В следующий боевой поход к западу от острова Гогланд (позиция № 1) с целью перехвата германских кораблей в случае их прорыва к Кронштадту лодка вышла 27 сентября 1941 года. Противник встречен не был, и 18 октября «Щ-311» благополучно вернулась на базу.
9 ноября 1941 года лодка вновь выходит на позицию в районе маяка Эландсрев (к востоку от острова Эланд, позиция № 4). С конвоем на Ханко подводная лодка дошла до острова Кери и далее продолжила движение самостоятельно. Вечером 12 ноября «Щ-311» прибыла в район маяка Хоборг. 15 ноября у маяка Каппельудден «Кумжа» обнаружила ходовые огни, а затем одиночный транспорт. Лодка четырежды (!) атаковала его, выпустив в общей сложности пять торпед, но все они либо прошли мимо, либо утонули сразу после выстрела. (Первые две и пятая торпеды были типа «53–27», третья и четвертая типа «45–36».) «Щ-311» открыла по транспорту артиллерийский огонь (выпущено 20 45-мм снарядов), но спустя четыре минуты лодка попала под обстрел шведской береговой батареи, и ей пришлось погрузиться. По наблюдениям командира субмарины атакованное судно выбросилось на берег, но ни противник, ни нейтральная Швеция не комментируют этот эпизод. 17 ноября во время шторма у подводной лодки оказались повреждены кормовые горизонтальные рули, и «Щ-311» вынуждена была вернуться на базу.
В конце ноября подводная лодка перешла в Ленинград, где встала на ремонт на заводе № 194. Тогда же на «Щ-311» сменился командир. Им стал капитан 3-го ранга Пудяков Анисим Антонович. Весной 1942 года в результате артобстрела подводная лодка получила повреждения, что задержало ее ввод в строй.
В следующий боевой поход в район между островами Готланд и Эланд (южная часть позиции № 11) «Щ-311» вышла только 10 октября 1942 года. В полночь 12 октября на Восточном Гогландском плесе подводная лодка погрузилась, и больше ее никто не видел. На связь «Кумжа» также не выходила. По наиболее распространенной версии 15 октября в районе Порккала лодку атаковали глубинными бомбами и потопили финские сторожевые катера «VMV-13» и «VMV-15». По другим данным, «Щ-311» погибла в результате атаки этих же катеров в районе южнее острова Тайкерсаари вечером 12 октября 1942 года, хотя, по мнению М. Морозова, подводная лодка не могла за столь короткий срок преодолеть столь большое расстояние. Среди причин гибели субмарины также можно назвать подрыв на мине заграждения «Насхорн», «Зееигель» или «Юминда» в период между 12–15 октября 1942 года. Существует информация о пленении одного из членов экипажа «Щ-311», который умер в плену. Вместе с подводной лодкой погибло 39 человек.
В советско-финляндскую войну — 1 боевой поход:
24.12.1939-10.01.1940.
Три артиллерийских (всего выпущено 334 45-мм снаряда), две торпедные атаки (выпущено 2 торпеды). В результате потоплено 2 транспорта (1259 брт.): «Вильпас» (775 брт. — 28.12.1939) и «Фенрис» (484 брт. — 05.01.1940); 1 транспорт поврежден.
В Великую Отечественную войну — 4 боевых похода:
23.06.1941-15.07.1941.
27.09.1941-18.10.1941.
09.11.1941-21.11.1941.
10.10.1942 — из похода не вернулась.
Четыре последовательные торпедные атаки (выпущено 5 торпед). Одна артиллерийская атака (выпущено 20 45-мм снарядов). В результате предположительно поврежден 1 транспорт.
М-71 VI-БИС СЕРИЯ
Заложена 10 марта 1934 года на заводе № 198 (им. Марти) в Николаеве под стапельным номером 289. Секциями по железной дороге подводная лодка перевезена на завод № 190 (им. Жданова) в Ленинград, где производилась ее окончательная сборка.
31 декабря 1934 года «М-71» спущена на воду и 24 августа 1935 года вступила в строй. 13 сентября 1935 года корабль под командованием Арефьева Ивана Прокофьевича вошел в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Начало «Зимней» войны «М-71» встретила под командованием старшего лейтенанта Костылева Льва Николаевича (командовал кораблем с июля 1938) в составе 24-го дивизиона 3-й бригады ПЛ. С началом боевых действий «М-71» вышла в указанный район для прикрытия десанта на острова Сейскари, Лавенсари, Большой Тютерс и Гогланд (позиция № 5). Вечером подводная лодка уходила в южную часть Финского залива для зарядки аккумуляторов. Несмотря на восьмибалльный шторм, подводная лодка упорно держалась на позиции. Невозможность определиться привела к тому, что «М-71» была снесена штормом к финским шхерам, где в ночь на 4 декабря она села на камни. Точное место было потеряно настолько, что командир и штурман предположили, что субмарина находится у эстонского побережья в районе Мухувяйна. Самостоятельно снявшись с камней, «М-71» до утра простояла на якоре у побережья противника, но даже с наступлением дня точное место посадки на мель не было установлено. Подводная лодка взяла курс на северо-восток и только вечером определилась по маяку Тахкуна, имея несвязку в 50 миль. Ночью 5 декабря «М-71» прибыла в Палдиски. Повреждения субмарины были настолько велики, что она была направлена на ремонт в Кронштадт и в боевых действиях больше участия не принимала.