Весна наступает рано, и последние морозы обычно бывают в середине февраля; первые осенние заморозки случаются в начале ноября.
Количество осадков невелико — 250 миллиметров — и значительно колеблется по годам (от 100 до 460 миллиметров). Больше всего их выпадает в марте; с мая по октябрь осадков ничтожно мало. Снеговой покров практически отсутствует или бывает очень непродолжительное время и далеко не ежегодно.
Растительность. Благодаря значительному количеству осадков и общей приподнятости территории растительность Бадхыза довольно богата. Флора Бадхыза составлена примерно 700 видами, при этом около 10 процентов видов их эндемичны; здесь много ирано-афганских видов, как, например, тюльпан кушкинский, кузиния бадхызская.
Фон первого яруса растительности Бадхыза составляют мятлики и осочки, образующие сплошной зеленый ковер, украшенный множеством весенних однолетников — маками, маль-кольмиями, ремерией. Позже поднимаются эфемероиды: тюльпаны, ирисы, иксиолирион, пустынноколосник, гусиные луки, катран, живокость, затем полыни, пижмы, кузинии и солянки. Над всем этим высятся громадные зонтичные ферулы и доремы, экологически замещающие кустарники, что создает совершенно своеобразный ландшафт субтропических полусаванн.
Бадхызские степи необычайно колоритны и красочны весной. Еще из-под снега, если он был, поднимаются и зацветают в феврале меранеры. В марте появляется гусиный лук, и от него холмы (баиры) кажутся зеленовато-желтыми. В конце марта зацветают тюльпаны: сперва желтый на каменистых склонах ущелий, затем красный. Почти одновременно зацветают ремерия и малькольмии. В это время над степью пахнет сиренью от огромного количества цветов крупноцветной фиолетовой малькольмии, а в пойме Кушки образуются кроваво-красные поляны цветущей ремерии. На песках желтеют плотные шапки цветущей пижмы. На неделю или две позднее зацветают маки, а в середине апреля — ферулы. Зелено-белые поля цветущего пустынноколосника двугубого покрывают степи в конце апре ля. В это время в фисташковых рощах, по зеленым склонам разбрасывает свои белые шары цветущий катран. В мае цветут каспийский и гигантский луки, астрагалы. В каменистых ущельях особенно причудливо выглядят метровые стрелки гигантского лука с темно-фиолетовым шаром наверху. В мае цветут мальвы, псоралея, верблюжья колючка; до конца месяца еще цветет живокость, окрашивая склоны в желтый цвет, но большинство эфемеров и эфемероидов уже засыхают. К июню зеленеют только полыни, верблюжья колючка и псоралея.
Ландшафт на западе Бадхыза, где растет фисташка, именуют фисташковой саванной. Здесь, на склонах гор и холмов, разбросаны отдельные деревья высотой 5–7 метров. Толстый ствол фисташки на высоте около полуметра начинает ветвиться, образуя широкую крону. В ущельях можно найти небольшие деревья афганского инжира и тополя-туранги. Кое-где по каменистым склонам растет колючий миндаль.
Наконец, в наиболее опустыненной части Бадхыза, в котловине Ер-Ойлан-Дуз, встречаются участки, поросшие черным саксаулом, а на корках пухлых солончаков обильны солянки. После того как выгорают эфемеры и эфемероиды, Бадхыз местами, особенно в котловинах, в июле — августе напоминает пустыню.
Животный мир. Богат и своеобразен животный мир Бадхыза. Господствуют степные виды животных, но благодаря южному положению заповедника сюда проникли и пустынные виды. Здесь известно около 35 видов пресмыкающихся, 40 видов зверей и около 250 видов птиц.
Пресмыкающиеся Бадхыза разнообразны и обильны, поэтому играют немаловажную роль в жизни биоценозов. Весной, в период наибольшей активности, обращают на себя внимание многочисленные сухопутные черепахи. Например, вдоль реки Теджен в полынно-эфемерово-мятликовой степи мы насчитали в среднем 16 черепах на 1 километр пути. Еще больше степных агам, особенно в восточных частях Бадхыза, где весной ежеминутно встречаешь их самцов с ярко-синим горлом. По обрывам впадин и оврагов нередко можно найти и другую крупную ящерицу в оранжевых пятнах — хорасанскую агаму. Многочисленные длинноногие сцинки и семь видов ящурок играют важную роль в питании хищных птиц, зверей и змей Бадхыза, особенно в годы низкой численности мелких грызунов. В фисташковых рощах достаточно обычны, но малозаметны азиатские гологлазы, а в пустынных котловинах — пять видов гекконов и самая крупная наша ящерица — серый варан. Эта огромная ящерица, распространенная от Африки до Западной Индии и юга Средней Азии, достигает более полутора метров длины. Как сухопутный крокодил, она скитается по пустыне в поисках песчанок, ящериц, молодых черепах, птиц и змей. При встрече с человеком варан шипит, сильно раздувает тело, бьет хвостом направо и налево, раскрывает пасть и пытается укусить. Своими острыми зубами он может нанести глубокую рану, а удар его хвоста оставляет багровый след на коже.
Из змей сравнительно часто встречаются разноцветный и краснополосый полоз; немало ядовитых гюрз, особенно в фисташках. По впадинам много эф и хорошо имитирующих их, но не ядовитых бойг. Здесь же, особенно по саксаульникам, обычны стрела-змея, похожая на нее песчаная змея и три вида удав-чиков. Кобр в Бадхызе больше, чем в других районах Советского Союза.
Фауна птиц Бадхыза также своеобразна. Здесь, как и в других степях, господствуют жаворонки (хохлатый, малый, двухпятнистый и др.). Например, в середине апреля мы насчитывали от 3 до 6 этих птиц на 1 километр пути. Следующие места по численности занимают каменка-плясунья и желчная овсянка. В фисташниках много сорокопутов, особенно серых, буланных вьюрков, розовых скворцов, а в скалах устраивают свои замечательные лепные гнезда скалистые поползни. Постоянно встречаются золотистые щурки и изумрудные сизоворонки. К числу интересных, правда редких, птиц Бадхыза относятся индийский жулан, индийский украшенный чибис и бегунок, гнезда которого найдены в СССР только в Бадхызе.
Одна из интересных особенностей фауны птиц Бадхыза — это обилие и разнообразие хищников (30 видов). Всюду господствуют черный коршун (более одного гнезда на 1 квадратный километр), затем курганник, стервятник и пустельга. Постоянно видишь парящим черного грифа, а на отдельно стоящих деревьях фисташки его огромные гнезда. Относительно многочислен змееяд, балобан, орел-карлик и другие виды.
Напротив, охотничье-промысловыми птицами Бадхыз не богат. Чаще других, особенно на западных, гористых участках, можно встретить кекликов, довольно редок перепел, еще реже встречаются пустынные куропатки. Кое-где по речным долинам держится фазан. Редко встречается и цветная дрофа. На пролете довольно много водоплавающих птиц. Так, в двадцатых числах апреля на озерах Кагазлы-Аджи и Кагазлы-Суджи мы наблюдали сотни чирков, десятки крякв и лысух, а также огарей, поганок, красноголовых нырков и куликов…
Из зверьков в благоприятные годы наиболее многочисленны в Бадхызе афганские полевки, краснохвостые песчанки, афганские слепушонки и большие песчанки. Главным образом эти грызуны и обеспечивают существование в Бадхызе хищников. К последним относится лисица, которой в Бадхызе в два раза больше, чем в других районах Туркмении. Интересна живущая здесь полосатая гиена. Этот скрытный и осторожный ночной зверь редко попадается на глаза, но его логово и особенно следы встречаются часто. Гиена постоянно бродит вслед за табунами диких копытных, пожирая трупы или недоеденные туши зарезанных волками животных. Нередко она кормится черепахами, дробя своими мощными челюстями их панцири.