Нередка в тайге белка, которая здесь зимой темно-серая, а летом смолисто-черная. Особенно много ее в кедровниках и зарослях кедрового стланика, но в последние годы количество белок заметно сократилось. Обычна в заповеднике летяга, но довольно редок заяц-беляк.
В гольцах, на горных лужайках, затерявшихся среди каменистых россыпей и зарослей кедрового стланика, постоянно слышен короткий и резкий свист черношапочного сурка. Выждав немного, пока уляжется тревога, можно увидеть и самих зверьков, сидящих на камнях. Колонии сурков чаще встречаются в верховьях рек и горных ключей; здесь на зеленых лужайках зверьки кормятся сочной травой. К осени черношапочный сурок переходит на орехи кедрового стланика. Только этот необычайно питательный корм в суровых гольцах севера обеспечивает суркам большие жировые запасы на период длинной зимней спячки и голодной поздней весны. Уже в конце сентября, накопив до 2 килограммов жира, сурки сменяют летние убежища среди камней на глубокие зимние норы. Только в середине мая, когда появляются первые проталины на южных склонах, сурки выходят на поверхность. В это время они долго пасутся на зеленеющих лугах, отыскивают насекомых или блаженно греются, распластавшись на теплых камнях, согретых весенним солнцем.
В заповеднике проходит юго-западная граница ареала черношапочного сурка, и численность его здесь невелика. К тому же раньше в этих местах был интенсивный промысел, резко сокративший количество сурков. Теперь поголовье их медленно восстанавливается.
Там же, где и сурки, в каменистых россыпях, шныряют бесчисленные северные пищухи. Тонкий, похожий на птичий свист сопровождает каждого путника среди россыпей и скал гольцового и таежного поясов гор. Уже в начале августа под каменными плитами можно найти их запасы — тщательно высушенные травы, веточки березы или ивы. Эти запасы сена — большое подспорье зверькам, деятельным всю долгую зиму.
В тундрах гольцовой зоны можно поймать саянскую высокогорную полевку, но самые многочисленные мышевидные грызуны здесь, как и повсюду в заповеднике, красные и красно-серые полевки. По берегам рек, особенно в нижнем поясе, много полевок-экономок; здесь же найден лесной лемминг. Редка в заповеднике большая лесная мышь: для нее условия Подлеморья слишком суровы.
Один из самых замечательных зверей этого края — байкальская нерпа. Есть все основания считать, что этот эндемичный для Байкала вид тюленя проник сюда в ледниковую эпоху, очевидно, через Лену. Древний сток Байкала в Лену через Баргузинскую долину и Витим кажется более вероятным путем проникновения нерпы и омуля, чем путь через систему Енисей — Ангара. Так или иначе, ближайший родич байкальской нерпы — кольчатая нерпа обитает в Ледовитом океане.
Байкальская нерпа весит до 100 килограммов, она буровато-серебристо-серая сверху и более светлая снизу. В акватории заповедника нерпа встречается повсюду, но чаще между устьями рек Большой и Таркулика. Почти всю жизнь нерпа проводит в воде, но не реже чем каждые 20 минут она должна подниматься на поверхность за воздухом. Для этого зимой она пользуется специальными отдушинами, которые делает во льду в период ледостава и поддерживает их в течение всей зимы. В воде нерпа плавает со скоростью около 18 километров в час, но по берегу или льду передвигается в четыре раза медленнее. Питается байкальская нерпа рыбой, главным образом голомянкой и бычками. Она не приносит вреда рыбному хозяйству.
В феврале — марте у нерпы рождаются детеныши, чаще один, редко два, покрытые густым белым мехом. В снежных сугробах среди торосов мать устраивает для них лежбища. Лишь небольшое отверстие в снежном своде для доступа воздуха и лунка, ведущая под лед, сообщает это гнездо с внешним миром. Нерпенок быстро растет. Мать кормит его молоком около трех месяцев, но уже с первых дней начинает подкармливать рыбой. Через две-три недели нерпенок сбрасывает белый мех, а еще через две недели сам начинает ловить рыбу. Размножаться нерпы начинают на третьем-четвертом году жизни.
В апреле на лед выходят все звери и устраивают залежки по нескольку десятков голов. В мае — июне происходит спаривание. Вскоре, когда распадается лед, нерпы выходят на береговые лежбища. Они любят вылезать на каменистые берега и подолгу лежать недалеко от воды. Особенно известны излюбленные лежбища байкальской нерпы на Ушканьих островах.
Всего на Байкале сейчас насчитывается 25–30 тысяч нерп. На байкальскую нерпу вне заповедника раньше охотились, добывая ежегодно 1,5–3 тысячи зверей. Ценился жир, составляющий до половины общего веса зверя, а также шкура.
Типична для баргузинской тайги и интересна фауна птиц заповедника.
Чаще всего в тайге слышатся голоса буроголовых гаичек, резкие крики поползней, мелодичные песни зорничек и зеленых пеночек, тихие, нежные голоса синехвосток. Постоянно встречаешь горластых кедровок, трехпалых дятлов, соек и кукш. В некоторые годы бывает очень много клестов-еловиков и белокрылых клестов.
В прибрежной полосе Байкала, куда ни глянь, видны белые трясогузки, постоянно слышны крики кулика-перевозчика, песни дубровника, чечевицы, белошапочной овсянки. В щелях береговых утесов гнездятся белопоясные стрижи, реже можно видеть стремительно летящих над водой иглохвостых стрижей. На обломанных бурей вершинах лиственниц и кедров устраивают свои гнезда орланы-белохвосты; этих мощных птиц почти всегда можно встретить летящими вдоль побережья.
На пролете бывает особенно много чирков, крякв, шилохвости, тысячами летят гуси-гуменники. Однако в заповеднике гнездится не так уж много водоплавающей птицы, чаще других встречаются на гнездовье длинноклювый и большой крохали, гоголи, чирки-свистунки, широконоски.
Гольцы заповедника оживляют сочные голоса щуров и многочисленных чечевиц, переливчатые песни горных коньков и щебет горных трясогузок.
Кроме рябчиков, куриных в заповеднике немного. Каменного глухаря можно встретить по склонам отрогов гор, сбегающих к Байкалу в кедрово-сосновых и сосново-лиственничных лесах. Особенно много его в борах на древних байкальских террасах и заболоченных равнинах по долинам рек. В отличие от обыкновенных глухарей он почти круглый год кормится на земле ягодами брусники, голубики и шикши. Зимой кроме ягод его корм составляет хвоя молодых кедров и очень редко сосны. Песня каменного глухаря похожа на начало песни обыкновенного глухаря; она состоит из убыстряющихся щелчков, сливающихся в трель. Во время песни птица очень осторожна, ни на минуту не становится глухой. Это делает очень трудным скра-дывание ее на весенней охоте. Более легкие и стройные, чем обыкновенный глухарь, иссиня-черные, с белыми пятнами на крыльях и хвосте каменные глухари во время тока кружатся один возле другого, напоминая косачей. Около каждого петуха на токах собирается до десятка глухарок. Птенцы каменного глухаря похожи на тетеревят коричневой шапочкой, однако, как и у пуховичков обыкновенного глухаря, у них темные полоски вдоль спины.
Отметим, что тетерева, как и косули, в заповеднике нет, хотя они встречаются севернее и южнее Подлеморья. Довольно редки в заповеднике белая и тундряная куропатки. Недалеко от современных границ заповедника обитает обыкновенный глухарь, дающий помеси с каменным. Гнездится по долинам рек немой перепел.
В заповедной акватории, как и всюду в Байкале, известно около 50 видов рыб, среди которых, вероятно, самые примечательные — голомянки, относящиеся к эндемичному для Байкала семейству голомянковых. Оба вида этих небольших рыбок (до 20 сантиметров длиной) имеют голое, без чешуи, стеклянно-матовое, прозрачное тело, лишенное брюшных плавников. Напротив, грудные плавники голомянок очень длинные, достигающие почти половины длины тела. Голомянки не выносят теплой воды и живут большую часть времени на больших глубинах, где температура всего 3–4°. Уже при 7–9° они погибают от перегрева, поэтому поднимаются к поверхности редко, обычно ночью, а к берегам подходят только осенью. Плавательного пузыря у этих рыбок нет, но их поддерживает в воде огромное количество жира, составляющего до 35 процентов веса тела. Голомянка на сковороде почти нацело растапливается, но вкусный жир ее у местных жителей считается лечебным и действительно содержит много витаминов.