Зона подводной войны постепенно смещалась к западу. Последний раз в Нарвском заливе и Лужской губе немецкую подводную лодку (возможно, «U-479») видели в конце октября. Вскоре действия немецких субмарин сосредоточились в юга-западной части Финского залива и у островов Хийумаа и Сааремаа. В ноябре в группу «U-ботов», действующих против советского флота на Балтике, вошли «U-637» и «U-676».
18 ноября в 9 милях северо-западнее Палдиски «U-679» потопила охотник «СК-62». На следующий день в 8 милях от Осмуссаара «U-481» уничтожила несамоходную баржу «№ 112600». Командир «U-679» доложил, что в результате атаки 27 ноября близ Палдиски его субмариной потоплен тральщик типа «Фугас», на деле оказавшийся «стотонником» «Т-387». 24 декабря севернее мыса Пакринем торпедой «U-637» потоплен охотник «МО-594». 11 января 1945 года «U-745», которая сумела проникнуть в зону, контролируемую КБФ, в районе острова Аэгна потопила тральщик «Т-76» («Коралл»). Это была последняя победа немецких субмарин на Балтике. Уже в декабре 1944 года в устье Финского залива началось сооружение противолодочной позиции. При этом использовались трофейные сети немецко-финского заграждения между Наргеном и полуостровом Порккала-Удд. Суда из Швеции и Финляндии могли беспрепятственно ходить в советские nорты. Из 160 транспортов не повезло только вышеназванному пароходу «Ригель», nодорвавшемуся на мине.
Официально германские подводные лодки прекратили действия на Балтике в марте 1945 года, но контакты советских подводников с их немецкими коллегами продолжались. Вероятно, противник использовал свои субмарины для противолодочной борьбы в районах зарядки аккумуляторных батарей советскими подлодками. Возможно, часть из этих контактов были ложными, но по докладам командиров советских подводных лодок их корабли подвергались атакам со стороны немецких субмарин либо имели гидроакустический контакт с ними. Это относится к «С-13» (12 октября, 6 февраля, 25 и 27 апреля, 2 мая и 5 мая), «К-56» (25 октября), «Щ-303» (18 марта), «Л-21» (19 марта), «К-53» (25 марта). Действия немецких подводных лодок на Балтике на завершающем этапе войны никак нельзя назвать успешными. За 9 месяцев 18 субмарин совершили в общей сложности около 70 боевых походов, в результате чего в четырех десятках атак потоплено три тральщика, восемь катеров, вспомогательное судно и семь барж и шхун. В то же время группа потеряла пять субмарин. Кроме того, в ночь на 15 октября в ходе налета советской авиации на Либаву получила повреждения «U-717». Подводная лодка имела потери в личном составе и в боевых действиях больше участия не принимала. Кроме «U-250» в 1944–1945 годах из группы немецких подводных лодок, действующих против КБФ, погибли: «U-479» (командир обер-лейтенант Фридрих-Вильгельм Зоне), «U-679» (командир обер-лейтенант Эдуард Ауст), «U-745» (командир капитан-лейтенант Вильгельм фон Трота), «U-676» (командир капитан-лейтенант Вернер Засс). «U-479» погибла, скорее всего, на мине в устье Финского залива после 15 ноября 1944 года. Часто упоминаемый. в советской литературе как причина гибели субмарины случайный таран «Лембита» у острова Утё 14 декабря представляется маловероятным и уже почти вышел из употребления. «U-679» пропала без вести после 9 января, возможно, причиной гибели подводной лодки стала атака катера «МО-124» у мыса Пакри. «U-745» пропала без вести после 30 января 1945 года в устье Финского залива. Тело командира субмарины вынесено течением к берегу острова Феглэ (Аландский архипелаг), где и было похоронено. «U-676» в своем последнем походе действовала между Утё и Ханко. Последний раз субмарина выходила на связь 12 февраля 1945 года, и больше донесений с подводной лодки не поступало.
Из остальных немецких подводных лодок, действовавших против КБФ в 1941–1945 годах, — «U-139», «U-140», «U-142», «U-290», «U-370», «U-475», «U-717», «U-748» и «U-1193» — затоплены собственными экипажами в победном мае 1945 года. «U-145», «U-149», «U-481» и «U-637» сдались союзникам и были затоплены ими у берегов Шотландии в ходе операции «Дедлайт» осенью того же года. Жертвами союзного оружия стали только три «балтийские» субмарины. «U-242» подорвалась на мине и погибла со всем экипажем в канале Св. Георга 5 апреля 1945 года. Примерно в это же время в Атлантике «U-1001» была потоплена глубинными бомбами британских фрегатов «Фитцрой» и «Байрон», а «U-348» погибла в Гамбурге в результате налета британской авиации 30 марта 1945 года.