А 9 января 1964 года, через две недели после объявления приговора, Николай Хмара умер в Барнаульском СИЗО. Семье принесли телеграмму о смерти 11 января.
Родственники получили из тюрьмы тело Николая Кузьмича. Закрытый гроб привезли в Барнаул. Братья открыли гроб и, увидев тело, ужаснулись. Тело было изуродовано… Тут же отправили телеграмму на имя Брежнева:
«После суда в тюрьме над заключёнными производятся пытки. Двое ещё живы — Хмара и Субботин, а третий умер, не выдержал произвола краевого суда и тюрьмы. Избито всё тело, пальцы пожжены, голова не имеет формы, тело всё в кровоподтёках, язык вырван. Народ приходит в ужас. Просим Вашего вмешательства. Тело хранится до Вашего ответа».
Позднее в открытом письме евангельские христиане-баптисты Алтайского края дали ещё более полную картину: «На руках видны следы от наручников, ладони рук, пальцы и подошвы ног пожжены, нижняя часть живота имеет следы выжженных ран в виде проколов острыми раскалёнными предметами, правая нога опухшая, ступни обеих ног имеют следы пробоин, на теле — следы ссадин и синяков». Как будто бы повторилась история с гонениями христиан в Римской империи — разве что львами не травили…
Можно только предполагать, что эта же информация отправилась в международные организации, и именно потому дело получило огромный резонанс. На место выехала правительственная экспертная комиссия. До её прибытия с 12 по 16 января шли богослужения, похороны откладывались. И — невиданное дело! — судебно-медицинская экспертиза и Генеральный прокурор СССР признали не только факт насильственной смерти Николая Хмары, но и незаконность возбуждения против него уголовного преследования:
«Совершенно необоснованно только за свои религиозные убеждения был привлечен к уголовной ответственности и осуждён… Хмара Н. К. Причём во время его содержания под стражей начальник Славгородского следственного изолятора УООП Алтайского края майор Нестеров, находясь на службе в нетрезвом виде, избил заключённого Хмару Н. К., а заместитель начальника изолятора Анипко при этапировании больного Хмары в г. Барнаул преступно-халатно отнёсся к обеспечению надлежащих условий перевозки заключённых в холодное время года, вследствие чего у Хмары были обморожены пальцы обеих ног, наступило общее переохлаждение тела, которое повлекло заболевание Хмары воспалением лёгких и его смерть…
Должностные лица, виновные в смерти Хмары, были привлечены к уголовной ответственности…»
Вмешательство правительственной комиссии не позволило местным чиновникам исполнить «частное определение» Алтайского краевого суда «О передаче несовершеннолетних детей Субботина Ф. И., Хмары Н. К. и Хмары В. К. в детские учреждения». Хотя первое время Марию Хмару вызывали в школу, в милицию, к следователю… Она вспоминала: «Шло время, дети оставались в семье, а злобно настроенные люди возмущались: “Почему у неё не отбирают детей?!” Дочь Надя (первоклассница) каждое утро со слезами говорила: “Мама, я не хочу идти в школу, меня заберут в интернат…”»
После мученической смерти Николая Хмары был создан Совет родственников заключённых. Эта организация отправила в Генеральную прокуратуру СССР, КГБ и Совет по делам религий при СМ СССР заявление, где были изложены факты незаконных преследований верующих. Председатель Президиума Верховного Совета СССР Анастас Микоян дал распоряжение «истребовать и изучить все дела в отношении верующих евангельских христиан-баптистов, привлечённых в 1961–1964 гг. по ст. 227 УК РСФСР и соответствующим статьям УК других республик, обеспечив опротестование каждого необоснованного приговора и постановления суда». И.о. Генерального прокурора СССР Михаил Маляров 10 сентября 1964 года заявил:
«Субботин Фёдор, Хмара Николай, Хмара Василий и Хмара Любовь осуждены необоснованно… Они являлись членами религиозного объединения ЕХБ, деятельность которого разрешена законом. Поэтому деятельность группы баптистов, в которую входили осуждённые, не может считаться нелегальной, независимо от того, что группа не была зарегистрирована местными органами власти.
Нет ничего преступного в том, что осуждённые выступали против Всесоюзного Совета евангельских христиан-баптистов и высказывали недовольства руководителями церкви по внутрицерковным делам, в которые государство не вмешивается.