Довольно пассивно вели себя и подводные лодки финнов. В первые дни войны «Весикко» и «Весихииси» несли дозор в районе Ханко. «Ветехинен», получившая в начале декабря задачу перехватить ледокол «Ермак», совершавший переход с Севера на Балтику, 7 декабря обнаружила его в районе Либавы, но вскоре из-за тумана потеряла его из виду и атаковать не смогла. «Весикко» и «Саукко» несли дозор в Финском заливе в тот момент, когда в районе Койвисто советские корабли вели обстрел береговых батарей финнов. Финские подводники несколько раз пытались атаковать, но торпед так и не выпустили. (Советская сторона по крайней мере зафиксировала два выхода финских подлодок в атаку — 8 и 14 декабря.) Имели контакты с финскими субмаринами и советские подводники. Ночью 5 декабря 1939 года «Щ-324» на расстоянии 3–4 кабельтовых обнаружила подводную лодку. Зная, что в этом районе может находиться своя «С-1», командир «щуки» отказался от атаки. На самом деле «С-1» в этот момент находилась на позиции, поэтому обнаруженная подводная лодка принадлежала Финляндии. Спустя 4 дня та же «Щ-324» имела контакт с подлодкой типа «Ветехинен». Командир «щуки» начал выходить в атаку, но во время циркуляции субмарина потеряла плавучесть и провалилась на глубину. Возможность выпустить торпеду была упущена: Финские подводные лодки привлекались и для ведения минной войны. 27 декабря «Весихииси» выставила 16 мин у Палдиски, а 1 января «Ветехинен» — 20 мин в районе мыса Юминда. Единственной их жертвой стал немецкий пароход «Дитрих Хассельдик» (138 брт.), погибший у маяка Пакри вечером 11 января 1940 года. В ходе «зимней войны» пять финских подводных лодок совершили в общей сложности 12 боевых походов. Итогом кампании стал выход из строя четырех субмарин (на «Ветехинен» авария дизельной установки, на «Ику-Турсо» авария электросети, «Весихииси» потребовался ремонт винта, «Саукко» завершила кампанию в доке Хельсинки), хотя необходимо отметить, что в целом основные задачи, поставленные перед финскими моряками, были выполнены: финское побережье и морские коммуникации были прикрыты от ударов советского флота.
Действия советских подводных лодок оказались еще менее эффективными. На выполнение задач по блокаде финского побережья влияли неизученность района, отсутствие карт и необычайно суровые погодные условия. Боевое управление лодками имело ряд серьезных недостатков. В одной и той же операции действиями лодок руководили две командные инстанции — заместитель командующего КБФ из Таллина и штаб флота из Кронштадта. Случалось так, что командир лодки получал распоряжения, которые прямо противоречили друг другу. Заместитель командующего КБФ не имел документов индивидуальной шифросвязи и не знал условных сигналов, поэтому не мог получать донесения с подводных лодок, даваемые этими шифрами в адрес штаба флота. Поэтому все приказания заместитель командующего флотом должен был передавать через Кронштадт и донесения получать также через Кронштадт, следствием чего стала перегрузка средств связи и длительность передачи приказов и донесений, На начальном периоде войны негативным фактом стал частый выход подводных лодок в эфир. В начале декабря «Щ-317» за пять первых ночей нахождения на позиции работала на передачу 38 раз, из них 14 раз в первую ночь пребывания в заданном районе. Естественно, эти переговоры не прошли незамеченными для противника и раскрывали районы действия подводных лодок. Серьезным недостатком являлась первоначальная нарезка позиций для подводных лодок. Они были слишком тесны и не всегда учитывали маршруты движения неприятельских судов. Лишь спустя месяц после начала военных действий позиции были расширены, что обеспечивало большую свободу маневра и скрытность действий подводных лодок. Не была на высоте и подготовка личного состава. Репрессии конца 1930-х годов не обошли стороной и балтийский подплав. Были арестованы командир 3-й бригады ПЛ А. А. Пышнов, начальники штабов 1-й, 2-й и 3-й бригад капитан 2-го ранга В. П. Рахмин (расстрелян), капитан 2-го ранга Л. П. Яковлев, капитан 2-го ранга А. А. Асямолов, командиры дивизионов капитаны 1-го ранга Б. А. Секунов и П. А. Штейнгаузен (расстрелян), капитан 3-го ранга Н. С. Подгородецкий (расстрелян) и капитан 3-го ранга В. В. Курилов, командиры подводных лодок капитан 2-го ранга В. Н. Симановский (расстрелян), капитан-лейтенант С. А. Рогачевский, старшие лейтенанты В. А. Васильев, В. С. Денисов, Н. А. Филов и А. М. Середа. В результате репрессий на Балтике обновлено 55 % командиров подводных лодок и 61 % командиров БЧ подводных лодок. К концу 1939 года некомплект командного личного состава на подводных лодках составлял 95 человек (26,6 %). Требовалось 33 командира подлодок, 26 штурманов и 22 минера. Эти бреши были заполнены молодыми офицерами. Хотя общая тактическая подготовка командиров была, в общем, вполне удовлетворительной, в ней имелся ряд пробелов. Отмечались слабая навигационная подготовка и умение всего командного состава решать астрономические задачи. Общим недостатком являлось отсутствие опыта взаимодействия подводных лодок и авиации и совершенно неудовлетворительная торпедная стрельба. Залповому методу стрельбы командиры подводных лодок были совершенно не обучены, и она не проводилась. В ходе войны из 11 выпущенных торпед в цель попали лишь 2. Несмотря на то что успехи подводных лодок были достаточно скромные, награды были вполне реальные. 7 февраля 1940 года звания Герой Советского Союза были удостоены командиры «С-1», «Щ-311» и «Щ-324» А. В. Трипольский, Ф. Г. Вершинин и А. М. Коняев. В этот же день «С-1» и «Щ-311» стали Краснознаменными, а 21 апреля орденом Красного Знамени награждена подводная лодка «Щ-324». Не забыли отметить орденами и медалями и экипажи лодок.