11.09.1942. «М-97» (командир капитан-лейтенант Н. В. Дьяков). Подорвалась на мине заграждения «Насхорн» юго-западнее Порккалан-Каллбода. Весь экипаж (19 человек) погиб. В 1997 году обнаружена на грунте в точке с координатами 59°50′ с.ш./24°30′ в.д. До последнего времени считалось, что лодка потоплена 15.08.1942 сторожевым катером «VMV-5» к северу от Суурсаари или погибла на мине 14–15.08.1942 у острова Лавенсари.
03-06.10.1942. «Щ-320» (командир капитан 3-го ранга И. М. Вишневский). Пропала без вести. Возможно, подорвалась на мине в Финском заливе или потоплена германскими кораблями ПЛО вечером 3 октября у острова Гогланд. Иногда указывается, что подводная лодка стала жертвой торпеды финской подводной лодки «Ику Турсо» в районе Утё 27 октября 1942 года, что не соответствует действительности. Погибло 37 человек.
11-13.10.1942. «Щ-302» «Окунь» (командир капитан-лейтенант В. Д. Нечкин). Подорвалась на мине заграждения «3ееигель» севернее острова Суур Тутрсаари. Предположительно осталась на плаву и 14.10.1942 г. была добита финской авиацией. Погибло 37 человек.
15.10.1942. «Щ-311» «Кумжа» (командир капитан 3-го ранга А. С. Пудяков). Потоплена финскими сторожевыми катерами «VMV-13» и «VMV-15» у Порккала или ими же 12.10.1942 южнее острова Тайкерсаари. Погибло 38 человек. Есть пленные.
21.10.1942. «С-7» (командир капитан 3-го ранга С. П. Лисин) торпедирована ПЛ «Весихииси» (командир капитан-лейтенант О. Айтола) в 10–15 милях севернее маяка Содерарм в Аландском море. Спасено 4 человека, в том числе командир. В 1993 году найдена в точке с координатами 59°50′7″ с.ш./19°32′2″ в.д. и обследована на глубине 30–40 м шведскими водолазами.
10.1942. «Щ-308» «Семга» (командир капитан 3-го ранга Л. Н. Костылев). Пропала без вести. Возможно, стала жертвой торпед финской субмарины «Ику Турсо» (командир капитан-лейтенант Е. Паккола) на переходе к проливу Серда-Кваркен у острова Утё 27 октября 1942 года либо была потоплена ударом противолодочного корабля «Шифф-47» 19 октября 1942 года в районе Утё. Могла погибнуть на пути домой от полученных повреждений в результате этого удара. Возможно, уничтожена у острова Тайкесаари глубинными бомбами и артогнем финского сторожевого катера «VMV-2» 20 октября 1942 года. Не исключен подрыв подлодки на мине заграждения «Насхорн», «Юминда» или «Зееигель». Весь экипаж лодки (40 человек) погиб.
После 29.10.1942. «Щ-304» «Комсомолец» (командир капитан 3-го ранга Я. П. Афанасьев). Пропала без вести со всем экипажем (42 человека). Вероятно, погибла на мине в Финском заливе.
05.11.1942. «Щ-305» «Линь» (командир капитан 3-го ранга Д. М. Сазонов). Таранена финской ПЛ «Ветехинен» (командир капитан-лейтенант О. Лейко) северо-восточнее Симпнаса в Аландском море.
12-16.11.1942. «Щ-306» «Пикша» (командир капитан-лейтенант Н. И. Смоляр). Пропала без вести. Предположительно подорвалась на мине в Финском заливе. Погибло 40 человек (весь экипаж).
01.05.1943. «Щ-323» (командир капитан 2-го ранга А. Г. Андронов). Подорвалась на донной мине в Морском канале Ленинграда. Погибло 40, спасено 5 человек. В 1944 году поднята и сдана на слом.
23.05.1943. «Щ-408» (командир капитан-лейтенант П. С. Кузьмин). После длительного преследования потоплена группой финских кораблей, включающей в себя минные заградители «Риилахти» и «Руотсинсалми» и авиацией в районе маяка Вайндло. По советской версии, вынуждена была всплыть и вступить в артиллерийский бой с пятью немецкими сторожевыми катерами. Погиб 41 человек.
01.06.1943. «Щ-406» (командир капитан 3-го ранга Е. А. Осипов). Пропала без вести. Возможно, потоплена огнем финского минного заградителя «Риилахти» и немецкого самолета «Арадо-196» или позднее подорвалась на мине. Погибло 39 человек.
После 01.08.1943. «С-12» (командир капитан 3-го ранга А. А. Бащенко). Пропала без вести. Возможно, погибла на минном заграждении «Насхорн» севернее острова Найссар или подорвалась на мине заграждения «Вальросс». Погибло 45 человек.
После 12.08.1943. «С-9» (командир капитан 3-го ранга А. И. Мыльников). Пропала без вести. Возможно, погибла на минном заграждении «Насхорн» в районе банки Негрунд-Намси 14–15 августа 1943 года или стала жертвой атаки финского эскортного корабля «Виско» северо-восточнее острова Кери 15 августа 1943 года. Погибло 45 человек.
07-09.09.1944. «М-96» (командир капитан-лейтенант Н. И. Карташев). Пропала без вести. Вероятно, подорвалась на мине заграждения «Зееигель» в Нарвском заливе. Погибло 22 человека.
06.01.1945. «С-4» (командир капитан 3-го ранга А. А. Клюшкин). Таранена немецким миноносцем «Т-33» у маяка Брюстерорт в Данцигской бухте или в ночь на 4 января погибла со всем экипажем (48 человек) в результате случайного столкновения с миноносцем «Т-3» в точке 51°56′ с.ш./19°39′ в.д.