Зимой 1463/64 г. в условиях наметившегося улучшения новгородско-московских отношений Москва отказалась непосредственно поддержать Псков в его конфликте с Новгородом. Конфликт же этот в связи с конфискацией псковичами владычных земель продолжал обостряться. По сообщению Псковской летописи, в 1464/65 г. «бысть рагоза псковичам с новгородцами» по этому именно поводу. «И новгородцы же бита челом немцем, чтобы им пособили противу псковичь: и немцы ркошася пособити»20. Это первое прямое известие о союзе Новгорода с Орденом против «младшего брата». Перспектива войны с Новгородом и Орденом, «что воружаются поити на псковичь», а главное — позиция Москвы, вынудили Господин Псков на уступки. В августе 1465 г. посольство псковских посадников в Новгороде согласилось вернуть владения архиепископа («се вам вода и земля владычня»), но отказалось возместить понесенные владыкой убытки. Новгородская сторона, по словам летописца, взяла на себя защиту интересов Ордена («сташа о немецких старинах на немечь исправливати»), из-за чего «много бысть истомы» на переговорах. По-видимому, отношения Новгорода с Орденом к тому времени были достаточно прочными и их союз обретал реальную силу. Тем не менее переговоры закончились успешно: «Взяша новгородцы и псковичи мир по старине». Целование креста повторено было во Пскове «пред новгородскими послы» (приехавшими во Псков «за неделю до Семена дни», т.е. около 25 августа), «что псковичем с новгородцы держати мир по старине, а владыке новгородскому ездити во Псков по старине на свою пошлину». Во исполнение этого архиепископ Иона уже 6 октября въехал во Псков, торжественно встреченный по старинной традиции, и пробыл там до 24 октября21.
Конфликт о владычных землях был, таким образом, улажен, однако его глубинные причины отнюдь не были устранены. К середине 60-х годов расстановка политических сил становилась все более ясной. Мир с Москвой и отход от литовской ориентации не привели к коренному перелому в политической практике Новгорода. В своей борьбе против Москвы и ее союзника и вассала Пскова новгородские верхи опирались на внешние силы — Литву и Орден. Отчуждение между Новгородом и другими русскими землями продолжало нарастать. Уступка псковичей в вопросе о владениях архиепископа могла только отсрочить развязку, но не меняла враждебного отношения Новгорода к своей «мнимой братье». Показательна, например, такая запись новгородского летописца 1466 г.: «Месяца июня 22, нощи, пожар бысть на десятине от поварни владыцных келей, стояще тут псковский посол. Сие бысть от них огня огореша две церкви… и много добра изгибе, по нашим грехом, а по псковскому неведению и неразумию, и по худому их величанию»22 (разрядка моя. — Ю. А.).
Тем не менее период после 1463 г. характеризуется определенным смягчением новгородско-московских и новгородско-псковских отношений. Победе в Новгороде партии сторонников Москвы, надо полагать, способствовала гибкость московской политики, стремившейся избежать открытого разрыва отношений, чреватого вмешательством зарубежных доброхотов Новгорода. Архиепископ Иона и стоящие за его спиной представители новгородской господы тоже, видимо, не хотели обострения конфликта. Отношения с Москвой и Псковом в середине 60-х годов XV в. поддерживаются в состоянии равновесия, хотя и достаточно шаткого, как показали дальнейшие события.
Под 1468/69 г. новгородский летописец сделал запись: «Возмутившимся хрестианом о неправды в Великом Новгороде написаша грамоту и крест на ней человаша. И в ту же неправду внидоша». Конкретный смысл «неправды» и содержание крестоцеловальной грамоты остаются неясными. Но перед нами отражение каких-то достаточно важных событий, «возмутивших» Великий Новгород. Что это за события, можно только гадать. Не исключено, например, что именно в то время в новгородской политике происходил поворот, связанный с очередной сменой власти. Так как до этого времени, начиная примерно с конца 1463 г., у власти стояла, по-видимому, умеренная группировка, пытавшаяся поддержать отношения с Москвой, возникает мысль: не связана ли приведенная запись с приходом к власти представителей другой ориентации? Новгородский летописец отнесся к этим событиям с достаточным пессимизмом: «…аще не обратитесь, оружие свое очистить и лук свой напряжеть, уготова в них съсуды смертные»23. Во всяком случае, политическое положение в боярской республике было отнюдь не стабильным.