Это был беспроигрышный ход: после почти двухлетнего пребывания у власти Горбачёва началась антибрежневская кампания (именно тогда в широкий обиход было введено определение брежневскому правлению — застой), и любого гражданина, который был удостоен высоких наград в те годы, можно было объявить апологетом застоя. При этом творцы перестройки поступали хитро: в эту категорию они зачисляли только тех, кто не числился по их либеральному лагерю — исключительно державников. В итоге из кинематографистов туда были зачислены, кроме Бондарчука, Юрий Озеров (за киноэпопеи «Освобождение» и «Солдаты свободы»), Евгений Матвеев (за фильмы «Особо важное задание», с которого в советском кино началась «эпоха всесоюзных премьер», и «Победа») и др.
Тем временем, сместив старое правление почти целиком, делегаты съезда принялись выбирать новое руководство. После голосования долго не объявляли его результатов. Главным кукловодом при этом выступал член Политбюро, главный идеолог перестройки Александр Яковлев, который распоряжался, кого надо оставить в правлении, а кого не следует. Наконец результаты были объявлены. Из них следовало, что в новое правление не вошёл никто из прежнего: ни Сергей Бондарчук, ни Евгений Матвеев, ни Лев Кулиджанов, ни Юрий Озеров, ни Станислав Ростоцкий. Зато туда вошли вечно диссидентствующие Элем Климов, Андрей Смирнов, Сергей Соловьёв и другие будущие «перестройщики». Актриса Елена Драпеко стала свидетелем весьма характерной сценки, которая случилась сразу после объявления результатов голосования. Цитирую:
«Режиссёр Андрей Смирнов, беря всю вину за кинодеятелей и как бы извиняясь перед руководством партии, запричитал перед Александром Яковлевым: „Это надо же, что мы наделали… Что наделали!“ А тот многозначительно усмехнулся из-под мохнатых бровей: „Это вы наделали? Это мы сделали!“…»
После этого съезда для Сергея Бондарчука начались тяжёлые времена. Он хотя и остался руководителем объединения на «Мосфильме», однако вокруг него образовался вакуум. Многие недавние коллеги перестали замечать его на службе, не звонили домой. А когда в 1987 году на экраны страны вышел его новый фильм «Борис Годунов», критика не оставила от него камня на камне. Почему?
Одной из главных тем фильма была тема вышедшего в тираж правителя. Как заявил в одном из своих тогдашних интервью сам Бондарчук: «Трагедия Годунова — крах правителя, от которого народ отвернулся». Горбачёв увидел в этом явный намёк на самого себя (кстати, Бондарчук окажется провидцем: спустя полтора года после выхода фильма на широкий экран рейтинг Горбачёва в народе начнёт стремительно катиться вниз и в итоге приведёт к его окончательному краху). В итоге была дана команда смешать эту работу Бондарчука с грязью. В десятках различных изданий появились разгромные статьи о фильме «Борис Годунов», где Бондарчука в чём только не уличали: один критик в журнале «Советский экран» дошёл даже до того, что обвинил режиссёра в непонимании творческих замыслов А. Пушкина, а его фильм назвал набором «стилизованных иллюстраций или диапозитивов».
Другой причиной нападок на фильм было то, что он входил в клинч с ещё одной версией бессмертного пушкинского произведения: спектаклем «Борис Годунов», осуществлённым Юрием Любимовым в Театре на Таганке и поднимаемым на щит либералами. Бондарчук никогда не скрывал своей антипатии к этому спектаклю, где народ был показан в виде раболепствующей толпы. Как заявил Бондарчук в одном из своих тогдашних интервью: «Авторскую ремарку „Народ безмолвствует“ я расшифровал как акт пробуждения совести в народе. Народ безмолвствует, когда ему приказывают славить Самозванца…» И далее в своём интервью Бондарчук имел смелость бросить камень в «огород» вольных интерпретаторов Пушкина вроде Юрия Любимова: «Можно читать Пушкина хуже или лучше — это уже как кому дано. Но убеждён, что нельзя читать его „вольно“ — надо верно».
Подобных высказываний либералы простить Бондарчуку не могли. В итоге его версия «Бориса Годунова» была смешана с грязью, а спектакль Юрия Любимова… был объявлен лучшим спектаклем 1988 года.
Все эти передряги больно били по Бондарчуку. Как вспоминает его дочь Наталья: «Во время травли в какой-то газетёнке его посмели сравнить с дохлым львом, на которого тявкают. Я спросила: „Как ты чувствуешь себя после этого пасквиля?“ — „Знаешь, я прочёл эту статью в самолёте и хотел выйти в открытый космос“».
Говорят, в те годы Бондарчук уже не хотел ничего снимать и в одном из разговоров даже признался, что разлюбил кинематограф. Однако очередная кампания против М. Шолохова, начавшаяся в стране, заставила его вновь вернуться в строй. Как честный патриот своей страны, как друг и духовный наследник великого писателя, он не мог остаться равнодушным к той вакханалии, которая происходила вокруг имени и творчества Шолохова в перестроечные годы. Бондарчук решил вернуться к идее телесериала по «Тихому Дону».