Академик Л. С. Берг, первый раз посетивший озеро в 1903 году, отметил обратное явление: уровень озера стал повышаться. Впоследствии ему удалось установить, что это повышение происходило с 1901 по 1910 годы. Во время второго своего посещения озера, в 1928 году, Берг установил, что уровень воды в озере с 1910 года снова стал понижаться (с 1910 по 1928 годы он понизился на 1,3 метра). Понижение уровня воды продолжается и до настоящего времени, наблюдения показали, что за последние двадцать три года (с 1934 по 1959 год) оно составило 1,6 метра.
Убыль воды из озера различными исследователями объяснялась по-разному.
И. В. Мушкетов предполагал, что вода убывает, так как просачивается в сланцах и тонкослоистых известняках на дне озера.
Однако более вероятно, что уровень воды в озере колеблется благодаря периодическому изменению водного режима речной системы Иссык-Куля. Так, С. Л. Берг повышение уровня воды в Иссык-Куле объяснял обильным выпадением дождей и снегов в окружающих горах, которые в 1903 году составили четыреста пять миллиметров. Понижение уровня воды в озере П. П. Иванов объяснял обмелением местных рек, связанное с убыванием ледников на окружающих озеро вершинах. Немаловажную роль играет и орошение; с каждым годом забор воды из горных речек для орошения плантаций все увеличивается, и все меньшее количество воды попадает в озеро.
При учете всех этих данных надо иметь в виду, однако, то обстоятельство, что к сведениям об интенсивной убыли воды из озера в прошлом столетии следует относиться критически: сведения сообщались местными жителями, наблюдения их были неточны. Кроме того, в ряде районов дожди, реки и волны прибоя могли намывать довольно значительные мели у берега, отчего казалось, что озеро отступает от берега, а стало быть, мелеет.
Если подвести итог всем сведениям за последние 100 лет, окажется, что уровень воды в Иссык-Куле постепенно понижается, общий объем воды в нем уменьшается. Однако убыль воды в озере ничего не объясняет: если вода убывает, то будет наблюдаться не затопление отдельных частей берега водой, а их обнажение.
Объяснить затопление прибрежной полосы значительным наводнением — сравнительно быстрым наполнением чаши озера большим количеством воды — также нет оснований. Простой подсчет показывает, что для повышения уровня воды в озере хотя бы на один метр требуется 6,2 кубических километра воды. Такому количеству воды в короткий срок здесь неоткуда взяться.
Итак, первая гипотеза — затопление прибрежных поселений наводнением — отпадает.
Вторая гипотеза — поднятие части дна озера, вытеснение воды и затопление ею побережья — довольно правдоподобна. Однако она нуждается в поправке.
Следует объяснять кажущееся колебание уровня озера не поднятием дна озера в его средней части, а периодическим опусканием и поднятием части прибрежной полосы. В результате тектонической деятельности в районе Иссык-Кульской котловины происходит колебание уровня земной коры. Процесс этот, по мнению Л. П. Зяблина, распространяется неодинаково по всей площади котловины, а фиксируется локально, то есть в определенных местах. Так, в 1957 и 1958 годах в западной части котловины было замечено понижение береговой линии: часть улиц города Рыбачье оказалась затоплена водой. Восточный берег в районе курорта Койсары, наоборот, подымается. 'Здесь постепенно выходит на поверхность древнее обширное поселение городского типа, еще полсотни лет тому назад находившееся под водой.
Если вспомнить свидетельство Л. С. Берга о повышении уровня воды в озере в западной части в 1903–1910 годах и указания средневековых авторов Сюань Цзана (VII век) и Мухаммеда Хайдера (XVI век), окажется, что окружность озера за истекшие двенадцать-тринадцать столетий не изменилась. Значит, так называемое колебание уровня воды в Иссык-Куле есть явление кажущееся — уровень воды в нем остается постоянным и со времен Сюань Цзана общий объем воды в водоеме не изменился сколько-нибудь существенно. Наступление же и отступление воды в различных районах озера вызвано опусканием и поднятием береговой линии в этих районах.
Общая убыль воды в озере относится в основном к новейшему периоду и вызвана интенсивным расширением оросительной системы, а, стало быть, уменьшением притока речных вод в озеро.
Наконец, третья гипотеза — о землетрясениях.
Мы уже говорили, что Иссык-Кульская котловина представляет собой живую геосинклиналь — тектонические процессы продолжаются в ней до настоящего времени. Проще говоря, Иссык-Кульская котловина — область, в которой часто происходят землетрясения. По исследованиям И. В. Мушкетова, здесь на каждое столетие приходится сто пятьдесят дней с землетрясениями. При этом сила подземных толчков нередко достигает восьми-десяти баллов.