Как видим, основные требования новгородцев касаются вопросов суда — это прямая реакция на события 1475—1477 гг. Руководство феодальной республики верно оценило смертельную опасность, которую представлял для новгородских порядков непосредственный суд великого князя, и сделало попытку хотя бы ограничить сферу этого суда.
Начавшиеся переговоры не привели к приостановке движения московских войск. В день начала переговоров, 24 ноября, воеводам Передового полка, стоявшего на Бронниче, было послано приказание идти со своими войсками прямо к городу. К другой стороне Новгорода, к левому берегу Волхова, к Юрьеву и Аркажскому монастырям, были посланы отряды князя Семена Ряполовского и войска, выделенные из полков Левой руки и Большого. Все три отряда перешли по льду через Ильмень и вышли к городу одновременно, в ночь с 14 на 25 ноября («с понедельника на вторник»). Они заняли Городище и все пригородные монастыри. В результате этого маневра город был полностью окружен.
Тем временем переговоры продолжались. 25 ноября московская делегация дала ответ новгородцам. Изложив свою версию истории конфликта и подчеркнув «неисправление» новгородцев, которые «ложь положили на… своих государей» (отрекшись на вече в мае 1477 г. от своего посольства), московская сторона категорически отказалась освободить новгородских бояр, осужденных в 1475 г. за уголовные преступления. При этом великий князь (устами Ивана Борисовича Тучкова) напомнил членам новгородской делегации Луке Исакову Полинарьину и житьему Григорию Арзубьеву, что они сами в 1475 г. жаловались на этих бояр и что он (великий князь) не предал смерти виновных только по челобитью владыки и своей «отчины». Первый тур переговоров закончился заявлением главы московской делегации, передавшего многозначительные слова великого князя: «…они знают, отчина наша, как им нам, великим князем, бити челом». После этого новгородским делегатам оставалось только просить о приставе, чтобы проводил их обратно до города, что и было выполнено по распоряжению великого князя Иваном Руно.
27 ноября через Ильмень перешел сам великий князь и стал у Троицы на Паозерье, в бывшем селе Ивана Лошинского19. Началось Троицкое стояние — последний акт агонии феодальной республики. Новгород со всех сторон окружен московскими войсками: постепенно подтягиваясь к городу, они занимают все пригородные монастыри и посады согласно подробному расписанию, приведенному в Московской летописи.
30 ноября «князь великы велел всем воеводам по корм посылати людей половину, а другую у себя оставляти. А срок им по корм 10 дней, а в 11, четверток по Николин день, всем быти под городом, где бы хто ни был». Это важное известие представляет большой интерес. Оно раскрывает систему снабжения московского войска: стянутые под Новгород полки довольствовались кормами, собиравшимися с местного населения: служилые люди рассыпались по Новгородской земле, силой добывая себе пропитание и военную добычу. Эта система довольствования, общепринятая в средние века, с точки зрения местных жителей, являлась не более чем грабежом и могла в сильнейшей степени деморализовать войска. Учитывая это, московское командование следило за порядком в своем войске: половина личного состава оставалась в полной боевой готовности, а срок добывания «кормов» строго ограничивался. В тот же день с Севастьяном Кушелевым было послано повторное приказание псковичам, «чтобы пошли не мотчая и с пушками и со всею приправою по первому приказу». Это приказание псковичи получили, находясь уже в Сольцах на Шелони.
1 декабря к великому князю снова прибыла новгородская делегация (в том же составе) и начался второй тур переговоров. Он был недолгим.
Не предъявляя со своей стороны никаких требований, новгородцы просили только о прекращении военных действий, «да чтобы государь пожаловал, указал своей отчине, как Бог положит ему на сердце своя отчина жаловати». По-видимому, результат первых переговоров привел руководство Новгорода к мысли о необходимости полной капитуляции — это именно то, с чем приехали делегаты на Паозерье. Но московское руководство оставалось непреклонным: в ответ на свою просьбу о пощаде новгородцы после повторного исчисления своих вин снова услышали от московской делегации, в состав которой был включен дополнительно князь Иван Стрига Оболенский, ту же формулу: «…они знают, как бити челом». С этим делегация отбыла обратно в Новгород. 5 декабря переговоры возобновились.