Правдоподобна и картина первого этапа боя, нарисованная новгородским летописцем: пешая новгородская рать была разбита москвичами, не будучи поддержана своей конницей. Более сомнительно известие о татарах, якобы составлявших засадный полк. По данным Московской летописи, татарские отряды входили не в состав войска князя Холмского, а в правую колонну князя Стриги Оболенского, наступавшую по Мсте.
Большой интерес представляет рассказ новгородского летописца о распрях в стане новгородцев, об отсутствии твердой организации, единства командования и согласованности действий. Из рассказа летописца видно, что все это и было непосредственной причиной поражения новгородцев: они вступали в бой поэшелонно и были разбиты по частям. Распри перед лицом противника, в момент начала боя, — свидетельство рыхлости, неспаянности новгородского войска. Это не только и не столько результат плохого, неквалифицированного командования, но и прежде всего следствие глубинных процессов социально-политического разложения, охвативших феодальную республику в канун ее краха. Конница, составленная из феодалов и более состоятельных слоев горожан, отказывается поддержать пехоту, состоящую из городской и сельской мелкоты. Полк архиепископа (вероятно, одна из лучших частей войска) пытается проводить на поле боя самостоятельную «политику», следуя, очевидно, инструкциям, полученным от владыки, который хочет по возможности избежать открытого конфликта с великим князем. Наконец, «меньшие», тяготясь длительным походом, тоже стремятся к самостоятельным действиям, устраивая на поле боя нечто вроде вечевого собрания.
Картина социальной и политической розни в стане новгородцев, рисуемая новгородским летописцем, вполне подтверждается рассказом Московской летописи. В ней подчеркивается насильственный характер мобилизации в Новгороде и отсутствие у массы рядовых горожан умения и желания сражаться: «…спроста рещи, плотницы и гончары и прочии, которые родившея на лошади не бывали, и на мысли которым того и не бывало, что руки подняти противу великого князя, всех тех изменници они силою выгнаша, а которым бо не хотети поити к бою тому, и они сами тех разграбляху и избиваху, а иных в реку в Волхов метаху»20.
Перечисленные факторы определили конечный итог сражения, в оценке которого сходятся все источники: полный разгром новгородской рати значительно меньшим, по всей вероятности, московским войском. По существу это крах всей военной организации феодальной республики. На берегах Шелони столкнулись две военные системы — архаическая удельно-вечевая и новая, созданная Московским государством. Победа москвичей — это решающая победа нового над старым, традиций феодальной централизации над традициями феодальной раздробленности.
Разгром главных сил Новгорода на Шелони определил весь дальнейший ход кампании. Войска великого князя «после бою того воевали много посады новгородские и до немецкого рубежа по реку Нерову». Активно действовали и псковичи, в том числе «добровольные люди», силу которых псковский летописец определяет в полторы тысячи человек. Главные силы псковского войска во главе с князем В. Ф. Шуйским, оставив отряд с 6 пушками для осады Порхова, двинулись по приказу великого князя к самому Новгороду, остановившись в 20 верстах от него.
Кампания была фактически окончена. 18 июля, находясь в Яжелбицах, великий князь получил известие о Шелонской победе. Здесь же он принял новгородского посла Луку Клементьева с просьбой об «опасе» для проезда делегации на мирные переговоры. 24 июля, прибыв в Руссу, великий князь распорядился участью пленных. Он «велел казнити главною казнию новгородских посадников за их измену и за отступление: Дмитрия Исакова Борецьского, да Васильа Губу Селезнева, да Еремея Сухощока, да Киприана Арзубьева». Василий Казимир, Кузьма Григорьев, Яков Федоров, Матвей Селезнев, Кузьма Грузов должны были быть отведены в Коломну и посажены в оковы. По данным Ермолинской летописи, с «людей добрых новгородцев» был взят окуп, а посадники, на которых «разъярився» великий князь, были перед казнью биты кнутом. Но зато великий князь «мелких людей велел отпущати к Новгороду»21.