Впоследствии эту гипотезу пришлось оставить. Не кто иной, как д-р Дашек облазил всю Малайзию и заключил, что никаких ковидоподобных вирусов у тамошних панголинов нет.
Откуда же появилась история про панголина?
Она родилась отнюдь не на пустом месте. Дело в том, что в марте-декабре 2019 года за тысячу километров от Уханя, в провинции Гуандун, китайская таможня перехватила несколько партий контрабандных панголинов.
Бедные зверушки, которых контрабандисты перевозили в тесных клетках, перезаразились друг от друга и не смогли оправиться — хирели, чихали и погибали, несмотря на весь оказанный зоозащитниками уход. Всего погибло четыре китайских и 25 малайских панголинов.
Так вот — часть вируса, которым болели малайские (именно малайские) панголины, перехваченные в марте (именно в марте), обладала практически 100-процентным, неимоверным сходством, но не со всем SARS2, а только с небольшой его частью. А именно — с группой из 77 аминокислот, которые называются RBM — receptor binding motif, мотив связывания рецептора.
Если S-белок можно сравнить со связкой ключей, которая влезает в человеческий рецептор ACE2, то сам ключ, то есть, собственно, то самое, чем вирус цепляется, называется receptor binding domain, или RBD — домен связывания с рецептором. А Receptor Binding Motif — это, если угодно, бороздки ключа.
И вот эта бороздка ключа, состоящая из 77 аминокислот, у вируса малайских панголинов, конфискованных в Гуандуне, и у SARS2 совпадает.
Или, точнее, отличался от SARS2 всего на одну аминокислоту.
А вот все остальные части панголиньего вируса отличались от SARS2 чрезвычайно!
Конечно, это снова можно объяснить естественной эволюцией. Но как бы вам это сказать? Если вы видите человека с деревянной ногой, то, конечно, вы вправе предположить, что эволюция движется неисповедимыми путями и в древности у человека и дерева был какой-то общий предок, у которого одна нога была обычная, а другая — деревянная.
Но можно также предположить, что деревянная нога имеет искусственное происхождение. Эта гипотеза тоже отвечает наблюдаемым фактам.
Панголины-то, напомню, были из Малайзии. А вирус RaTG13, с которым они скрестились, был из Юннани. Логично предположить, что самое вероятное место, в котором бета-коронавирус малайского панголина и бета-коронавирус юннаньской летучей мыши могли встретиться и обменяться генетическим материалом, — лабораторный стол в Ухане.
Благо в своих статьях д-р Ши именно что описывала очень похожие манипуляции. Еще в 2007 году она заменяла RBD одного из коронавирусов летучей мыши на RBD SARS1 в рамках gain of function.
Почему я говорю об этой истории с оговоркой? По двум причинам. Во-первых, панголиний RBM был секвенирован не очень качественно. «Этот вирус вытащен всего из трех проб, и только девять ридов приходятся на этот RBM», — поясняет Дейгин. Во-вторых, история про полностью заимствованный у панголина RBM интуитивно противоречит утверждению о том, что S-белок SARS2 оптимизирован под поражение человеческих ACE2. Если RBM был взят у панголиньего вируса, почему он потом не менялся, когда его «пропассеровали» в гуманизированных мышах?
Один из ответов заключается в том, что он все-таки чуть-чуть менялся.
«Он поменялся на одну аминокислоту, — напоминает Юрий Дейгин, — и, кроме того, в нем произошло довольно много замен нуклеотидов, то есть букв, обозначающих аминокислоту. Сами аминокислоты не менялись».
Такие замены являются генетически нейтральными и как раз могли легко произойти при прохождении через гуманизированных мышей. Сейчас S-белок SARS2 лучше всех поражает ACE2 человека. На втором месте с небольшим отрывом — панголин.
Gain of function
Далеко не вся широкая публика знает, что такое gain of function и что менно ученые умеют делать с вирусами, как, в каких условиях, и зачем. Поэтому будет нелишне посвятить пару абзацев этому вопросу, тем более что это нам пригодится потом.
В течение многих десятилетий лабораторная эволюция вирусов происходила на клеточных культурах. Если вирус хотели приспособить к какому-то новому носителю, его просто высевали на клетках этого носителя (например, на человеческой клеточной линии HeLa), смотрели, как он приспосабливается, собирали чемпионов по приспособлению, отбирали и снова высевали.