20 октября 1941 года военный трибунал КБФ рассмотрел дело командира «Щ-308» А. Ф. Маркелова и приговорил его к расстрелу. К счастью, приговор не был приведен в исполнение. Очевидно, пройдя через штрафбат, бывший командир подводной лодки был восстановлен в звании. 13 марта 1945 года уже капитан 3-го ранга Александр Филиппович Маркелов был назначен командиром 12-го дивизиона катеров-тральщиков КБФ.
Зиму 1941/42 года «Щ-308» простояла в Ленинграде. 14 февраля стоящая в ремонте подводная лодка получила дополнительные повреждения от разорвавшегося рядом артиллерийского снаряда. В апреле 1942 года на «Щ-308» назначили нового командира. Им стал Автомонов Иван Васильевич (ранее командовал «М-79»).
19 июля 1942 года «Щ-308» перешла в Кронштадт, а 23 июля вышла на позицию в район банки Штольпе к востоку от Померанекой бухты, однако по прибытии лодки на Лавенсари обнаружилось, что корабль к походу не готов. Субмарина имела отрицательную плавучесть в 4 тонны, к тому же из-за слабой подготовки личного состава на переходе «Щ-308» повредила кормовые горизонтальные рули. Лодку вернули в Кронштадт, и 22 июля 1942 года капитан-лейтенант Автомонов был снят с должности, а на его место назначен капитан 3-го ранга Костылев Лев Николаевич (ранее командовал «М-71» и «М-77»).
15 сентября 1942 года «Щ-308» в паре с «С-9» в охранении тральщиков и малых охотников вышла из Кронштадта на Лавенсари, откуда 18 сентября вышла в боевой поход. 22 сентября лодка заняла позицию в районе острова Утё. 20 октября 1942 года командир лодки доложил по радио, что лодкой уничтожено 3 транспорта противника общим водоизмещением 16 000 тонн, но «Щ-308» имеет повреждения и просит «добро» на возвращение. Начальник штаба бригады ПЛ капитан 1-го ранга Л. А. Курников в двух радиограммах приказал «Щ-308» возвращаться, но лодка в Кронштадт так и не вернулась. Вместе с «Щ-308» в море навсегда остались 40 человек ее экипажа.
По поводу гибели «Щ-308» существует несколько версий: подводная лодка стала жертвой торпед финской субмарины «Ику Турсо» на переходе к проливу Серда-Кваркен 27 октября 1942 года, но, принимая эту версию, непонятно, почему поврежденная лодка остается на позиции еще неделю, имея приказ на возвращение; либо «Щ-308» была потоплена таранным ударом противолодочного корабля «Шифф-47», который 19 октября 1942 года в районе Утё атаковала подводная лодка. Кроме того, «Щ-308» могла погибнуть на пути домой от полученных повреждений в результате этого удара. Также, вероятно, «Щ-308» могла погибнуть у острова Тайкесаари от глубинных бомб и артогня финского сторожевого катера «VMV-2» 20 октября 1942 года. Не исключен подрыв подлодки на мине заграждения «Насхорн», «Юминда» или «Зееигель». Результативность последнего похода тоже требует уточнения. В некоторых источниках указывается 2 торпедные атаки с выпуском 3 торпед, в результате чего 28 сентября 1942 года поврежден транспорт «Хёрнум» (1467 брт.). Другие источники предполагают четыре безрезультативные атаки: 2 октября 1942 года у Ханко атакован финский минный заградитель «Руотсинсальми» и финский транспорт «Ванда» (эта атака также может принадлежать «Щ-307»), 7 октября у острова Утё — германское госпитальное судно «Рюген», 13 октября — танкер «Хидензее» и 19 октября — вспомогательный противолодочный корабль «Шифф-47», который, в свою очередь, сам атаковал лодку и повредил ее таранным ударом.
2 боевых похода:
21.07.1941-09.08.1941.
18.09.1942 — из похода не вернулась.
3-4 безуспешных торпедных атаки.
Щ-306 «ПИКША» V-БИС-2 СЕРИЯ
Заложена 6 ноября 1933 года на заводе № 189 (Балтийский завод) в Ленинграде. Строительный номер 250. 1 августа 1934 года лодка спущена на воду. 4 августа 1935 года «Щ-306» вступила в строй и 17 августа 1935 года, подняв военно-морской флаг, вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
В 1938–1939 годах лодка в составе 15-го дивизиона ПЛ прошла на заводе № 189 капитальный ремонт и модернизацию. В событиях советско-финляндской войне «Пикша» участия не принимала.
22 июня 1941 года «Щ-306» встретила в составе отдельного учебного дивизиона ПЛ в Ораниенбауме. Лодкой командовал старший лейтенант (впоследствии капитан-лейтенант) Смоляр Николай Иванович.
Уже 25 июня 1941 года «Щ-306» вышла в море и 27 июня заняла позицию в районе маяка Калбодагрунд на южных подходах к Хельсинки (позиция № 18). Противолодочные дозоры противника не давали подводной лодке. нормально произвести зарядку батарей, для чего «Щ-306» по ночам вынуждена была отходить к эстонскому побережью. 27 июня при возвращении «Пикши» на позицию ее атаковала группа финских противолодочных катеров, которые сбросили на «Щ-306» около двух десятков глубинных бомб. Благополучно уклонившись от атаки, «Щ-306» через некоторое время оказалась на маршруте советского конвоя, сопровождавшего поврежденный крейсер «Максим Горький». Услышав отдаленные взрывы затраленных мин, которые расстреливал эсминец «Стерегущий», на подводной лодке посчитали себя вновь атакованными, и командир принял решение погрузиться ниже рабочей глубины. «Щ-306» опустилась на 93 метра. Давлением воды были раздавлены находившиеся на мостике магнитный компас и репитер гирокомпаса.