После таких заявлений в различных кавказских изданиях стали появляться статьи, авторы которых подвергали сомнению научные выводы и оценки Марра о грузинской литературе[66]. Посыпались обвинения в том, что он ненавидит грузин и любит армян, что, согласно его теории, большинство грузинских слов имеет армянское происхождение[67], что Марр прекратил раскопки Ани из-за протеста Эчмиадзина (католикоса), недовольного этническими наблюдениями Марра, поскольку в древнем городе преобладало грузинское население[68], наконец, о том, что авторство средневековой грузинской поэмы «Витязь в тигровой шкуре» Марр приписывает персам[69] и т. д. и т. п. Марр хлопотал о том, чтобы открыть на Кавказе первый археологический и культурный центр, чтобы в Тифлисе появился университет (был открыт и назван его именем после революции, а после 1950 года переименован), наконец, чтобы Грузинская православная церковь получила автокефалию (автономию) от Российской церкви. Накануне мировой войны для обсуждения последнего вопроса он бы приглашен в качестве эксперта в Предвыборное присутствие Священного Синода Российской православной церкви, но злопыхатели с разных сторон не унимались. В одном из писем к секретарю Академии наук академику С.Ф. Ольденбургу (1913 год), с которым он находился в дружеских отношениях, Марр с горечью писал: «Я совершенно разбит нравственно недостойной кампанией, ведомой против меня в армянском обществе. Когда грузины порочили и клеветали, я еще понимаю: они могли думать, что у меня в научных изысканиях должна быть грузинская психология, хотя бы наполовину. Но почему и у армян претензия требовать от меня националистической программы и настроения, я не могу понять. Оказывается, что я „Ани отнимаю у армян и передаю русским“, что в Ани я „умаляю значение армянской культуры и преувеличенно пропагандирую славу грузинской“ и даже турецкой»[70]. Разумеется, большинство обвинений такого рода не имели никаких оснований. В советское время от вульгарной критики с националистическим оттенком оппоненты Марра перешли к более серьезным профессиональным и идеологическим атакам, но и они очень часто подспудно мотивировались (и мотивируются) шовинистическими чувствами. Одним из таких критиков был молодой лингвист-грузиновед, работавший в классических традициях Арн. Чикобава. В конце 20-х годов он, как и многие, выступил с критикой лингвистических построений Марра на грузинский язык с позиций сравнительно-исторического подхода в книге «Проблема простого предложения в грузинском языке». Очевидно, эта работа Чикобавы Марра задела. Став маститым и обласканным советской властью ученым, Марр решил все же «не опускаться» до открытой полемики с менее известным коллегой, но, скорее всего, именно Марр инспирировал отрицательные отзывы на книгу Чикобавы со стороны своего сторонника П. Чанашвили. В советские времена Марр, как и многие члены Академии наук СССР, уже не стеснялся использовать закулисные приемы борьбы со своими научными оппонентами. Знал бы он, к чему приведут спустя многие годы после собственной смерти эти закулисные стычки с Чикобавой, то, возможно, поостерегся бы «затаптывать» молодого драчливого коллегу. Уровень полемики, которая велась на грузинском языке, характеризуется заголовками. Чанашвили: «Грамматика или схоластика»; Чикобава: «Сенсационное открытие или несенсационное невежество» и т. д. Марр бережно собрал эти «полемические» статьи[71]. Конечно, в 1930 году, в том самом, в котором появились эти заметки, Марр не мог предвидеть того, что через двадцать лет именно Чикобава будет принят лично Сталиным, что Чикобава выскажет ему претензии к теоретическим построениям давно умершего академика и что лично от Сталина Чикобава получит задание написать застрельную статью, открывшую антимарровскую всесоюзную кампанию в «Правде».