Потери начались еще до начала развертывания подводных лодок. В ночь на 1 мая «Щ-323», совершавшая переход из Ленинграда в Кронштадт, подорвалась на донной мине в Морском канале и погибла.
6 и 7 мая для выяснения обстановки в Финском заливе в море направились «Щ-303» и «Щ-408». «Щ-303» успешно форсировала гогландский минный рубеж, но преодолеть сетевую преграду не смогла. Далее подводная лодка в течение 20 суток подвергалась преследованию кораблей вражеской ПЛО. «Щ-408» погибла при форсировании гогландской позиции. 25 мая на Лавенсари прибыли «С-12» и «Щ-406». Здесь они три дня напрасно ждали возвращения «Щ-303» и «Щ-408». 29 мая ушла в неизвестность «Щ-406». Следующей ночью командир «Щ-303» наконец-то вышел на связь. В его докладе сообщалось о сложной обстановке в районе противолодочного рубежа. Еще было время вернуть «Щ-406», но этого никто не сделал. Поход «С-12» задержали до возвращения «Щ-303», а затем вовсе отставили, и субмарина вернулась в Кронштадт. 10 июля командование КБФ вновь приняла решение о попытке прорыва подводных лодок в открытую часть Балтики. Для этого были назначены «С-9» и «С-12». 26 июля подводные лодки вышли из Кронштадта. 1 августа «С-12» у острова Кери произвела зарядку аккумуляторов и больше на связь не выходила. «С-9» пыталась торпедировать противолодочную сеть. Попытка разрушить сетевое заграждение с помощью авиации также ни к чему не привела. 10 августа «С-9» доложила об обстановке и через два дня получила «добро» на возвращение, но так и не вернулась.
В связи с гибелью пяти подготовленных экипажей командование КБФ наконец-то приняло решение воздержаться от дальнейшей посылки подводных лодок в море. Исключение составляли только «малютки», которые совершили несколько походов с задачей ведения разведки и высадки разведгрупп на острова Гогланд и Большой Тютерс. Две «малютки» были переведены на Ладожское озеро, где также в основном занимались ведением разведки и высадкой разведгрупп на территории противника. За всю кампанию 1943 года подводные лодки КБФ провели всего две торпедных атаки, которые оказались безрезультатными.
БАЛТИКА, 1944-1945
Всю первую половину 1944 года подводные лодки КБФ проводили боевую подготовку и ремонт. Финский залив был перекрыт сетями, поэтому, учитывая опыт предыдущего года, о попытке форсирования противолодочного рубежа не могла быть и речи. Исключение составляли пять подводных лодок, которые действовали на Ладожском озере. В конце июня они совершили несколько походов в интересах войск Карельского фронта.
К началу 1944 года бригада подводных лодок КБФ (командир контр-адмирал Верховский С. Б., с 18 апреля 1945-го — капитан 1-го ранга Курников Л. А.) имела следующий состав: 1-й дивизион (командир капитан 1-го ранга Орел А. Е.) включал в себя подводные лодки «С-4», «С-13», «Д-2» и подводные минные заградители «Л-3», «Л-21» и «Лембит». 2-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Шулаков Е. Г.) состоял из «К-51», «К-52» «К-53» и «К-56». 3-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Гольдберг Г. А.) включал в себя «Щ-303», «Щ-307», «Щ-309», «Щ-310», «Щ-318», «Щ-323», «Щ-407». 5-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Сидоренко П. А.) состоял из «М-90», «М-96», «М-102», «М-77», «М-79». В дивизион вновь строящихся и капитально ремонтирующихся кораблей (командир капитан 2-го ранга Шевцов Е. В.) входили «П-2», «П-3», «К-54», «К-55», «Щ-411», «Щ-412», «Щ-413», «Щ-414» и находящиеся на консервации «М-72», «М-73», «М-74», «М-75», «М-76», «Р-1», «М-400». 25 декабря 1944-го «К-55» вступила в строй и вошла в состав 2-го дивизиона. Тогда же законсервированные «малютки» VI-бис серии сдали на разборку.
Обстановка резко изменилась в начале сентября, когда Финляндия вышла из войны. Хотя посланная на разведку состояния вражеской ПЛО в Нарвском заливе «М-96» пропала без вести, вероятно, подорвавшись на мине заграждения «Зееигель», очень скоро с формального согласия финских властей подводные лодки КБФ получили возможность выйти в открытую часть Балтики. Переходы проводились по финским шхерным фарватерам при участии финских лоцманов. В Порккала-Удд развертывалась военно-морская база. Советские подводные лодки стали базироваться на Ханко, Хельсинки и Турку. 22 сентября 1944 года Красная Армия освободила столицу Эстонии. Немецкий противолодочный рубеж терял свое значение. 26 сентября Швеция прекратила поставки Германии железной руды, лишив рейх необходимого стратегического сырья.
В конце сентября — начале октября из финских портов подводные лодки КБФ впервые за полтора года вышли на позиции. В это время немцы проводили эвакуацию Риги (освобождена 15 октября). Бои шли в Курляндии и на полуострове Сворбе (до 22 ноября). В связи с этим перед немцами ставилась задача — снабжение или эвакуация окруженных и прижатых к морю частей и подразделений вермахта. Большую проблему составляла эвакуация гражданских лиц, бегущих от наступающей Красной Армии. Только в сентябре немцам удалось провести суда общим тоннажем 1 809 670 брт. В тот момент, когда вермахт терпел серьезные поражения, германские войска серьезно нуждались в поставках подкреплений и вооружения, медикаментов и продуктов питания. «Котлы» могли получить все это только морским путем. Подводные лодки могли существенно ограничить эти поставки, тем самым помогая Красной Армии в окончательном разгроме врага. Советские субмарины, действовавшие на коммуникациях противника, использовались методом крейсерства в ограниченном районе. В связи с тем, что обстановка на суше иногда менялась достаточно быстро, командование производило переразвертывание подводных лодок из одного района в другой, сосредотачивая их в наиболее напряженных участках вражеского судоходства. Делались попытки организовать взаимодействие подводных лодок и авиации, которая должна была вести разведку в интересах лодок. Однако отсутствие связи между самолетами и кораблями и длительное прохождение информации не давало возможности своевременно воспользоваться разведданными. Непосредственное наведение подводных лодок на обнаруженные цели отсутствовало вовсе. Они действовали самостоятельно, для поиска противника широко применяя гидроакустику.