Роджер получил образование в Оксфордском университете, выгодно отличавшемся от других учебных заведений Европы тем, что в нем преподавали не только богословие и схоластику, но еще и математику, физику, астрономию, алхимию, а также тогдашние языки науки — арабский, греческий, древнееврейский. В 1237 году он окончил Оксфорд и отправился завершать образование в Мекку европейской духовной жизни того времени — Парижский университет. Несмотря на то что тогда в Париже собрались лучшие умы средневекового мира, Бэкон скоро разочаровался в университетской науке. Это был период расцвета схоластики. Все образование строилось на изучении и толковании Аристотеля, который признавался единственным и непререкаемым авторитетом. Его звали просто «философ», потому что других философов для схоластов не существовало. С виртуозной логикой, с невероятной ловкостью и находчивостью они готовы были защищать или отрицать любой тезис. При этом никому не приходило в голову проверить этот тезис опытом. Истинность или ложность какого-либо утверждения доказывалась только ссылкой на «философа» и его многочисленных толкователей и комментаторов. «Пренебрегая опытом и не проверяя им своих утверждений,— ядовито отмечал Бэкон,— ученые пишут, а толпа считает за доказанное множество ложных положений. Так, говорят, будто алмаз нельзя расколоть иначе, как с помощью козлиной крови. И теологи и философы повторяют это. Между тем, еще ни разу не было удостоверено, что действительно это можно сделать при помощи козлиной крови. А без нее делается очень легко — я видел это своими глазами».
В Париже, а может, несколько позднее, Бэкон становится францисканским монахом. Не следует думать, что в орден святого Франциска его увлекло чрезмерное благочестие. Отнюдь нет. Для образованного человека средних веков, не имевшего собственного поместья или других источников дохода, монашество было единственной формой сносного существования. Ряса обеспечивала не только хлеб, стол и кровлю над головой, но и известное уважение окружающих. «Нищенствующие братья»— францисканцы и доминиканцы — в первые годы существования своих орденов немало сделали для распространения образования в Европе. Они основали школы и университеты, из их рядов вышли многочисленные ученые той эпохи. Их монастыри имели богатые библиотеки.
К несчастью для себя, новоявленный монах не обнаружил должного смирения, и его сочинения отнюдь не дышат восторгом перед божественной справедливостью:
«Везде царит полнейшая испорченность, начиная с самого верха. Святой престол стал добычей обмана и лжи; справедливость гибнет, мир нарушается, постоянно совершаются возмутительные вещи... Посмотрите на прелатов, жадно собирающих богатства, посмотрите далее на монахов всех орденов без исключения — как сильно отклонились все они от того, чем они должны были бы быть! Между тем, труженики, занимающиеся всю жизнь наукой, у всех в презрении! Все духовенство предано гордости, роскоши, жадности. Князья, бароны, рыцари притесняют и грабят одни других, разоряют своих подданных бесконечными войнами и поборами... Народ, уже раздраженный князьями, ненавидит их и потому, где только может, выходит из подчинения им...»
В 1250 году Бэкон возвращается в Оксфорд. Alma mater встречает его не слишком приветливо. «Самый верх» не хотел мириться с инакомыслием ученого монаха, и по распоряжению генерала ордена францисканцев Бонавентуры «брат Роджер» подвергается опале, в которой он находился десять лет. Лишь в 1265 году, когда на папском престоле утвердился Климент IV, отдаленно знакомый через вторых лиц с Бэконом, опальному монаху было разрешено написать книгу с изложением своих взглядов. К милостивому разрешению папа не догадался приложить денег, а положение Бэкона было столь тяжело, что он лишь с большим трудом достал сумму, необходимую для покупки пергамента и оплаты работы переписчиков.
Вскоре папе были отосланы работы Бэкона: «Opus major» («Большой труд») —его главное сочинение, затем «Opus minor» («Малый труд») и наконец «Opus tertium» («Третий труд»). Опала с ученого была снята, и до 1278 года он жил в Оксфорде, занимаясь различными опытами и астрономическими наблюдениями. Неустанный труд не принес ему почета. Нетрудно догадаться, кого он имел в виду, когда писал свои горькие слова о положении людей науки: «Одни из них живут в одиночестве, работая лишь для себя, других же теснят и лишают возможности быть полезными». Научные занятия создали ему лишь славу волшебника и чародея. Защищаясь от обвинений в магии и ереси, он написал еще несколько сочинений, но не смог отвести висевший над ним дамоклов меч. В 1277 году епископ парижский объявил еретическими и предал анафеме свыше двухсот философских тезисов, в том числе и некоторые учения Бэкона. На следующий год великий мыслитель был посажен в тюрьму, в которой просидел целых четырнадцать лет. Из заточения он был выпущен лишь за два года до смерти, семидесятивосьмилетним стариком.