повстанцев. Итог для ВОХР оказался печальным: 15 убитых, в том числе начальник отделения Севжелдорлага лейтенант госбезопасности Барбаров, 9 раненых, из которых двое скончались, 75 человек госпитализированы с обморожением. Но это была не столько заслуга зэков «отряда особого назначения № 41», сколько последствия бездарного руководства операцией по ликвидации восставших. Как отмечалось позднее в отчёте, «в результате неумелого выбора позиции и отсутствия руководства ведения огня значительная часть убитых бойцов перебита огнём собственных взводов». С наступлением темноты вохровцы бежали с поля боя. На следующий день в бой согласились идти только 35 человек из ста.
Но и повстанцев изрядно потрепали: они потеряли 16 человек убитыми. Оставалось около 30 человек, измученных, почти без боеприпасов. Они решили уходить, разбившись на группы, чтобы затеряться в тайге и тундре. Но спастись зимой, без поддержки местных жителей, в окружении вооружённого до зубов противника (против зэков задействовали даже авиацию) было невозможно. Уже 31 января были ликвидированы две небольшие группы беглецов, на следующий день в верховьях реки Малый Тереховей (175 км от Усть-Усы) преследователи взяли в кольцо основной отряд, где сосредоточились все руководители восстания. Бой длился почти сутки. Три повстанца погибли, боезапас был почти весь израсходован. И тогда шестеро загнанных зэков, в том числе Ретюнин, Макеев и Дунаев, застрелились. Двое — Яшкин и китаец Лю Фа — сдались.
Так завершились десять дней, которые потрясли Воркутлаг, а по большому счёту — весь ГУЛАГ. Достаточно сказать, что приказ № 72 от 28 января 1942 года «О ликвидации вооружённого бандитского выступления группы заключённых командировки Воркутлага “Усинский рейд” в районе Усть-Уса» подписал сам народный комиссар внутренних дел СССР Лаврентий Павлович Берия.
Всё было кончено, хотя по тайге ещё долго вылавливали отдельных повстанцев. Более чем через месяц, 3 марта, опергруппа обнаружила в охотничьей избушке недалеко от деревни Куш-Шор трёх вооруженных беглецов, которые оказали сопротивление и были уничтожены (со стороны преследователей погиб местный охотник-проводник). 4 марта в верховьях реки Лыжа задержаны в шалаше ещё пятеро участников Усть-Усинского восстания. Они не оказали сопротивления. Несмотря на это, по приказу командира опергруппы троих в ходе следования пристрелили — «потому что их трудно было доставить в Усть-Усу».
Итого за время восстания и его ликвидации повстанцы потеряли 54 человека убитыми (включая шестерых самоубийц). Со стороны их противников потери составили убитыми и умершими вследствие тяжелых ранений — 33 человека, ранеными — 20 человек, а также 75 человек обмороженных (по другим данным — 52 человека).
9 августа 1942 года решением суда 50 обвиняемых по делу об Усть-Усинском восстании были приговорены к расстрелу. Среди них оказались и те, кто в бунте не участвовал, даже «политики» из других лагерей. Приговор был приведён в исполнение через несколько дней в Сыктывкаре. А уже 20 августа по всем лагерям и колониям НКВД разослана из Москвы докладная записка «Об усилении контрреволюционных проявлений в ИТЛ НКВД», где содержалось указание о немедленном аресте заключённых, «на которых имеются материалы об антисоветской работе в лагерях и колониях, высказывающих повстанческие настроения, а также ведущих подготовку к побегам». До конца года за «повстанчество» к ответственности было привлечено 2335 человек.