После падения Польши в Европе началась «странная война». Тем временем Советский Союз предпринял попытку решить территориальную проблему, отодвинув свои границы как можно дальше на запад. В сентябре — октябре договоры о взаимопомощи были заключены с Прибалтийскими республиками. Решить территориальный вопрос под Ленинградом дипломатическим путем не удалось. Советеко-финские переговоры скоро зашли в тупик. Тогда в дело вступили пушки. 30 ноября 1939 года начались военные действия на Карельском перешейке.
К моменту начала советско-финляндской войны подводные силы Балтфлота имели следующий состав: 1-я бригада подводных лодок под командованием капитана 1-го ранга Кузнецова К. М. при плавбазе «Смольный» и спасательном судне «Коммуна». В бригаду входили: 12-й дивизион в Таллине в составе одного минного заградителя «Л-1» (командир капитан-лейтенант Могилевский С. С.). Входившие в состав этого дивизиона подводные лодки «Л-2» и «Л-3» в конце ноября 1939 года были поставлены на длительный ремонт и участия в боевых действиях не принимали.
13-й дивизион в Таллине под командованием капитана 3-го ранга Тутышкина Г. Н. в составе: «С-1» (командир капитан-лейтенант Трипольский А. В.), «С-2» (командир капитан-лейтенант Соколов И. А.), «С-3» (командир капитан-лейтенант Малофеев К. И.).
16-й дивизион в Либаве в составе: «С-4» (командир капитан-лейтенант Абросимов Д. С.), «С-5» (командир капитан-лейтенант Бащенко А. А.), «С-6» (командир капитан-лейтенант Кульбакин Б. Ф.).
21-й дивизион в Таллине (с 11 ноября 1939 г. находился в подчинении командира 2-й бригады) под командованием капитан-лейтенанта Орла А. Е. в составе: «Щ-309» (командир капитан-лейтенант Веселов С. С.), «Щ-310» (командир старший лейтенант Овечкин Н. М.), «Щ-311» (командир капитан-лейтенант Вершинин Ф. Г.).
2-я бригада подводных лодок под командованием капитана 1-го ранга Косьмина Д. М., с 27 декабря 1939 г. капитана 2-го ранга Египко Н. П. Корабли бригады обеспечивала плавбаза «Полярная Звезда» в Таллине.
В бригаду входили: 17-й дивизион (командир капитан 3-го ранга Егоров В. А.) в составе: «Щ-317» (командир старший лейтенант Андронов А. Г., на момент начала советско-финляндской войны он был болен, поэтому лодкой командовал командир дивизиона), «Щ-318» (командир старший лейтенант Куликов Н. Н.), «Щ-319» (командир старший лейтенант Агашин Н. С.), «Щ-320» (командир капитан-лейтенант Мартемьянов Т. Г.) в Таллине.
22-й дивизион под командованием капитана 2-го ранга Червинского В. А. в составе: «Щ-322» (командир старший лейтенант Полещук В.А.); «Щ-323» (командир старший лейтенант Иванцов Ф. И.), «Щ-324» (командир капитан-лейтенант Коняев А. М.) в Таллине.