Командир ПЛ «Щ-306» Смоляр Н. И.
2 июля в результате навигационной ошибки в районе банки Калбодагрунд «Щ-306» села на мель, с которой, к счастью, снялась самостоятельно. На следующий день, услышав отдаленные взрывы глубинных бомб, командир вновь увел подводную лодку на глубину 30–40 м, где она маневрировала в течение 12 часов. 6 июля, так и не атаковав ни одной цели, «Щ-306» была отозвана с позиции и покинула район патрулирования. На следующий день подводная лодка благополучно вернулась на базу. (По многим послевоенным советским источникам, за время первого похода противник сбросил на «Щ-306» более 200 глубинных бомб.)
В конце августа 1941 года «Щ-306» перешла в Кронштадт для ремонта. 21 сентября в ходе массированного налета немецкой авиации на крепость и корабли «Пикша» получила повреждения: осколками взорвавшейся в 5 м от корпуса подводной лодки авиабомбы перебиты трубы вентиляции цистерны главного балласта, сам прочный корпус получил вмятины. Было ранено 11 членов экипажа субмарины, четверо из них тяжело. 26 сентября подводная лодка перешла в Ленинград, где на заводе № 189 ремонт продолжился.
Новые повреждения «Щ-306» получила в мае 1942 года от огня артиллерии. 13 мая в результате двух подводных взрывов была нарушена герметичность топливной цистерны № 2, разбиты баки пяти элементов второй группы аккумуляторов. Внутрь прочного корпуса подводной лодки стал поступать соляр. 31 мая взрывом снаряда была повреждена надстройка и разбиты баки аккумуляторов, стоявших на пирсе. Все же ремонт был завершен, и 13 октября 1942 года «Щ-306» перешла в Кронштадт.
В свой второй боевой поход западнее острова Борнхольм «Щ-306» вышла 20 октября 1942 года в составе третьего эшелона подводных лодок КБФ. На переходе к Лавенсари конвой, куда кроме «Пикши» входила еще «Щ-406», подвергся атаке финских торпедных катеров, которая была отбита. Утром следующих суток подводные лодки вышли в точку погружения. Больше «Щ-306» никто не видел. 25 октября подводная лодка доложила о форсировании Финского залива. Вероятно, по пути на позицию южнее острова Утё «Пикша» атаковала германский конвой, но результата не добилась. Вечером 31 октября на «Щ-306» была послана радиограмма о смене района патрулирования (подводной лодке предписывалось идти в Данцигскую бухту), но с субмарины ответа не последовало. На запрос командования от 5 ноября «Щ-306» также ответила молчанием. На следующий день в районе маяка Штольпемюнде в результате подводного взрыва погиб немецкий транспорт «Эльбинr IX» в 467 брт. Находившийся поблизости эсминец «Z-31» произвел противолодочный поиск, но ничего не обнаружил. Стало ли судно жертвой торпеды с «Щ-306», сейчас сказать нельзя. Транспорт погиб в достаточном удалении от позиции подводной лодки. В радиограмме от 11 октября, где командир субмарины сообщает о намерении начать форсирование Финского залива для возвращения на базу, об успешной атаке 6 ноября ничего не говорится. Больше на связь подводная лодка не выходила и на базу не прибыла.
По всей видимости, «Щ-306» погибла, подорвавшись на мине в районе Наргенской минной позиции 12–16 ноября 1942 года. Вместе с «Щ-306» погибли и 40 человек ее экипажа. По некоторым данным 1 субмарина найдена на грунте в точке 60°11′20″ с.ш./26°08′34″ в.д.
Касаясь вопроса о торпедных атаках «Щ-306», необходимо отметить, что вечером 12 ноября и в начале следующих суток финский минный заградитель «Руотсинсалми», находившийся в устье Финского залива, четырежды подвергся атаке субмарины, но все выпущенные торпеды прошли мимо, причем последняя из них прошла под мостиком корабля. Если атаки на «Руотсинсалми» действительно имели место, то их могла произвести только «Щ-306», возвращающаяся из боевого похода. В советских источниках говорится о двух атаках, в которых повреждено 2 судна. Время, место и объекты атак не указываются.