10 января 1991 года Горбачев передал парламенту Литвы требование восстановить действие советской конституции в Литве. На следующий день в Вильнюс вошли армейские части.
Действия Советской армии навевали ощущение дежавю. Как и в 1968 году в Чехословакии, армейские подразделения заняли ключевые точки в городе, включая Дом печати, командование Департамента охраны, узел связи. Однако в ночь на 13 января произошло нечто непредвиденное.
Для захвата центров телекоммуникаций решили использовать отряд группы «Альфа», элитного контртеррористического подразделения. Всего в Вильнюс отправились 67 офицеров. Перед выходом альфовцам велели не использовать стрелковое оружие. Вообще в целом операцию планировали провести без крови, при помощи холостых выстрелов и светошумовых гранат для психологического давления.
Проблема состояла только в том, что вокруг зданий находилось по 5–6 тысяч сторонников «Саюдиса», и они вовсе не были настроены дружественно. Армейского и милицейского вооружения у них было относительно мало, зато имелись «коктейли Молотова», камни, заточки и прочее импровизированное оружие.
Комитет по телевидению и радиовещанию альфовцы совместно с частями ВДВ и местного ОМОНа захватили быстро и без эксцессов. Милиционеров разоружили, через толпу альфовцы пробились. Однако уже внутри здания лейтенант Виктор Шатских пожаловался на боль в спине. Как выяснилось, он получил смертельное ранение автоматной пулей. Кто стрелял, так и осталось неизвестным. Альфовцы заняли телецентр, парализовали его работу и вскоре передали здание десантникам.
Другая группа спецназовцев захватывала телебашню и радиостанцию. То же самое: сопротивляющаяся толпа, «коктейли Молотова», камни. Тем не менее объекты были захвачены и взяты под охрану.
Однако без массового кровопролития не обошлось. Если спецподразделения действовали аккуратно, щадя людей, то армейцы и ОМОН выполняли задачи более жестко, а возле здания МВД начался настоящий бой, было много убитых и раненых. К тому же бронетехника носилась в темноте по городу, забитому манифестантами. На незнакомых улицах перенервничавшие и не всегда квалифицированные водители не смогли избежать наездов. Кроме того, сами протестующие активно вели огонь из имевшегося у них оружия, и при стрельбе в толпе пули сторонников независимости, вероятнее всего, убили не только лейтенанта «Альфы».
В общей сложности за ночь погибли 14 манифестантов, около 600 человек получили ранения и травмы.
С военной точки зрения силовики добились выполнения всех целей, поставленных центром. Однако политические последствия событий в Вильнюсе сделали эту победу пирровой. Ситуацию особенно усугубила беспомощная ложь Горбачева на следующий день после кровопролития: генсек якобы спал и не знал, что происходит в Литве.
Власти тут же подверглись обструкции, причем осудить действия силовиков поспешили даже Верховные Советы союзных республик, включая РСФСР. В результате войска из Вильнюса были выведены, а Литва стала фактически независимой. Она открыла список республик, вышедших из состава СССР.
События в Прибалтике использовал в своих интересах Борис Ельцин. Для него происходящее стало частью общей интриги против Горбачева как президента СССР. Уже 13 января он приехал в Таллин и там сделал с главами прибалтийских республик совместное заявление о взаимной поддержке и признании суверенитетов.
Однако события в Вильнюсе оказались лишь разминкой перед столкновениями в соседней республике — Латвии.
Здесь в качестве локомотива перемен выступило движение «Народный фронт». Опять-таки, это движение изначально занималось историческими, культурными и экологическими вопросами. Как и в случае с «Саюдисом», НФ Латвии включал в себя не только либералов, но и реформатское крыло компартии. Однако от борьбы за окружающую среду латышские активисты быстро перешли к политическим требованиям. События развивались по схожему с литовским сценарию. В 1990 году «Народный фронт» получил большинство в местном Верховном Совете, и 3 мая последовало принятие декларации независимости.
Когда шла стрельба в Вильнюсе, в Риге строили баррикады. Однако атаки со стороны войск Союза не последовало. Горбачев был слишком деморализован неожиданно жесткой и массовой реакцией, которую вызвала операция в Вильнюсе. Но произошло то, чего никто не мог ожидать, — верность гибнущему Советскому Союзу продемонстрировали силовики на месте. В январе 1991 года баррикады начал атаковать рижский ОМОН — по собственной инициативе.