Как только в Перми был создан Военно-революционный комитет, Малков оказался на новом посту. Вновь он назначается председателем Пермской чрезвычайной комиссии. И хотя колчаковцы были выброшены с Урала, работы чекистам хватало. В Пермской губернии оставалось еще немало скрытых и явных врагов Советской власти. Они всячески вредили. В Осинском, Пермском, Оханском и других уездах белогвардейские банды, скрывавшиеся в лесах, терроризировали местное население, грабили, убивали.
Сложнейшее положение складывалось на Печоре и севере Чердынского уезда. По поступившим в ЧК сведениям белогвардейцы, поддерживаемые английскими интервентами, организовывали воинские формирования для действий в тылу Восточного фронта и помощи Колчаку.
Это очень тревожило Пермский комитет обороны и губком партии. Тридцатого ноября 1919 года, на внеочередном совместном заседании, проходившем под председательством Емельяна Михайловича Ярославского, были заслушаны доклады Малкова и других товарищей о положении на севере края. После обсуждения решили направить туда значительные силы, объединив командование в одних руках. В Екатеринбург был послан нарочный за оружием, одновременно приступили к сбору теплых вещей для отправлявшихся на север отрядов. Наряду с этим предусматривалось «провести мобилизацию коммунистов Усольского уезда; снять отряд из 33-й бригады, находившийся в Ильинском, и двинуть на север, двинуть на север отряд товарища Назукина из Усольского уезда; выбрать наиболее обученных и пригодных к военным действиям добровольцев Союза молодежи, находящихся в данное время в территориальном полку».
Из воспоминаний участника северных боев Сергея Георгиевича Варова:
«...В сентябре 1919 года стало известно, что на севере появились какие-то вооруженные банды. Эти банды захватили Троицко-Печорский район и начали продвижение к Корепинской волости Чердынского уезда. Сразу же из Чердыни был выслан отряд в количестве 60 человек под командованием коммуниста Голубева. Трагическая участь постигла этот отряд. Он продвинулся до пристани Якша на Печоре, но здесь был окружен частями интервентов и полностью уничтожен.
Положение становилось серьезным. Нужно было предпринять спешные и решительные меры. Я в то время был комиссаром 22-го отдельного батальона войск ЧК. Помню, вызывает меня к себе председатель Пермской ЧК по борьбе с контрреволюцией Павел Иванович Малков.
— Надо, — говорит, — Сергей Георгиевич, кончать с белогвардейцами. Слышал, опять зашевелились?
— Слышал, Павел Иванович, — отвечаю, — надо кончать.
— А коли так, то придется туда ехать.
— Не возражаю.
Ничего больше не сказал я в тот момент председателю, но в душе был рад, что посылают меня на такое ответственное задание...»
С присущей ему энергией Малков организует отправку воинских подразделений на север для борьбы с белогвардейцами, находит время со многими побеседовать лично, проявляет заботу о людях, отправляющихся воевать в трудных и сложных условиях. Уже в декабре направленные на север воинские подразделения имели некоторые успехи.
Из донесения Ф. Э. Дзержинскому. 2 декабря 1919 года.
«На Чердынском участке противник вел наступление превосходящими силами под прикрытием бомбометов, минометов, артиллерии, при большом количестве пулеметов, (белогвардейцы) широким фронтом подходили на 30 верст к Чердыни. 30 ноября наши части под Искором одержали блестящую победу: противник потерял 200 убитыми, в том числе 15 офицеров, один пулемет, несколько винтовок. Наши потери 20 убитых, 25 раненых.
Использовав победу, части перешли в наступление, захватив Искор, наступают на Ныроб. Мы срочно формируем подкрепление — обмундировываем, вооружаем и направляем в Чердынь.
Просим вашего содействия через Реввоенсовет дать срочное распоряжение штарму 3 о беспрепятственном удовлетворении наших требований на вооружение и обмундирование.
Однако эта победа не была решающей. Противник готовил на севере большое наступление, целью которого была дезорганизация красного тыла, разгром нашей армии с левого фланга. Вернувшийся из расположения белогвардейцев чекист Шулаков сообщил, что главные силы белых находятся в Троицко-Печорске и состоят в основном из бывших офицеров и так называемых добровольцев, фактически же спровоцированных и мобилизованных белыми местных жителей. Операция в направлении Перми возложена на 10-й северный полк, в составе 700 штыков при восьми пулеметах, а 1-й и 14-й северные полки вели наступление в Юго-Западном направлении и к концу первой половины ноября заняли Яренск и Усть-Сысольск. Приведенные данные подтвердили и военнопленные, захваченные под Искором.