Однако, при всем значении военного превосходства Москвы, ярко проявившегося в ходе войны 1471 г., было бы неверным сводить причины быстрого разгрома огромной феодальной республики только к чисто военному фактору. Эти причины носят более глубокий и органический характер.
Первая и наиболее существенная из них коренится в самих особенностях социально-политического строя Господина Великого Новгорода. В нем сохранялись в пережиточном виде некоторые черты раннефеодальной общественной структуры — политическое господство вечевой городской общины над огромной территорией, выродившееся ко второй половине XV в. в эгоистическую диктатуру боярской олигархии. Отсюда глубокие социально-политические противоречия, во-первых, между «старшим» городом и его пригородами и волостями, во-вторых, внутри самой городской общины между боярскими династиями, держащими в своих руках всю политическую власть и экономическое могущество республики, и массой рядовых новгородцев — мелких и мельчайших землевладельцев и ремесленников. Господство феодальной аристократии, основанное на огромных земельных богатствах и экспортной промысловой торговле, пришло в полное противоречие с интересами основной массы населения республики. Социальная опора боярской олигархии оказалась непрочной — в этом главная причина ее быстрого краха.
Другая причина поражения Новгорода, тесно связанная с первой, кроется в особенностях конкретной политической линии, взятой боярским руководством в последние годы его пребывания у власти, — отрыв Новгорода от Русской земли и его подчинение иноземному государю. Эта линия находилась в прямом противоречии с интересами Русской земли в целом, с необходимостью объединения всех сил для достижения политической независимости и сохранения самого существования Руси, окруженной со всех сторон мощными и агрессивными соседями. Пойдя во имя своих собственных интересов на явную политическую авантюру и отдавая себя и свою республику под покровительство враждебного Руси иноязычного и иноверного короля, боярская олигархия бросала вызов всей Русской земле, всей складывающейся новой политической системе мощного централизованного государства. Старые вечевые традиции «выбора» князей на этой фазе общественного развития переросли в прямую измену интересам Русской земли и привели к полной политической изоляции Новгорода, против которого поднялась вся Русь. Литовская ориентация правящей верхушки способствовала крайнему обострению политической борьбы в самом Новгороде и усилению социальных, классовых противоречий в новгородском обществе. Политическая изоляция новгородской боярской олигархии как в масштабах всей Руси, так и в пределах собственного города — вторая важнейшая причина ее военного поражения.
Победа Москвы над Новгородом в 1471 г. — это прежде всего победа новых центростремительных тенденций общественно-политического развития Руси над старыми, центробежными. Решительное поражение Новгорода — это разгром наиболее реального воплощения старой политической системы феодальной раздробленности страны. С этой точки зрения падение феодальной республики — факт огромного политического значения, один из наиболее существенных этапов в создании единого централизованного Русского государства.
Вторая половина XV в. застает Новгородскую республику на вечерней заре ее долгой и яркой истории, когда особенности общественного строя, способствовавшие расцвету республики, в ходе исторического развития обратились в свою противоположность. Еще живые в сознании тысяч новгородцев традиции вечевой вольности, лишенные своего реального содержания, превратились в тормоз дальнейшего развития и самого Новгорода, и всей Русской земли. Столкновение старой традиции с реальными потребностями и задачами новой эпохи, разрушение старых морально-политических ценностей, сопровождавшееся к тому же огромными людскими и материальными потерями в ходе жестокой феодальной войны, не могли не вызвать болезненного слома общественного сознания. Блестящая и заслуженная, исторически оправданная и необходимая победа Москвы над Новгородом, выводившая страну и сам Новгород на новые широкие пути исторического бытия, неразрывно связана с трагедией уходящей в прошлое когда-то героической и жизнеспособной вечевой «старины».