В конце XVI века, при саксонском короле Августе II, была предпринята безуспешная попытка перевезти зубров в Германию. В начале XVII века неумеренные охоты и суровые зимы привели к исчезновению из Пущи благородного оленя.
В середине столетия, при Августе III, охоты опять приобрели вид пышной забавы. Был построен новый охотничий замок, большой загон зверинца «Вилка Клетна» превратили в место охоты для короля и вельмож. Команда егерей загоняла сюда зверей, вылавливала в Пуще молодых зубров, оленей и кабанов и, выкармливая их, подготовляла королевские охоты. Перед охотой из большого зверинца животных перегоняли в специальный внутренний загон, откуда шел узкий коридор среди леса. На некотором расстоянии вдоль коридора были построены беседки-штанды. Прибывший король, его свита и гости располагались в беседках. Проход из загона в коридор открывали, и животные, пробегая по коридору, попадали под выстрел. В ознаменование одной из таких «больших охот» в 1752 г., когда было убито 42 зубра, в Беловеже поставили обелиск, существующий до сих пор.
В 1794 году Беловежская пуща отошла к России. Екатерина II раздала часть земель Пущи и мало интересовалась судьбой этого уже тогда единственного в Европе леса, где водились зубры. В Пуще была разрешена охота на все виды дичи, кроме зубров, за что взымали плату 4 рубля 80 копеек в пользу казны. В результате в эти годы резко сократилось число зверей, а медведи и бобры были истреблены совсем. Будучи покровительницей академических наук, Екатерина охотно давала разрешение на отстрел зубров для чучел и скелетов. В это время и позднее, при Николае I, большинство музеев Европы получали экспонаты из Беловежской пущи.
Указ Александра I об охране и учете зубров, изданный в 1802 году, мало изменил положение, и к 1809 году их в Пуще осталось всего 350 голов. В 1811 году грандиозный пожар, который длился почти четыре месяца, уничтожил огромные массивы Пущи. В следующем году Беловежская пуща стала театром военных действий. Несмотря на то что основная армия Наполеона избегала дремучих лесов Пущи, отдельные отряды и фуражиры проходили через них, убивали зубров и грабили дворец в Беловеже.
Еще больший урон Беловежской пуще нанесли военные события 1830–1831 годов, во время которых погибло много зубров. В конце 30-х и начале 40-х годов в Пуще возобновились усиленные рубки корабельного леса. В этот период весь лесной массив разбили на 541 двухверстовой квартал и просеки рубили в течение 5 лет. Всю Пущу разделили на пять лесничеств с двумя объездами и двенадцатью обходами в каждом.
Для показа зверей гостям устраивались большие загоны, в которых участвовало до двух тысяч крестьян. В этот период процветало браконьерство, особенно на лося и косулю, причем главными браконьерами были сами охранители леса. Под выстрел попадали и зубры, поскольку штраф был всего 25 рублей. Один иностранец не без иронии заметил, что выгодно вносить штраф вперед, поскольку за границей только за голову зубра давали до 500 рублей, а мясо и шкура имели свою цену. Большое зло Пуще наносили также хищники, особенно волки, борьба с которыми не велась. Следующая «большая охота» была устроена в 1860 году Александром II. Подготовка к этой охоте велась более трех недель. Две тысячи крестьян, несколько сот стражников и стрелков сгоняли зубров и все, что попадалось, не исключая зайцев, в заранее огороженное урочище Грибовец. Кроме того, во всех казенных лесах губернии зверей ловили и в клетках доставляли в зверинец. Ко дню охоты собрали 117 зубров, 3 лося, 14 ланей, 23 кабана, 36 косуль, 17 волков и др. За два дня охоты было убито 28 зубров, и, конечно, заложен памятник «в воспоминание высочайшей охоты». Польза от этой охоты состояла в том, что на Пущу обратили внимание и запретили охоту без специального царского разрешения, зверинец, устроенный для царской охоты, сделали постоянным и организовали систематическую борьбу с волками. В 1865 году в Беловежскую пущу из Силезии завезли 20 оленей, стали подкармливать вольных зубров.
К 1888 году, когда Беловежская пуща была передана в удельное ведомство, т. е. в собственность царской семьи, положение изменилось. Была ограничена рубка леса и пастьба скота в лесу. Проведено новое лесоустройство, построены дороги, почти истреблены волки. В результате заметно возросло поголовье зверей, в том числе оленей, лосей, косуль, кабанов. И все же звери и леса в Пуще были далеко не в лучших условиях. Даже в зверинце, где содержалось 8 зубров и 250 оленей, животные не получали полноценного питания (продовольствие отпускалось только на 100 голов). Понятно, что олени слабели, мельчали, рога их были тонкие, белесые, неправильной формы.
Вскоре неблагополучное положение с Пущей стало очевидным. «Все видели, — писал великолепный знаток Пущи В. Карцев, — что богатейшее угодье, которому нет равного в мире, нельзя содержать в постоянном опасении перерасходовать несколько лишних рублей и что охотничье хозяйство в нем необходимо отдать в руки специалистов…»
В связи с этим перед Беловежской пущей были поставлены новые задачи — создать охотничье угодье, богатое не только зубрами, но и самой разнообразной дичью, в сочетании с хорошим лесным хозяйством. Рубка лесов проводилась только выборочная, в виде уборки сухостоя, а для подкормки копытных ежегодно рубили 6–8 тысяч осин. В Пущу продолжали усиленно завозить зверей, главным образом оленей и ланей. В результате усилившейся охраны и завоза новых животных численность копытных стала быстро возрастать.
Однако отсутствие знаний о потребностях диких животных, а также соответствующих лесохозяйственных работ вскоре привело к катастрофическому положению с кормами в лесу. Это противоречие безуспешно пытались решить искусственной подкормкой. Так, ассигнования на заготовки искусственных кормов с 1895 по 1901 год возросли в 21 раз. Но и это не помогло, и кажущийся вначале поразительный успех в охотничьем хозяйстве превратился в свою противоположность. К 1907 году в Беловежской пуще уже жило более 5 тысяч оленей, более 5 тысяч косуль, 1250 ланей, около 700 лосей и более 600 зубров. Однако рога у лосей были без лопат, плохие рога имели и олени. Все больше истощались запасы кормов, и прокормить зверя было невозможно.
Перед империалистической войной 1914 года большая часть лесов Беловежской пущи лишилась подлеска и подроста. Как писал известный ученый О. К. Врублевский, растущие деревья были разделены горизонтальной линией на два этажа. Первый (верхний) этаж — зелень веток, покрытых листьями; второй (нижний) — далеко просвечивающее пространство, где видны лишь одни стволы. Линия раздела лежала на высоте морды копытного. Лесу грозила гибель, часто наблюдался падеж и среди зверей, зубры почти перестали размножаться.
Так Пуща дала наглядный урок, что значит ведение охотничьего хозяйства без настоящей научной основы, показав при этом, что абсолютная охрана леса и зверей при отсутствии хищников далеко не лучшая форма ведения хозяйства.
В 1915 году Беловежская пуща вновь стала ареной военных действий. В результате браконьерства и болезней число зверей резко сократилось. За 5 лет зубры были полностью уничтожены. 22 зубра были вывезены в Германию. Последнего зубра в Пуще убили 12 апреля 1919 года. В 1929–1930 годах в Беловежскую пущу завезли трех зубров, и таким образом началось восстановление этого вида. В последующие годы богатства Пущи, принадлежавшие панской Польше, подвергались усиленной эксплуатации. По узкоколейным дорогам вывозили леса, концессионные фирмы рубили многовековые дубы, сплошные рубки оголили целые массивы леса. Лишь небольшие участки оставляли заповедными, где усиленно развивался туризм.
В 1939 году Беловежская пуща вошла в состав Советского Союза и в 1940 году объявлена государственным заповедником. Однако нагрянула Отечественная война, и в 1941–1944 годах Пуща находилась на оккупированной врагом территории.