После того как пал Таллин, присутствие немецких подводных лодок в восточной части Балтики потеряло всякий смысл. Субмарины были отозваны на базы и вскоре вернулись к своим прямым обязанностям по подготовке кадров для Битвы за Атлантику.
Действия немецких подводных лодок на Балтике в 1941 году никак нельзя назвать блестящими. Принимая во внимание тот факт, что советское командование в первые дни войны предприняло ряд спешных и непродуманных операций и бессмысленных перемещений как надводных, так и подводных кораблей, а противолодочная оборона КБФ в этот момент была организована исключительно плохо, немцы могли бы добиться более значительных успехов. Итоги действий «Шнелльботов», например, за этот же период составили потопленными 6 транспортных судов (7660 брт.) и плавмаяк, 6 транспортов было захвачено (10 429 брт.) и приведено в свои порты. Из советских боевых кораблей «шнелльботами» потоплены подводная лодка, два торпедных катера и тральщик. Эсминец «Сторожевой» в результате попадания торпеды потерял носовую часть и был надолго выведен из строя. При этом немцы потеряли всего два торпедных катера.
Сама идея использования подводных лодок на Балтике в 1941 году представляется ошибочной. С самого начала войны стало ясно, что никаких морских коммуникаций в открытой части Балтики у советской стороны быть не может, поэтому все действия немецких подводных лодок свелись к борьбе с советскими субмаринами. В этих условиях любая подводная лодка очень быстро из охотника может превратиться в дичь. К тому же сама подготовка немецких подводников оставляла желать лучшего. Как и их советские коллеги, немцы производили одноторпедный залп, что не всегда приводило к поражению цели.
Финские ПЛ «Ветехинен», «Весихииси» и «Ику-Турсо» у борта плавбазы. Лето 1941-го.
Северные немецкие союзники — финны сумели познакомиться с советским флотом в ходе «зимней» войны 1939–1940 годов. Финский флот имел пять подводных лодок, которые строились в начале 1930-х на финских верфях, но проекты были разработаны немецкими специалистами. Всего было построено три средних («Ветехинен», «Весехииси», «Ику-Турсо») и две малые («Весикко» и «Саукко») подводных лодки, причем последняя разрабатывалась для возможных боевых действий на Ладоге, и ее конструкция позволяла легко перемещать корабль с одного театра военных действий на другой. С началом войны финские подводные лодки, базировавшиеся на Эмсале, должны были действовать в Финском заливе. Районы действия финских и германских подводных лодок разделялись 26-м меридианом, к востоку от которого находилась финская зона, к западу — германская. До 5 июля у эстонского побережья финскими подводными лодками было выставлено 8 минных заграждений, причем первые из них были выставлены в ночь с 21 на 22 июня. 3 июля у острова Вайндло «Ветехинен» атаковала артиллерией советский пароход «Выборг» (3183 брт.). Эскорт заставил подводную лодку погрузиться, но все же финны успели израсходовать 6 снарядов и заявили о повреждении судна. Советская сторона этот факт не подтверждает. На следующий день «Выборг» был потоплен торпедами подводной лодки «Весикко». «Выборг» стал единственным советским торговым судном, потопленным на Балтике подводной лодкой. 4 июля «Саукко» сумела проникнуть в гавань Соммерса, но при выходе в атаку двигатель торпеды начал работать еще в аппарате. Вырвавшиеся газы отравили экипаж лодки, но все же двоим из них удалось привести ее на базу. В первую неделю июля все финские подводные лодки были отозваны с позиций и возобновили боевую деятельность только в начале августа. В конце ноября — начале декабря 1941 года финские субмарины использовались для противодействия эвакуации Ханко, но успехов не достигли. По замечанию Ю. Майстера: «Немецко-финская подводная война 1941 г. не была слишком энергичной и велась без особой фантазии, поэтому были достигнуты очень скромные результаты».