Наконец, в том же Николаеве была выпущена его книга (1803 г.) «Способ самый удобный как предъизбегать язвозачумляющихся на судне мореходном людей экипажа судна составляющих не предавая огню и самого судна, часть IV». Это был последний труд ученого, принявшего участие в борьбе с девятью эпидемиями чумы.
Произведения Самойловича издавались и переиздавались за границей на французском и немецком языках. Не понятый и не оцененный на родине, он был настоящим ученым, верившим в науку, истинным патриотом.
С особенным уважением он относился к М. В. Ломоносову. Друзьями его были такие талантливые ученые-врачи, как А. М. Шумлянский и М. М. Тереховский. Учение Тереховского об отсутствии самозарождения микроорганизмов лежало в основе всех противоэпидемических мероприятий, проводимых не только Самойловичем, но и последующими эпидемиологами.
Вот что писал сам Самойлович о своих друзьях: «Тереховский — один из самых заслуженных моих соотечественников, его таланты как преподавателя Госпитального училища таковы, что почти невозможно найти равного ему, а его выдающиеся достоинства как ученого, хорошо известны Страсбургскому университету, который выделил его из числа многих других. Диссертация Шумлянского о строении почек с таблицами его собственного изобретения доставила ему величайшую славу. Профессоры Страсбургского университета знают, сколь несомненно достойны все упомянутые мною лица быть посвященными в члены нашей медицинской республики как и за их усердные занятия и глубокие познания, так и за их научные труды». Эти слова взяты из письма Самойловича в Дижонскую академию. В них он подчеркивает, что он не единственный ученый России, что Россия богата научными силами.
Одно из лучших произведений первого русского ученого-эпидемиолога, написанное по-французски, «Mémoire sur la peste», — впервые переведено на русский язык в 1952 г. Между строк сочинений Самойловича читатель видит подлинное лицо мягкого, независимого и гуманного человека. Он вспоминает товарищей своих, как переживших страшную чуму, так и погибших в борьбе за человеческую жизнь. С любовью дает Самойлович подробные сведения о них и в тексте, и в примечаниях; он пишет о совершенно забытых врачах чумных госпиталей — Вышатицком, Барановиче, Краславском, Митрофанове; вспоминает и «о малых сих», подлекарях и служителях, неизвестных солдатах, павших во имя долга. Самойлович пишет о своих 15 помощниках по работе в Угрешском, Симоновском и Даниловском госпиталях, из которых 12 погибли.
Вместе с Самойловичем в Москве работал другой выдающийся ученый-врач — Афанасий Филимонович Шафонский (1740–1811). Это был широко образованный человек: он в течение восьми лет изучал юридические науки за границей и получил степень доктора права в университете в Галле, а затем в Лейдене. В Страсбурге он защитил диссертации на степень доктора философии и медицины. Работал в армии во время русско-турецкой войны 1768–1774 гг., а затем в Москве, где он первый определил характер свирепствующей болезни — чумы. В 1775 г. вышел его обширный труд «Описание моровой язвы, бывшей в столичном городе Москве с 1770 по 1772 г. с приложением всех для прекращения оной тогда установленных учреждений».
Книга эта была составлена и выпущена от имени комиссии для предохранения и врачевания от моровой язвы. Она состоит из теоретической части, истории появления чумы в Москве и различных документов. Поскольку лишь предисловие подписано Шафонским, работа эта считается анонимной или коллективной, составленной членами комиссии. Нужно, однако, думать, что вся теоретическая часть написана Шафонским. Этот огромный труд был переведен на немецкий язык. Им пользовались как справочником и руководством по борьбе с чумой во всем мире.
Помощником Самойловича был также и талантливый врач П. И. Погорецкий (1740–1781), доктор медицины Лейденского университета, к сожалению, рано умерший. Находясь в отставке, Погорецкий добровольно включился в борьбу с чумой 1771 г., и когда большинство врачей-иностранцев уклонялось под любыми предлогами от лечения чумных больных, Погорецкий на обращенный ко всем московским врачам призыв ответил, что «он все то исполнять готов, что Комиссия ему предпишет». Погорецкий был направлен врачом в госпиталь, расположенный в Лефортовском дворце.
Старинные летописи говорят о страшных моровых поветриях в России. Правда, нам в настоящее время трудно установить, были ли эти поветрия чумой или каким-либо другим эпидемическим заболеванием.
Страшная черная смерть 1347–1352 гг., занесенная из Каффы (нынешней Феодосии) и обезлюдившая Европу, началась во время войны. Она вспыхнула среди татар, осаждавших генуэзцев в Каффе. От эпидемии каждый день умирало огромное количество осаждавших, и они, чтобы сломить осажденных, начали бросать в город, пользуясь метательными машинами, трупы умерших от чумы. В результате этой своеобразной бактериологической войны в осажденной Каффе вспыхнула эпидемия чумы, от которой погибло много людей. Кроме того, жители, спасаясь от чумы и убегая из города, разносили заразу по берегам Средиземного и Черного морей. Чума поразила Францию, перешагнула через Ламанш на Британские острова, откуда перекочевала в Скандинавию и далее в Россию, где мало-помалу затихла на короткое время.