В 1684 году весь Приамурский край был назван отдельным Албазинским вовеводством; городу Албазину были даны особый герб и печать. Первым воеводою был Алексей Толбузин.
Между тем китайцы и маньчжуры, встревоженные нашим соседством и влиянием на сопредельные с Манчжурией страны, решили выжить русских с Амура. Наши посты по реке от Албазина сделались первым предметом их нападения. Все они были ими разорены, а в 1685 году неприятельская сила, состоявшая из 5 000 человек, приплывших на 100 судах, и 10 000 человек, прибывших из Цицикара сухим путем с 150 полевыми и 50 осадными орудиями подступила к Албазину и потребовала его сдачи. 12 июня 1685 года, после того как албазинцы отвергли предложение маньчжуров о добровольной сдаче, началась канонада с маньчжурских батарей. В Албазине было всего 450 человек гарнизона под начальством воеводы Толбузина; недостаток огнестрельного оружия и снарядов не дозволил русским отстоять острожек, и неприятельская артиллерия разрушила его. Наши вступили в переговоры, и неприятель согласился отпустить Толбузина с его командою и жителями Албазина в Нерчинск; только 25 человек приняли предложение маньчжуров отдаться им и увлекли с собою священника Максима Леонтьева, основавшего в Пекине первую русскую церковь. Албазин был разорен, и неприятельская сила потянулась в Айгунь -- маньчжурский город, основанный перед этим ниже устья Зеи, на правом берегу Амура. Несмотря однако на такой дурной оборот наших дел в Даурии, соседнее с нею Нерчинское воеводство сделало снова попытку занять Албазин и Приамурский край; поэтому в 1686 году, по приказанию нерчинского воеводы Власова, албазинские выходцы с полковником Афанасием Бейтоном и тем же Толбузиным отправились на Амур и возобновили разрушенный Албазин. На берегах Амура снова появились наши острожки и население; русские попрежнему начали обрабатывать брошенные ими поля, а инородцы стали вносить им ясак.
Китайцы и маньчжуры встревожились нашим вторичным поселением на берегах Амура, и китайский император Кахан-Си дал повеление во что бы то ни стало выгнать русских с Амура. В июне 1687 года перед Албазином явилось маньчжурское войско, состоявшее из 8 000 человек с 40 орудиями. Русские сожгли все дома вне крепости, перешли в неё и выкопали себе там землянки; всех наших в крепости было 736 человек. Маньчжуры прикрыли свой лагерь деревянной стеной, но русские уничтожили ее; тогда неприятель окружил свой стан земляным валом и поставил на нем пушки. 1 сентября маньчжуры пытались взять крепость, но были отбиты с большой потерей. К несчастью, между осаждёнными в Албазине открылась цынга, и к довершению бедствий храбрый воевода Толбузин в сентябре был убит пушечным ядром. После него начальство принял полковник Бейтон. Несмотря на постоянное действие полевой и осадной маньчжурской артиллерии, осада Албазина шла безуспешно; в конце ноября неприятель переменил её на блокаду, а в мае 1688 года блокаду снял и отступил на 4 версты. У Бейтона в Албазине оставалось только 66 человек, остальные же частью были убиты, а частью умерли от цынга. Неприятель потерял более половины войска. В это время приехал из Пекина гонец с повелением богдохана о прекращении осады Албазина под тем предлогом, что о разграничении земель идут с обеих сторон переговоры. Маньчжуры и китайцы отступили от Албазина и 30 августа 1688 года возвратились в Айгунь.
В Москве поняли, что без утверждения границ между Россией и Китаем нельзя прочно владеть краем, а потому были посланы в Пекин один за другим два гонца, канцеляристы Венюков и Логинов, с уведомлением о начале переговоров и о назначении с нашей стороны уполномоченным окольничьего Федора Алексеевича Головина. Вторым лицом при переговорах был нерчинский воевода Иван Астафьевич Власов; делами управлял дьяк Семен Корницкий. С китайской стороны были высланы 8 сановников, которые прибыли в окрестности Нерчинска с огромной свитой и 10 000 пешего и конного войска, под предлогом доставления посольству съестных припасов. В качестве переводчиков с китайцами были два иезуита: Жербильон и Перейра. С нашей стороны у Головина и во всем Нерчинском крае было менее 500 человек войска. При таком перевесе китайцев в численной силе Головин не мог делать настоятельных требований об уступке России Приамурского края, а китайцы, вместо мирных переговоров, начали прямо грозить нападением на Нерчинск, если Головин не согласится на их предложение уничтожить Албазин и отдать всю Даурию Китаю. Головин протестовал против этих насильственных действий и не соглашался на подобное предложение. Тогда китайцы начали вооружать против нас недавно покорённых бурятов Нерчинского края и вместе с ними готовились осаждать Нерчинск, в котором находилось наше посольство; при этом свое требование они повторили Головину в виде ультиматума.
Головин, находясь в таком безвыходном положении, предложил китайцам прислать проект о разграничении. 21 августа этот проект был прислан Головину китайцами в следующем виде: "Граница между Россией и Китаем должна итти от вершины река Горбицы до истоков реки Уды, а отсюда по вершинам гор, направляющихся к северу и оканчивающихся Чукотским носом". Вместе с присылкою проекта они просили немедленного ответа на него. На этот раз они изменили смысл проекта, так как в предлагавшемся в первый раз условии, в виде ультиматума, на который Головин согласился, "граница была означена по Хинганскому хребту, до моря, а о северных горах и Чукотском носе ничего не упоминалось". На этот проект с его несообразными требованиями Головин не отвечал.