Несмотря на все проведенные мероприятия, войскам катастрофически недоставало зенитной артиллерии. В стрелковых полках и дивизиях для противовоздушной обороны штатами предусматривались зенитные дивизионы, а в стрелковых батальонах предусматривалось иметь зенитную самоходную батарею на вооружение которых должны были поступить 23-мм автоматические спаренные зенитные установки. Однако к декабрю 1939 года установок этого калибра насчитывалось всего 682, в то время как по штату требовалось более 8 тыс. Многие стрелковые, танковые и моторизованные дивизии все еще оставались без зенитных средств, то есть без основных средств прикрытия боевых порядков от воздушного нападения, поэтому было принято решение к зиме 1940 года обеспечить каждую роту четырьмя 12,7 мм пулеметами, способными осуществлять зенитное прикрытие подразделений от пикирующих бомбардировщиков.
Быстро развивалась противотанковая артиллерия. Наряду с введением в штаты стрелковых батальонов и полков 76 мм буксируемых ПТО, с сентября 1939 года начались поступать 76 мм самоходные противотанковые установки для формирования мобильных противотанковых подразделений дивизий, что значительно повысило противотанковую устойчивость пехотных подразделений.
Развертывая подготовку страны и Вооруженных Сил к отражению агрессии, Советское правительство проводило активные мобилизационные мероприятия. Проведение крупных организационных мероприятий требовало немалого времени. К тому же необходимо было учесть соображения, высказанные на майском совещании высшего командного и политического состава армии и флота. Были уточненные задачи по прикрытию государственной границы. Для каждого приграничного округа определялись боевой состав войск, важнейшие направления прикрытия, количество и границы районов прикрытия.
Генеральный штаб предполагал возможность ведения войны на два фронта, на Западном и Восточном оперативных направлениях. В сентябре 1939 года по предложению Тимошенко в состав восточного оперативного направления вошли Забайкальская и Дальневосточная группы армий, что в военное время превращались в фронты. Стык будущих фронтов проходил по реке Урка через станцию Ерофей Павлович.
Дальневосточная группа армий включала 1-ю, 2-ю, 3-ю и 4-ю армии, а также Хабаровскую группу войск в составе трех механизированных корпусов. В оперативном подчинении находились Тихоокеанский флот и Краснознамённая Амурская флотилия бронекатеров. Штаб фронта располагался в Комсомольске на Амуре. На базе Особого стрелкового корпуса, на острове Сахалин была сформирована 16-я армия. Командующим группой армий был назначен генерал-полковник Штерн Г. М. Общий состав насчитывал примерно 400 тысяч человек.
В состав Забайкальской группы армий вошли 15-я, 25-я и 35-я общевойсковые армии, Алтайский, Кяхтинский и Мангутский механизированные армейские корпуса. В оперативное подчинение Забайкальского фронта была передана 57 особая оперативная группа советских войск в Монголии общей численностью в 40 тысяч человек. Командующим группы армий был назначен генерал-полковник Апанасенко И.Р. Общий состав насчитывал примерно 300 тысяч человек.
Для обеспечения действий войск Восточного оперативного направления были сформированы 9-я и 10-я воздушные армии. Самолетный парк, которых насчитывал 2600 самолетов. Для нанесения ударов по тылам японских войск на Дальнем Востоке был развернут 5-й корпус Дальнебомбардировочной авиации с самолетами ДБ-3.
С поступление нового корабельно-катерного состава был усилен Тихоокеанский флот, командующим назначен вице-адмирал И. С. Юмашев, и Краснознаменная Амурская военная флотилия, командующий контр-адмирал П. С. Абанькин. В их состав начали поступать новые надводные корабли, подводные лодки, авиация. К декабрю 1939 года на Тихоокеанском флоте насчитывалось около 220 кораблей различных классов, в том числе 3 тяжелых крейсера, 10 легких крейсеров, 57 эскадренных миноносцев, 6 сторожевых кораблей, 45 подводных лодок, 17 тральщиков, 5 минных заградителей, 60 торпедных и сторожевых катеров, а также куча кораблей обеспечения.
Амурская флотилия имела в своем составе 8 мониторов, 5 речных канонерских лодок, 48 бронекатеров, 4 тральщика, 13 катеров-тральщиков. Проводилась работа по укреплению береговой обороны и оборудованию основных военно-морских баз и аэродромов.
К концу 1939 года штабы завершили разработку планов прикрытия государственной границы и представили их на утверждение в Наркомат обороны.