На протяжении всего времени пребывания на посту директора, а особенно в первый год, Уильям Кейси реорганизовывал, оживлял и переориентировал ЦРУ. Ему досталась со времен его предшественника Стэнсфилда Тэрнера раздробленная организация. К приходу Кейси в Управлении было 14.000 сотрудников, с бюджетом около 1 миллиарда долларов. Это означало, что организация не могла вести слишком активную деятельность. Тэрнер был технократом, глубоко верившим в шпионские спутники и электронную разведку. Он очень скептически относился к успешности и целесообразности участия людей в акциях, а также к тайным операциям. За четыре года своего директорства он ликвидировал около 820 тайных должностей. Нравственное состояние действующих агентов было очень низким. Несмотря на то, что ЦРУ слыло всемогущей организацией, в начале 1981 года это была слабая и нерезультативная структура. "Там, где нам нужны были первоклассные агенты, мы их совсем не имели, — вспоминал один из сотрудников. — Мы не могли проводить секретных операций даже за углом в магазине, а не то что там, за "железным занавесом".
Джон Пойндекстер вспоминает: "В те давние годы нам была известна общая мощь Советской Армии, но мы не имели понятия о том, что происходит в Политбюро. У нас также были малые возможности заниматься тайными операциями",
По мнению Кейси, за эту ситуацию отчасти был ответственен конгресс. Во время слушаний 13 января Кейси напрямую сообщил Сенату, что планирует свести к минимуму ограничения, наложенные на ЦРУ. "С какого-то момента жесткая подотчетность может помешать исполнению задач", — сказал он. Когда Кейси вышел, лишь немногие сомневались, что страна перешагнула Рубикон. (К началу лета Кейси значительно сократил число сотрудников управления, чьей задачей являлось информировать конгресс о деятельности ЦРУ).
Оставались моральные проблемы. На счету ЦРУ был ряд достаточно позорных акций, таких, как допросы Комиссии церквей, чистки времен Тэрнера, программа «Феникс» во Вьетнаме, неудачные попытки покушения на Фиделя Кастро, слежка за противниками войны во Вьетнаме. Уильям Кейси хотел, чтобы в активе Управления больше таких дел не было. "Трудности последних десяти лет уже позади, — написал он памятку для своих сотрудников в начале 1981 года. — Пришло время ЦРУ вернуться к традиционной секретности при проведении своих операции".
Новый директор был удивлен, что ему в наследство достались столь немногочисленные источники разведданных. "Билл был поражен, — вспоминает его ассистент Герб Мейер. — Ведь мы все же были лидерами свободного мира, но не располагали ни одним агентом высокого класса там, на месте, в Советском Союзе. Помня свой опыт в Управлении стратегических служб, он не принимал никаких объяснений, почему дело дошло до такого состояния".
Военные годы оказали значительное влияние на взгляды Вилла Кейси, касающиеся методов ведения соревнования между народами, экономических войн, а также успеха секретных операций. В 1944 году войска союзников готовились к наступлению на немцев. Проблема заключалась в том, что они располагали немногочисленным отрядом разведчиков на немецкой территории. У них были агенты в Италии, Франции, Северной Африке и даже в Центральной Европе, поставлявшие немало ценной информации, спасавшие жизни сотен и тысяч людей и помогавшие союзникам в их войне против немецкой армии. Но в самой Германии их агентурная сеть была более чем скромной. У них там не было агентов и даже перспективы создания шпионской сети. Командование союзников обратилось с этой проблемой к "Дикому Биллу" Доновану, директору Управления стратегических служб. К их удивлению, он перепоручил проведение этой очень важной и тонкой операции тридцатидвухлетнему бывшему лейтенанту военно-морского флота по имени Уильям Кейси. Лейтенант в 1943 году стал консультантом Управления по вопросам экономической войны. По словам самого Кейси, его работа заключалась "в точном определении наиважнейших хозяйственных арсеналов Гитлера и в поисках способа блокады, выкупа и прочих методах экономической войны". Эта работа казалась Кейси достаточно интересной, но он мечтал о большей активности. Так в 1943 году после предварительного разговора с полковником Чарльзом Вандербилем, сотрудником Управления стратегических служб, он подписал с ним договор и через год был назначен Донованом руководить разведкой в Европе.
Это назначение было для Кейси лестным, но его положение — незавидным. Морской лейтенант, воспользовавшись удобным случаем, погрузился в пучину своей работы. Благодаря творческой смекалке (а также состряпанным в последний момент директивам), Кейси создал шпионскую сеть в тылах врага. Это было огромным достижением разведки. Как пишет Джозеф Персико в книге "Piercing the Reich", Кейси смог завербовать две сотни агентов, которые проникли в сердце гитлеровской твердыни; они настолько хорошо подделывали документы, что те не возбуждали никакого подозрения, печатали такие удостоверения личности, которые успешно обманывали всеведущее гестапо, создали очень сложную, но успешно действовавшую систему радиоперехвата, сбора информации, наблюдения и анализа всего этого прямо на месте.
Уильям Кейси своей подрывной работой против немцев доказал, что он многое может сделать. Зная, что переброска американцев на территорию врага будет плохим выходом, он набрал волонтеров из отрядов антинацистски настроенных военнопленных. Его агенты говорили по-немецки, хорошо знали Берлин, так что были в полном порядке. Тот факт, что он, используя военнопленных, нарушал Женевскую конвенцию, не остановил молодого шпиона. Такие уж были времена.
К февралю 1945 года Кейси внедрил первых двух своих агентов в Берлине. В марте действовало уже тридцать групп. Через месяц на территории всей Германии у него было 55 групп. Методы их работы были очень творческими. Одна из берлинских групп, действовавших под псевдонимом "Группа шофер", пользовалась проститутками в качестве шпионов.
Военные годы Кейси, когда он жил как рыцарь плаща и шпаги, на всю жизнь отпечатались в его памяти. Весь этот опыт отложился глубоко в сознании и сформировал представление о том, что такое борьба между врагами и насколько необходимы здесь смелые методы. Все эти уроки касались также и советского коммунизма, равно как и немецкого народного социализма. В книге "Тайная война против Гитлера", изданной после его смерти, Кейси писал: "Я считаю, что в наше время очень важно понять, насколько нужны разведка, тайные операции и организованное движение сопротивления. Благодаря этим методам борьбы с Гитлером, борьбы, которая закончилась победой, было спасено множество человеческих жизней. В будущем, в кризисных ситуациях, эти методы могут оказаться более результативными, чем снаряды и спутники. Их успешность подсказывает нам использование диссидентов против мощных центров и тоталитарных правительств".
Однако Стэпсфилд Тэрнер оставил Кейси ценный разведывательный актив. Один из агентов американской разведки, офицер польского генерального штаба Куклинский, находился на самой вершине советского альянса. Он весьма смело предоставлял ЦРУ постоянную информацию о планируемых советских акциях в Польше. В его тайных рапортах была также информация об организации вооруженных сил Варшавского договора и планах операций в Европе. Куклинский был настолько засекреченным агентом, что его рапорты Тэрнер подавал лишь самому высокому руководству. Доступ к ним имели лишь лица из особого списка BIGOT. В Белом доме во время президентства Картера в списке BIGOT находились лишь президент, вице-президент Мондейл и советник по национальной безопасности Збигнев Бжезинский.
Во времена Кейси список BIGOT также был невелик. Мало кто знал о Куклинском. Кейси, однако же, мечтал располагать десятком таких Куклинских в советском блоке. Ему также хотелось развернуть тайные методы и свершать тайные операции. В начале марта 1981 года он отправился в двухнедельное путешествие на Дальний Восток. (За всю свою бытность на посту директора ЦРУ Кейси провел в пути больше времени, чем любой из его предшественников). Ему хотелось встретиться с теми, кто работал на передней линии фронта, и узнать их точку зрения. ЦРУ уже давно не работало в таком стиле. Когда Тэрнер был директором, то, как заметил один из его сотрудников, Уильям Гейтс: "ЦРУ раскорячилось в оборонительном раболепстве".