1945 год стал последним годом жизни рейха. Советские войска рвались к Берлину. Не желая оставаться под советским контролем, население восточных областей Германии спешно покидало свои дома, стремясь уйти на запад. Между тем проводимые мероприятия по «бегству морем» означали дополнительную нагрузку на судовой тоннаж и количество эскортных кораблей, так под ударами советских подводных лодок, торпедных катеров и авиации транспортные суда были вынуждены идти в сопровождении, что повлекло за собой задержки в транспортном обеспечении войск. С 25 января в Мемеле, Пиллау, Данциге, Гдингене началась эвакуация гражданского населения. Через два дня части Красной Армии вышли к побережью Балтики, отрезав Восточную Пруссию от территории рейха. 5 февраля советскими войсками занята Куршская коса, 10 февраля пал Эльбинг, 5 марта советские танки вышли к морскому побережью в Померзнии, немцы отрезаны в Западной Пруссии, 8 марта пали города Штольп и Штольпемюнде, 13 марта советские войска вышли к побережью Данцигской бухты у Путцига и перерезали наземную связь с Хелой. 23 марта пал Цоппот, немецкие войска у Данцига расколоты на три части. 25 марта Данциг покинуло последнее судно. 30 марта Данциг пал. 1 О апреля советскими войсками взят Кёнигсберг, а к середине апреля Кольберг. По данным К. Дёница, за период с 23 января до 8 мая 1945 года из Курляндии, Восточной и Западной Пруссии, Померзнии и Мекленбурга морем было эвакуировано 2 022 602 человека, потери в людях составили менее 0,75 % от числа всех перевезенных на судах гражданских лиц и менее 1 % военнослужащих. Однако такие громкие успехи советских подводников, как потопление «Густлова», «Штойбена» и «Гойи», не могли не оказать определенного морально-психологического воздействия как на лиц, подлежащих. эвакуации, так и на экипажи кораблей и судов, задействованных в мероприятиях по вывозу войск и мирного населения с приморских «котлов».
Действия же немецкой ПЛО, по оценке Ю. Майстера, были неутешительны. Соединения охотников были малочисленны, а их личный состав недостаточно подготовлен. Единственным успехом, пришедшим на долю немцев, стало случайное столкновение в начале января одного из миноносцев с подводной лодкой «С-4». В результате тарана субмарина погибла со всем экипажем.
По официальным советским данным, в 1944 году подводные лодки КБФ потопили 35 транспортных судов общим водоизмещением 86 140 брт., 2 боевых корабля и вспомогательное судно, а в 1945 году жертвой балтийских подводников стали 24 транспорта (97 024 брт.) и 10 кораблей. 1 корабль был поврежден. Современные подсчеты выглядят несколько скромнее: в 1944 году подводниками Балтики потоплено 16 транспортов (35 580 брт.), 1 корабль и 1 вспомогательное судно, в 1945 году 10 транспортных судов (59 410 брт.) и 4 корабля.
Родина высоко оценила вклад балтийских подводников в Победу. В 1945 году звания Героя Советского Союза были удостоены командиры подводных лодок С. Н. Богорад («Щ-310»), М. С. Калинин («Щ-307»), В. К. Коновалов («Л-3»), И.В. Травкин (К-52»). Признание подвига А. И. Маринеско («С-13») и А. М. Матиясевича («Лембит») пришло уже после их смерти спустя много лет после окончания войны. Орденами Красного Знамени были награждены бригада подводных лодок КБФ, подводные лодки «Щ-307», «Щ-310», «Лембит», «С-13» и «К-52».