Александр I отметил, что порядок деятельности судебных и административных учреждений должен различаться.
Новосильцев начал с изложения порядка составления министерских докладов, подаваемых императору, в случае отсутствия необходимых законов. Каждый такой доклад должен был содержать суть вопроса, требующего распоряжения императора, причины этого и пользу, которую принесет разрешение его. Эти доклады предварительно рассматривались комитетом, составленным из министров105. (Так, в протоколах Негласного комитета впервые появляется термин "комитет, составленный из министров"). При несоблюдении этого порядка каждый министр был вправе сделать представление императору по теме доклада. (Таким образом, данная статься проекта Н.Н. Новосильцева была существенно переработана, по сравнению с редакцией обсуждавшейся на заседании Негласного комитета 11 апреля 1802 г.). Александр I выразил сомнение в необходимости таких распоряжений. Члены Негласного комитета высказали следующие аргументы за - все ветви государственного управления связаны в единую цепь, поэтому все распоряжения должны быть согласованы друг с другом, кроме того, предварительное обсуждение предотвращает случаи введения в заблуждение императора и заставляет министров придерживаться границ их служебного долга.
Александр I согласился с мнением членов Негласного комитета.
Было решено, что обычные дела будут рассматриваться самими министрами, но наиболее важные из них будут обсуждаться в Непременном Совете, на специально созываемых для этого совещаниях. (Будущие события в сфере высшего государственного управления покажут, что именно этой формулировкой проекта Н.Н. Новосильцева было положено начало высшему административному органу Российской империи - Комитету министров. Очевидно, что члены Негласного комитета не сознавали, что создают новый высший государственный орган, так как на заседании 21 апреля 1802 г. речь шла исключительно о преобразовании Непременного Совета, в виде разделения его на два состава - узкий, из одних министров и широкий, включающий министров и остальных членов Непременного Совета. Только уже практическая реализация манифеста "Об учреждении министерств" от 8 сентября 1802 г. дала толчок созданию особого Комитета министров, независимого от Непременного Совета).
Император поинтересовался у членов Негласного комитета, о том, почему бы не вносить в Непременный Совет все дела. Члены комитета объяснили императору, что только от его воли зависит внесение вопросов в Непременный Совет и, что внесение всех вопросов в Непременный Совет, затруднит порядок управления, и деятельность министров, которые и без того несут большую ответственность. Император одобрил мнение членов Негласного комитета.
После обсуждения этого пункта, император выразил согласие с тем, что министры должны немедленно приступить к работе, потому что, если они будут назначены, но не приступят к работе в течение 1-2 месяцев, то нынешние чиновники, зная о своей отставке, будут плохо выполнять свои обязанности и вызовут у его величества еще большее неприятие своими жалобами и т.д., что в первое время новые министры создадут свои канцелярии на основе старых чиновников, даже если дела пойдут и не особенно блестяще. Министрам дадут условное представление об их канцеляриях106. В течение 6 недель министерские канцелярии должны быть укомплектованы и приведены хотя бы приблизительно в то состояние, какое они должны иметь по преобразовательным планам.
Далее, приступили к обсуждению статей, еще не представленных императору107.
Дискуссию вызвал вопрос ответственности министров.
По проекту Новосильцева каждый министр представлял ежегодный отчет императору. Этот отчет предварительно рассматривался Сенатом и вместе с сенатским заключением в форме доклада подносился императору. Помимо этого, Сенат наделялся правом требовать объяснения от министров в течение всего года108. Император высказал мнение в том смысле, что "Сенату предоставлялось право, которым он никогда не обладал, что если из него хотят сделать подобие суда, то одно будет противоречить другому"109. Н.Н. Новосильцев ответил, что его величество одобрил идею о том, чтобы еще больше сблизить суд и подсудных, распределив департаменты Сената по губерниям империи110, тогда первый департамент остался бы здесь и его нельзя отделять от его административных функций, но это правило заставило бы его стать в каком-то смысле зачатком верхней палаты111. Император согласился с этими доводами.
Далее, была одобрена статья, в которой устанавливалось, что все министры являются членами Непременного Совета. Вопросы управления обсуждаются в Непременном Совете, при участии министра, в компетенцию которого входит данный вопрос и при обязательном участии министров юстиции, внутренних дел и финансов. Было решено, что Непременный Совет будет собираться только по официальному уведомлению, направленному лично каждому из членов.
Александр I отметил, что для заседаний Непременного Совета уже существуют специальные дни и если не будет дела, требующего срочного созыва, то можно будет оповестить членов Непременного Совета об отмене очередного заседания. Эту реплику приняли к сведению.
Дальнейшее обсуждение коснулось функций поручика министра. Он должен был принимать полное или частичное участие во всех делах министра, по усмотрению последнего. Император высказал мнение, что нужно будет конкретнее определить сферу деятельности поручика министра, который слишком зависел от министра.
Далее, министрам было приказано назначить два дня в неделю для приема. Первоначально было решено, что министры должны были сами определить дни приема, но император повелел, чтобы им назначить дни.
При обсуждении статьи о принципах организации министерских канцелярий, император высказался за то, чтобы не включать эти положения в инструкцию каждого министра.