Археологическими памятниками Иссык-Куля впервые заинтересовался в начале XIX века китайский путешественник Сюй Сун. Некий китайский генерал Дэ Йо рассказал ему, что во время своего путешествия видел в 1805 году где-то на побережье Иссык-Куля каменные изваяния людей. В каком именно месте он их видел, почтенный генерал по старости и слабой памяти вспомнить никак не мог.
Сюй Сун предпринял путешествие на Иссык-Куль, но, несмотря на тщательные и неоднократные поиски, так и не нашел каменных истуканов, виденных генералом. Однако на северо-восточном побережье озера он обнаружил развалины древнего города и каменную статую, лежащую в траве. Статуя изображала человека, опоясанного мечом. Правой рукой человек держался за меч, а левую приложил ко лбу. Камень был сильно попорчен от времени, и потому Сюй Сун не смог определить, к какой эпохе относится изваяние.
Каменных истуканов, виденных генералом Дэ Йо, спустя полстолетие нашел русский топограф А. Ф. Голубев в районе Тюпа, на восточном побережье. Но Голубев не был ни историком, ни археологом и потому не обратил на них особого внимания.
В 1842 году недалеко от мыса Кара-бурун, на восточном побережье, волны озера выбросили медный котел огромной величины. Котел этот был доставлен нашедшими его киргизами кокандскому хану.
В 1847 году на древних развалинах крепости по течению речки Кара-кол найден клад, состоящий из 96 серебряных монет. В 1850 году на северном побережье местные киргизы снова нашли медный котел.
Сохранилось предание о том, что в 40-х годах XIX века беглый русский каторжник, нашедший убежище у киргизского манапа Урмана, ходил по озеру на плоту и затем рассказывал, что посередине озера есть мель и на ней под водой видны какие-то камни, напоминающие развалины города.
Таковы первые сведения об археологических памятниках Иссык-Куля, дошедшие до нас. Основы их серьезного изучения заложил П. П. Семенов-Тян-Шанский. Он первым из русских путешественников узнал о предметах, выбрасываемых волнами озера, и о существовании подводных развалин. Правда, сам Семенов развалин этих не видел, но он не сомневался в их существовании и полагал, что развалины эти — остатки усуньского города Чи-гу.
После сообщений П. С. Семенова у русских ученых пробуждается интерес к Иссык-Кулю и его историческому прошлому, а в научной литературе до революции появилось свыше двух десятков статей, посвященных этому вопросу. Иссык-кульские археологические памятники заинтересовали и западноевропейских ученых, о них писали венгерский историк академик У. Ковешд в 1879 году, французский историк Р. Пампелли в 1905 году и другие.
Более всего занимали исследователей подводные развалины в районе современного курорта Койсары, в урочище, носящем то же название, на восточном берегу озера. Поражало, что здесь, в прибрежной полосе, в изобилии находились обожженные кирпичи и черепки глиняной посуды, указывавшие на существование значительного поселения в прошлом. На побережье озера исследователи не раз обнаруживали остатки зданий. Находили также жернова, куски стекла, различные монеты, медные вещи и прочее. От местных рыбаков были получены сведения о существовании каких-то стен на дне озера. Вот эти-то развалины и получили особо громкую известность — изучение их представляло большой интерес для науки, но в те времена они были недоступными исследователям, так как находились под водой. Вокруг этих развалин разгорелся научный спор. Одни исследователи утверждали, что, ведя наблюдение с лодок, они ясно видели на дне кирпичные стены, составлявшие отдельные здания и даже целые кварталы улиц. Другие же говорили, что так называемые стены есть лишь плод богатого воображения и что в действительности это гряды сланцевых пород.
Решить, кто был прав, так и не смогли. Ведь найти одно и то же место на дне озера двум различным людям в разное время очень трудно, и то, что увидел один, другой мог проглядеть.
Подводные развалины находили также при устье реки Тюп на северо-восточном побережье, в районе селения Туроайгыр и деревни Чон-Койсу (Курское) на северном берегу.
Тут снова возникли разногласия: одни считали остатками города Чи-гу развалины в устье Тюпа, другие — развалины в районе Койсары.