Деятельность козыревского МИДа подвергалась серьезной критике. Посол России в США в отставке В.П. Лукин так охарактеризовал политическую линию своего бывшего начальника: «Инфантильный проамериканизм». Критикуя постоянные разъезды Козырева, Лукин отмечал, что главная задача дипломата состояла не в том, чтобы непрерывно перемещаться в пространстве, пожимать руки, улыбаться и направлять из одной страны в другую телеграммы о том, как уважают наше руководство в этой стране. Лукин называл данный стиль «аэродромопоказушной дипломатией». Козырева также называли «идеологом внешнеполитического либерализма».
Президент Б.Н. Ельцин не раз критиковал деятельность козыревского МИДа. Один раз он высказал недовольство качеством аналитической информации министерства, сославшись на то, что только из двух российских посольств — из США и Англии — идет добротная и серьезная информация. В другой раз президент сравнил аналитическую информацию МИДа и Службы внешней разведки (Е.М. Примаков) и отдал предпочтение последней. Кроме того, Ельцин, так же как и Н.С. Хрущев, демонстративно унижал своего министра иностранных дел, когда он решил его уволить. В частности, обращаясь к Госсекретарю США У. Кристоферу, подвыпивший президент России сказал: «Вы и Козырев — оба абсолютные неудачники».
Аналогичными были мнения о работе российского МИДа в то время и некоторых иностранных политиков. Президент Центра имени Р. Никсона Д. Сайме охарактеризовал А. Козырева как деятеля «откровенно прозападного толка», ориентирующегося в большей степени на общечеловеческие ценности, чем на национальные интересы России». По словам Саймса, Козырев был назначен на свой пост тогда, когда российское руководство возглавило кампанию за уничтожение «советской коммунистической империи» и было очень модно выступать в унисон с США. По мере усиления националистических тенденций в России развивались политические убеждения министра. Так, он поддержал войну в Чечне. Хотя от дипломата скорее можно было ожидать не поддержки войны против части своего народа, а попытки найти пути политического решения проблемы.
Бывший заместитель Государственного секретаря США С. Тэлботт характеризует Козырева в своих мемуарах как «архитектора не только независимой России, но и ее соседей», называет человеком, «персонифицирующим радикальный разрыв России с ее прошлым».
А.Е. Бовин писал в своих воспоминаниях «XX век как жизнь»: «Козырев при мне был в Израиле три раза, Примаков — два. Но ни разу ни один из них не выразил желания встретиться и обстоятельно поговорить с дипломатами. Ответить на их вопросы. Дать им возможность посидеть в одной комнате с министром, ощутить некую корпоративную общность. Да, всегда напряженный график. Да, всегда дефицит времени. Да, иногда почему-то хочется просто поспать. И все-таки самые элементарные соображения должны были привести министров в посольство. Но соображений не было. Были министры и были бегающие вокруг человечки. Челядь разной категории. Непривлекательная картина…»
Козырев являлся профессиональным дипломатом нового поколения, интеллектуалом, который не вписывался в те времена, когда власть в стране захватила бывшая партийная номенклатура во главе с Б. Ельциным. Л. Мле-чин справедливо пишет, что «среди бравых мужчин, которые при встрече по советской привычке бросаются целоваться и обниматься, рафинированный Андрей Козырев казался белой вороной. Вот министр обороны Павел Грачев или управляющий делами президента Павел Бородин были своими. Они говорили с Ельциным на понятном ему языке, не возражали, не спорили, сыпали анекдотами. А Козырев начинал нудно объяснять, почему вот это и это нельзя делать. Это и на трезвую-то голову не всякий поймет…». Кстати, Ельцину нравилось, что Козырев называл президента в глаза «дипломатом номер один».
Сначала Ельцин отстранил Е.Т. Гайдара, несмотря на то что считал его умным, а затем жертвой стал Козырев.
По моему мнению, Козырев был хорошим министром иностранных дел, по крайней мере, не хуже своих предшественников, хотя он и был слишком осторожным и не возражал президенту при проведении внешней политики (кстати, точно так же вел себя и Громыко). Козырев стал жертвой подчас авантюрной внешней и внутренней политики Б. Ельцина и его приближенных. Мне представляется, что Козырев ни в чем не уступал министру иностранных дел И.С. Иванову, а даже, пожалуй, превосходил его. Со временем история поставит все на свои места. Козырева обвиняют в «американизме», однако и Громыко уделял первостепенное значение отношениям с США, как, впрочем, и нынешний Президент России В.В. Путин. За период работы Козырева угроза конфронтации с Западом практически отступила. Россия вступила в Совет Европы, присоединилась к программе НАТО «Партнерство во имя мира», вступила в Международный валютный фонд и ряд других международных организаций, заявила о перенацеливании своих ракет с территорий западных стран в ненаселенные районы Земли и т. д. Все эти меры были необходимы для возвращения России в европейское и мировое сообщество в качестве полноправного участника и партнера. Козырев считал, что Россия должна ориентироваться на высокоразвитые демократические страны и вхождение в их клуб на равных.
Антиамериканизм — «тяжелое» наследие семидесяти четырех лет советской власти. Козырев справедливо отмечал в этой связи, что многим даже отстаивание подлинных интересов России, если они совместимы с интересами США, представляется недопустимой уступкой противнику.
Ельцин стремился во что бы то ни стало сохранить свою власть и пожертвовал профессиональным министром, которого критиковали не всегда заслуженно. Президенту были нужны не умные подчиненные, а карьеристы и популисты, умеющие просто говорить и оболванивать народные массы.
С 9 по 10 апреля 1991 года в Москве состоялась международная конференция ученых и экспертов по запрещению и уничтожению химического оружия, организованная советским Комитетом защиты мира. В конференции приняли участие крупнейшие специалисты по данному вопросу из США, СССР, Швеции, Швейцарии, Польши и ФРГ, также народные депутаты СССР и РСФСР, зарубежные парламентарии и ученые. Организацией работы конференции и рассылкой приглашений на нее занимались я и посол в отставке В.Л. Исраэлян. Вступительное слово, написанное мной, на конференции произнес последний. Из советских участников конференции выступили эксперты Минобороны, Минхимнеф-тепрома, другие ученые, а также мой бывший сокурсник и сослуживец Н.П. Смидович, ставший заведующим отделом по запрещению химического оружия Управления по ограничению вооружений и разоружению МИДа СССР. Я также прочитал доклад о некоторых международно-правовых проблемах полного запрещения химического оружия. Конечно, нам помогал консультант советского Комитета защиты мира И.И. Бойцов, одновременно являвшийся сотрудником КГБ. Он почему-то не любил Исраэляна и рекомендовал никогда не давать ему в долг деньги, так как посол их никогда не отдавал. Я проработал с ним много лет и с таким фактом не сталкивался. Порядочность людей я проверял на том основании, как они относились ко мне после поступка отца. Исраэлян проявил себя в данном плане идеально. Он не побоялся стать рецензентом нескольких моих книг, помог мне подзаработать денег в Комитете защиты мира во время проведения конференции. И это несмотря на то, что моя мама разругалась с его женой и, будучи близка к жене Громыко, просила ее не продвигать Исраэляна по службе. Об этом мне рассказал сам посол в отставке в 1989 году. Сейчас он со всей семьей живет в США, штате Пенсильвания. Ему уже восемьдесят пять лет, и он пережил три инфаркта. Грин-карту — право на постоянное жительство в США — он получил в связи с тем, что являлся видным дипломатом. (Конгресс США имеет право выдавать такие карты вне очереди известным политикам и крупным ученым, а также шпионам.) Кроме того, Исраэлян написал интересную книгу о войне 1973 года на Ближнем Востоке, использовав совершенно секретные материалы заседаний Политбюро ЦК КПСС, на которых он лично присутствовал и тщательно все записывал. Известно, стенограммы заседаний Политбюро, как правило, не велись.