Утром 3 сентября «Л-3» начала возвращение на базу и в ночь на 5 сентября приступила к форсированию Финского залива. Возвращение давалось нелегко. Четырежды над лодкой гремели взрывы вражеских мин, нанеся кораблю незначительные повреждения корпуса и механизмов. Счастливо преодолев противолодочный барраж противника, в ночь на 9 сентября «Л-3» прибыла на Лавенсари, откуда перешла в Кронштадт.
Командование высоко оценило результаты последнего похода «Л-3». Весь ее экипаж был отмечен правительственными наградами. За короткий промежуток между походами корабль посетили писатели Александр Фадеев и Всеволод Вишневский, поэтесса Ольга Берггольц.
Уже 27 октября 1942 года «Л-3» снова выходит в море. 29 октября корабль приступил к преодолению противолодочного рубежа противника. Вечером следующих суток при форсировании заграждения «Юминда» подводная лодка подорвалась на мине. К счастью, взрыв, произошедший в 30 метрах выше над лодкой, не нанес ей существенных повреждений, только в корпусе в районе 15-го шпангоута образовалась вмятина. Вечером 1 ноября «Л-3» вышла из Финского залива. На следующий день в 6 милях южнее маяка Утё подводная лодка выставила минную банку из 10 мин, на которой подорвался транспорт «Гинденбург» (7888 брт.), перевозивший из Данцига в Финляндию 1000 (по другим данным, 2000) советских военнопленных. Кроме них на борту судна находились 191 охранник, 36 автомобилей и другое военное имущество. При взрыве 15 человек, в том числе 6 пленных, погибли. Еще 13 пленных было ранено в ходе подавления бунта, который вспыхнул после подрыва судна. «Гинденбург» держался на плаву, но попытка спасти пароход не увенчалась успехом, и он затонул между островами Корпо и Нагу 19 ноября.
Еще одну банку из 7 мин «Л-3» выставила 5 ноября в 14 милях северо-западнее маяка Нидден. Возможно, здесь нашли свой конец вышедшие из Данцига и пропавшие без вести транспорты «Грундзее» (866 брт.), шедший 6 февраля 1943 в Либаву, и «Тристан» (1766 брт.), 5 февраля 1943 г. шедший в Мемель. Часто упоминаемый в качестве минного успеха «Л-3» германский транспорт «Диршау» (762 брт.) пропал без вести 2 декабря 1942 года у Брюстерорта. Так же эта минная постановка не имеет отношения к гибели германских транспортов «Мария Фердинанд» (1757 брт.), который выбросился на берег после подрыва на мине у Либавы 14 января 1943 г., и «Эдит Боссельман», который погиб на мине 9 декабря 1942 года несколько севернее заграждения, установленного «Л-3».
В ночь на 6 ноября юго-западнее Мемеля «Фрунзовец» выходит в атаку на миноносец противника, но торпеды прошли мимо цели. В ночь на 10 ноября подводная лодка сместилась к Либаве, где при попытке 13 ноября атаковать конвой «Л-3» попала под таранный удар транспорта и лишилась перископов. К счастью, больше никаких повреждений подводная лодка не получила.
В этот же день, выставив в 11 милях юго-западнее мыса Акменрагс оставшиеся 3 мины, подводная лодка покинула позицию и начала возвращение на базу.
Форсировав заграждение «Зееигель», «Л-3» 18 ноября ошвартовалась в Кронштадте и вскоре встала на ремонт.
1 марта 1943 года подводной лодке «Л-3» было присвоено звание Гвардейской, а 9 марта командиром субмарины стал капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3-го ранга) Коновалов Владимир Константинович, бывший ранее помощником командира «Фрунзовца».
В свой следующий, пятый по счету, боевой поход «Л-3» вышла спустя почти два года после последнего выхода на позицию. К этому времени между СССР и Финляндией было заключено перемирие. 1 октября 1944 года «Л-3» вышла из Кронштадта. Пройдя финским шхерным фарватером в Балтийское море, вечером 5 октября подводная лодка направилась к острову Борнхольм (позиция № 8), куда прибыла утром 9 октября.
Вечером 11 октября севернее мыса Аркона «Л-3» выставила минное заграждение (20 мин одной банкой). Спустя три дня на нем получило повреждение учебное судно «Альберт Лео Шлагепер» (1634 брт.), на котором при взрыве погибло 15 человек.
Упоминаемые в качестве минного успеха «Л-3» рыболовный траулер «Шпрееуфер» (216 брт.) потерян скорее всего на британской авиационной донной мине или, возможно, на мине ПЛ «Лембит» 24 ноября 1944 года, сторожевик «Vs-53» погиб на мине 20 апреля 1945 года в достаточном удалении от места постановки «Л-3», миноносец «Т-34» 20 ноября 1944 года подорвался и затонул несколько юга-западнее выставленных мин.
12 октября «Л-3» сместилась к Истаду, где в ночь на 15 октября в 10 милях юга-восточнее маяка Смюгехук подводная лодка атаковала одиночный транспорт. С субмарины наблюдали попадание торпеды и гибель судна, но зарубежных данных об этой атаке «Л-3» нет. Возможно, на этот раз торпеда попала в тральщик «М-3619», часто указываемый в списке побед подводных лодок «С-4» и «Лембит». 21 октября «Л-3» получила приказ действовать в районе Либавы (сектор № 3). Утром 25 октября она была у Мемеля, где в этот же день подводная лодка атаковала конвой. После залпа субмарину выбросило на поверхность. Заметив подводную лодку, транспорт без труда уклонился от торпед. На следующий день «Л-3» вышла в атаку на сторожевик из состава конвоя. Через минуту после выпуска торпед на субмарине слышали взрыв, а при наблюдении за конвоем атакованный корабль не был обнаружен, что дало основание посчитать его потопленным. По данным противника, данная атака «Л-3» безрезультатна; тральщик, сопровождавший конвой, наблюдал след торпеды, после чего корабли противника сбросили на подводную лодку несколько глубинных бомб.