Затем, в XIII–XV вв., на крупнейшие научные центры Месопотамии и Испании обрушился ряд бедствий: в результате вторжения монголов в XIII в. были уничтожены библиотеки, университеты и больницы и опустошены крупнейшие города; после Черной смерти в середине XIV в. регион обезлюдел еще больше; затем в 1400–1402 гг. вторжение Тамерлана вновь опустошило Ирак и Сирию. В XI в. испанский халифат был разрушен гражданскими войнами и христианской Реконкистой. Многие территории так никогда полностью и не оправились от охватившего их политического хаоса. Научный и технический прогресс в мусульманском мире тем не менее продолжался, но в основном в Персии, Сирии и Северной Африке. Бывший центр мусульманского мира в Месопотамии более не обладал уровнем благосостояния, необходимым для поддержки огромных сообществ исследователей и ученых, а консервативные религиозные идеи распространились с приходом всех этих бедствий.
В XV–XVI вв. наиболее динамично развивавшимся обществом на Ближнем Востоке была Османская империя, чья военная технология и организационные навыки позволили расширить свои владения в Юго-восточной Европе и Северной Африке и установить господство над большей частью Среднего Востока. Однако в XVII в. весь научный прогресс в данных регионах практически остановился, когда религиозные элиты Османской империи отреагировали на ряд внутренних восстаний критикой в адрес османских правителей за отход от чистой практики ислама. По их решению повсеместно распространялась традиционная мусульманская ортодоксальность, а всяческая философская инновация приостанавливалась.
Китай династии Сун, вероятно, стал наиболее развитым и технически прогрессирующим обществом в мире в XII в., вслед за проникновением буддизма из Индии и ислама из Центральной Азии. Даже христианские и иудейские общины (основанные торговцами и миссионерами, достигшими Китая) процветали наряду с конфуцианством, даосизмом и другими верованиями. Динамично развивавшаяся торговля Китая впитала влияния со всей Азии. Династия Мин в XVI–XVII вв. также была свидетелем большого разнообразия идей и технического прогресса. Однако в конце XVII в. маньчжуры завоевали Китай, установив более жесткую конфуцианскую идеологию для поддержки своего правления. Их реставрация конфуцианской философии XII в. в понимании Чжу Си — в качестве официальной ортодоксальной идеологии новой династии Цинь задушила дальнейший прогресс во многих областях и убедила приезжающих европейцев, что Китай оставался неизменным на протяжении многих столетий.
В Индии процветание империи Моголов в XVI–XVII вв. было обусловлено смешением мусульманской культуры, принесенной вторгшимися монгольскими правителями, и богатым индуистским наследием идей и верований, сохраняемых коренным индийским населением. Правитель Акбар (1560–1605), величайший из Моголов, славился своей терпимостью и часто приглашал иезуитов, сикхов, индусов и мусульман для придворных диспутов по предметам веры и практики. Однако на смену ему пришли крайне деспотичные правители, руководившие страной во время упадка и разложения империи Моголов. Последний из великих Моголов, Аурангзеб, сделал из жесткой приверженности к ортодоксальному исламу ключевой элемент своего правления, разрушив множество индуистских храмов и выступив против немусульманского большинства.
Таким образом, во всем мире традиция веротерпимости резко приходит в упадок, начиная с XVII в. В Китае, Индии и на Ближнем Востоке правители относились к религиозному инакомыслию как к угрозе их авторитету и устанавливали все более жесткий ортодоксальный религиозный режим.
По большей части в Европе преобладали те же тенденции. Несмотря на встречавшиеся до XIX в. проявления религиозной терпимости, церковная ортодоксия при поддержке государства обычно побеждала. В средневековой Испании смесь мусульманской и иудейской учености привела к расцвету центров образования в Гранаде и Кордове. Однако эти группы оказывались под все большим давлением во время христианской Реконкисты, и в 1492 г. католическая монархия изгнала евреев и остававшихся мусульман, позволив инквизиции насаждать католическую ортодоксию.
В Италии, вследствие крестовых походов, активная торговля с Ближним Востоком и Северной Африкой привела к смешению латинской, византийской и арабской культур и возрождению образованности в XIII–XIV вв. Это возрождение распространилось по всей Европе, стимулируя рост знаний во многих странах от Англии до Польши. В Польше проводилась политика веротерпимости как для протестантов, так и для католиков в конце XVI в. То есть до того, как католическая церковь, неспособная справиться с давлением протестантской Реформации, начала Контрреформацию по восстановлению католической ортодоксии в Европе.