В московских и ленинградских следственных делах был собран обильный «компромат» на новых «руководителей и членов организации». Среди них значились крупнейшие ученые страны — академики В.И. Вернадский, М.С. Грушевский, Н.С. Державин, Н.Д. Зелинский, В.М. Истрин, Н.С. Курнаков, Б.М. Ляпунов, В.Н. Перетц, М.Н. Сперанский. Вопрос об аресте академиков решался на самом высоком уровне, и там сочли нужным ограничиться лишь двумя учеными-славистами старой школы, сохранявшими независимость взглядов, — М.Н. Сперанским и В.Н. Перетцем. Последний был объявлен националистом и русским и украинским Одновременно. Обоих арестовали в ночь на 12 апреля 1934 года. Историк М.С. Грушевский, очевидно, избежал ареста лишь в связи с кончиной (25 ноября 1934 г.), поскольку посмертно его объявили главой «контрреволюционного центра», но уже не российского, а украинского. Слависты оказались в особо невыгодном положении еще из-за того, что в то время шла борьба с «панславизмом», отношения со славянскими странами «санитарного кордона» были крайне напряженными и даже общее происхождение славянских языков и народов было «опровергнуто» академиком Н.Я. Марром, «доказавшим», что русский язык «оказался по пластам некоторых стадий более близок к грузинскому, чем… к любому индоевропейскому, хотя бы славянскому».
Первоначально обвинения арестованным сводились к следующему. На рубеже 1920-х и 1930-х годов в Москве под руководством академика М.Н. Сперанского группа славистов якобы начала готовить свержение советской власти и восстановление монархии. Среди арестованных были лица только со славянскими фамилиями. «Инородцев» в связях с монархистами не подозревали. В своих действиях группа Сперанского руководствовалась-де указаниями «закордонного русского фашистского центра, объединяющего эмигрантские группы и возглавляемого князем Н.С. Трубецким». Имелись в виду, конечно же, евразийцы. Обнаруженное во время ареста у одного из обвиняемых собрание статей Н.С. Трубецкого «К проблеме русского самопознания» (Париж, 1927) расценивалось как «платформа русского фашизма». Координация действий московского и венского центров была инкриминирована члену-корреспонденту АН СССР H.H. Дурново, который в середине 1920-х годов находился в заграничной командировке, его сын к тому же стал родственником князей Трубецких.
Однако М.Н. Сперанский, по ходатайству младшего брата Г.Н. Сперанского (в те годы — директора Института охраны материнства и детства и, что важнее всего, главного кремлевского педиатра, лечившего детей членов Политбюро), был вскоре вызволен из тюрьмы и содержался до суда дома. Может быть, и в этой связи с апреля 1934 года следствие приняло «уточненное» направление: славянская филология — реакционная наука, которая получила широкое распространение в фашистской Германии; читая лекции в университете, обвиняемые толкали молодежь в объятия религии; публикуя книги и статьи в буржуазных странах, они наносили большой вред нашей идеологии. Такие же обвинения содержал и «научный доклад», оглашенный в Ленинграде в Институте языка и мышления в конце 1934 года. Славянская филология, утверждалось в нем, «была всегда наукой заведомо и насквозь пронизанной зоологическим национализмом», а в настоящее время в качестве своей теоретической базы имеет «идеализм фашистского толка». Из сказанного видно, что все относившееся к собственно русскому и славянскому вопросам, вплоть до середины 1930-х годов маркировалось в СССР как фашизм. Из осужденных по делу «российской национальной партии» одиннадцать были расстреляны в местах заключения в 1937–1938 годы, в том числе H.H. и А.Н. Дурново, Г.А. Ильинский, B.C. и В.В. Трубецкие. Лишенные академических званий и приговоренные к ссылке академики прожили недолго. В.Н. Перетц скончался в сентябре 1934 года, М.Н. Сперанский — в апреле 1938-го. Результатом «очищения» славяноведения от «фашистов» стало прекращение исследований по славистике и Преподавания славяноведческих дисциплин. Подготовка славяноведов была возобновлена в Москве лишь в 1939-м на историческом и в 1943 году — на филологическом факультетах МГУ.