В тот же день, 18 января, по просьбе владыки были даны приставы в волости и села, «понеже христиане бежане не смеют из города идти», началась реэвакуация населения, сбежавшегося в город из окрестных мест.
20 января в Москву был отправлен (и 27-го прибыл) князь Иван Слых с известием, что великий князь «отчину свою Великы Новгород привел в всю свою волю и учинился на нем государем, как и на Москве». В терминах феодального права эта формула наиболее точно и лаконично вскрывает суть событий Троицкого стояния. Великий Новгород полностью утратил свой особый политический статус и стал одним из городов Русского государства — таким, как, например, Кострома, Переяславль или Нижний Новгород. «А новгородской старине никоторой не быти, ни вечю, ни суду, ни посаднику степенному, ни тысяцким», — прокомментировал этот факт псковский летописец35.
22 января состоялось назначение наместников в Новгород — ими стали братья князья Иван Стрига и Ярослав Оболенские. В самом городе свирепствовал мор — очевидно, эпидемия, вызванная скученностью и голодом[37], поэтому въезд великого князя в город состоялся только 29 января, когда он с братьями и князем Василием Верейским «ударили челом святой Софье… да и обедни слушал у святые Софьи». Но и тогда он не поселился на очищенном для него по его требованию Ярославовом дворе, а вернулся к себе на Паозерье.
Как и два года назад, новгородская знать давала своему государю многие «поминки». Но как и тогда, это не имело ровно никакого политического значения и ни в какой мере не влияло на линию поведения московского правительства. Оно отдавало себе отчет в том, что вчерашние всевластные руководители боярской республики — ненадежная, шаткая опора новых порядков и что акт крестного целования не мог сам по себе превратить их в искренних сторонников политики централизации. Став подлинным, безоговорочным «государем» в своей «отчине», великий князь принял меры к обезвреживанию наиболее активных деятелей литовской партии. 1 февраля по его распоряжению «поимали» старосту купецкого Марка Памфильева. На следующий день та же участь постигла главных врагов Москвы — Марфу Исакову Борецкую и внука ее Василия Федорова, а 6 февраля — житьего Григория Киприанова Арзубьева.
С ликвидацией политического статуса феодальной республики была связана и ревизия новгородского правительственного архива — 3 февраля наместник-князь Иван Стрига «поимал» у новгородцев и доставил великому князю «грамоты докончания, что докончаниа ни было им с великим князи с Литовскими и с королем». Через два дня были назначены еще два наместника — Василий Китай и Иван Зиновьев(ич). Видимо, задачи организации принципиально нового управления огромным городом, еще вчера пользовавшимся полной внутренней автономией, потребовали создания административного аппарата более обширного, чем это предполагалось вначале. По данным Псковской летописи, Иван Стрига и его брат Ярослав были назначены наместниками на Купецкую (Торговую) сторону, а В. Китай и И. Зиновьев — на Владычную (Софийскую)36.
Наместники должны были «всяки… дела судебныа и земскиа правити по великого князя пошлинам и старинам, а владыке новгородскому, опричь своего святительского суду… не вступатися ни во что же… ни послов слати нам к ним, посольства правити кому ниоткуду приехав с иноя земли, то к ним все правити, а не владыке, ни к Новугороду»37. Назначением наместников был положен первый камень в здание нового управления Новгородом и Новгородской землей. Наместники великого князя были посланы также на Заволочье и Двину.
7 февраля «поиманные» новгородцы были отправлены «к Москве». В числе их кроме уже упомянутых оказались Иван Кузьмин Савелков, Окинф с сыном Романом и Юрий Репехов. «Животы» пойманных были конфискованы и отписаны на великого князя, чем был сделан фактически первый реальный шаг к ликвидации земельного могущества новгородских магнатов.