Радикальное изменение границ Беларуси и Литвы и решение их территориальных проблем связано с началом Второй мировой войны.
После нападения гитлеровской Германии на Польшу Советский Союз 17 сентября 1939 года ввёл войска на восточные кресы — западные области Украины и Беларуси и Виленский край. В ноябре того же года Западная Беларусь вошла в состав Белорусской ССР. Для белорусского народа 17 сентября стало днём воссоединения, однако, несмотря на позитивное отношение к событиям 1939 года в официальной белорусской историографии, государственными праздниками 17 сентября или 14 ноября (день принятия Западной Беларуси в состав БССР) не являются.
Осенью 1939 года решилась судьба и Виленского края. В соответствии с договором о взаимопомощи между Литвой и Советским Союзом от 10 ноября 1939 года, в обмен на размещение в Литве 20-тысячного контингента советских войск Литовской республике передавались город Вильно и Виленская область.
То есть осуществлению главной национальной мечты — обретению древней имперской столицы — Литва была обязана сговору Антанаса Сметоны с Иосифом Сталиным. Этот факт не позволяет современным литовским властям не только считать 10 октября днём воссоединения, но и вовсе вспоминать о нём как о значимой памятной дате.
Все события Второй мировой войны, включая своё вхождение в состав СССР в 1940 году, в странах Прибалтики принято интерпретировать в рамках теории трёх оккупаций, согласно которой Литва, Латвия и Эстония во время войны были исключительно невинной жертвой сражавшихся на их территории тоталитарных режимов.
Совсем иное отношение к Второй мировой у белорусского народа. Великая Отечественная война оказалась той роковой вехой, после которой пропасть между Беларусью и Прибалтикой стала непреодолимой.
В годы Великой Отечественной войны белорусский народ показал чудеса героизма при сопротивлении нацистам. Развернувшееся на территории оккупированной Беларуси партизанское движение по масштабам не имело аналогов в других советских республиках. Движение Сопротивления в Беларуси имело общенародный характер: при населении республики в 9 миллионов человек на начало войны в партизанских отрядах на территории Белорусской ССР воевали 374 тысячи человек.
Партизаны были объединены в 1255 отрядов, из которых было укомплектовано 213 полков и бригад.
Партизанское движение Советской Белоруссии подчинялось союзному Центру и координировало свои действия с Красной Армией.
Успехи партизанской борьбы в Беларуси были феноменальны для такого типа ведения военных действий. К концу 1943 года белорусские партизаны контролировали 58 % территории Белорусской ССР. Под контроль партизанских отрядов перешли тысячи сёл и малых городов, десятки районных центров.
Партизанское движение в Беларуси заметно влияло на ход всей Великой Отечественной войны: его резкая интенсификация произошла в месяцы Сталинградской битвы, когда перед белорусским подпольем была поставлена задача сорвать подвоз немецких подкреплений к фронту через белорусскую территорию. К 1 августу 1942 года партизанами было взорвано и пущено под откос 212 поездов, ликвидировано около 60 тысяч немецких солдат, 2877 офицеров и 7 генералов вермахта.
Партизанская война существенно упростила задачу деоккупации Белорусской ССР Красной Армией. Партизаны были важными участниками операции «Багратион» по освобождению Беларуси: их диверсионно-подрывная деятельность в тылу немецких войск прямо координировалась с наступлением четырёх советских фронтов.
Серия акций по уничтожению железнодорожных коммуникаций противника, предпринятая партизанами в июне 1943 года, привела к полной остановке движения на всех железнодорожных узлах, ведущих к участкам прорыва Красной Армии. Из-за хаоса в собственных коммуникациях нацисты не могли должным образом ответить на наступление советских войск, и это способствовало значительно более быстрому освобождению Беларуси от оккупантов, чем если бы партизанского движения не было.
Масштабы и беспрецедентный успех партизанского движения в Беларуси отчасти были связаны с исключительно удачной для ведения партизанской войны белорусской природой (леса, болота), отчасти — с щедрой помощью союзного Центра, возлагавшего большие надежды на белорусское подполье и направлявшего партизанам инструкторов, организаторов, подкрепления в виде собственных диверсионных групп, питание и медикаменты.