Во время своего первого путешествия в 1562 г. Хокинс направился из Плимута к африканскому побережью в Гвинею, где погрузил на три корабля три сотни черных рабов. Пересекши Атлантический океан, он за солидную сумму продал рабов плантаторам на Эспаньоле. Успех этого предприятия обеспечил ему поддержку со стороны правительства для организации следующей экспедиции. Королева Елизавета предоставила ему военный корабль водоизмещением в 700 тонн «Джизус оф Любек», который стал флагманским судном эскадры, а среди спонсоров его плаваний были Совет Адмиралтейства и торговцы лондонского Сити.
Эскадра вышла из Портсмута в октябре 1564 г., и Хокинс совершил несколько набегов на побережье Африки, захватив четыреста рабов. Когда корабли прибыли в Южную Америку, выяснилось, что испанские власти запретили торговлю с Хокинсом в поселениях. Но это его не сломило – плавая от порта к порту, он настойчиво торговался и в итоге продал партию рабов, а заодно и груз: вино, муку, ткани и лен в обмен на золото, серебро и жемчуг. Через Эспаньолу и Флоридский пролив он отправился домой, вернувшись в Англию в сентябре 1565 г. Экспедиция обошлась примерно в семь тысяч фунтов стерлингов, а общая прибыль составила 60 % от первоначальных вкладов. Так Хокинс показал, что испанскую монополию на торговлю с Новым Светом можно победить. Это не понравилось испанскому послу в Лондоне, и, узнав, что Хокинс планирует третью экспедицию, он тотчас же отправил письмо королю Филиппу.
В третьей экспедиции участвовало шесть кораблей, которые выдвинулись из Плимута в октябре 1567 г. С Хокинсом отправился его юный племянник Фрэнсис Дрейк, которому он позже передал командование одним из кораблей. Несколько месяцев они провели на африканском побережье, где с огромным трудом поймали рабов. Наконец они пересекли Атлантический океан, но поняли, что приказы испанского короля их опередили: «Мы причаливали то в одном порту, то в другом и пытались торговать с испанцами, но нам давалось это нелегко, ибо король строго-настрого запретил всем губернаторам тех мест иметь с нами дела[80]». Хокинсу снова пришлось прибегать к угрозам и уговорам, чтобы продать товар, но в Мексиканском заливе разыгрался шторм, и в поисках убежища корабли оказались у форта Сан-Хуан-де-Улуа в «золотом» порту Веракруса. Они быстро захватили этот форт, с которого была отлично видна гавань. На следующий день туда прибыл испанский «золотой» флот в сопровождении двух военных кораблей, и Хокинс понял, что ведет переговоры не с местными чиновниками, а с вице-королем Новой Испании, которого недавно назначил испанский король.
Прямо во время переговоров вице-король без предупреждения приказал своим людям напасть на британские корабли. Начался ожесточенный бой. Хокинсу и Дрейку посчастливилось миновать смерти и уйти невредимыми. Дрейк вернулся на родину без происшествий, а Хокинс по дороге обратно пережил сущий кошмар, и в порт Плимута с ним вернулось всего 15 человек. На борту не хватало воды и еды, и сотня человек из команды умоляла Хокинса высадить их на мексиканском побережье. Многие из них погибли от болезней и недоедания, а некоторые сдались испанским властям: двоих из них казнили, а остальные получили по 200 ударов плетью каждый и были приговорены к восьми годам каторги.
Битва при Сан-Хуан-де-Улуа и ее последствия дали Хокинсу и его соотечественникам понять – разногласия с испанцами по поводу торговли в Вест-Индии мирным путем решить не получится. Дрейк не смог забыть о вероломстве испанского вице-короля и с тех пор посвятил жизнь нападениям на испанские суда и войне с Испанией.
После нападений английских и французских каперов испанцы были вынуждены как следует защищать свои сокровищницы с золотом и серебром. В «золотых» портах – Веракрусе, Картахене, Портобело и Гаване – они построили мощные форты, чтобы не допустить нападений с моря. Из Испании прислали солдат для создания гарнизонов. Для охраны судов, перевозивших сокровища, предоставили сопровождающие корабли. Дважды в год из Испании отправлялось около тридцати судов с товарами для поселенцев колоний. Под наблюдением артиллеристов форта моряки бросали в гавани якорь, сгружали на берег испанские товары и орудия, а затем поднимали на борт запечатанные сундуки с золотом и серебром, после чего в сопровождении тяжеловооруженного военного конвоя отправлялись обратно в Севилью.