Командование КБФ на основе зимней кампании 1939–1940 годов извлекло уроки и сделало правильные выводы, но устранить недостатки уже не было времени. Надвигалась гроза 1941 года.
БАЛТИКА, 1941. ШОК
В день нападения Германии на СССР подводные лодки Краснознаменного Балтийского флота насчитывали 69 единиц и были сведены в 3 бригады и отдельный учебный дивизион при учебном отряде подводного плавания. 1-я бригада предназначалась для обслуживания южной и центральной части Балтийского моря, 2-я бригада — для обслуживания Финского и Ботнического заливов, в учебную бригаду входили все строящиеся и капитально ремонтирующиеся подводные лодки. Субмарины базировались по всему советскому балтийскому побережью, включая территорию только что вошедших в состав СССР Прибалтийских республик и арендованную у финнов ВМБ Ханко.
1-я бригада подводных лодок (командир Герой Советского Союза капитан 1-го ранга Египко Н. П.) включала в себя четыре дивизиона. 1-й дивизион (командир Герой Советского Союза капитан 3-го ранга Трипольский А. В.) незадолго до начала войны был переведен из Либавы в Усть-Двинск и включал в себя 9 подводных лодок IX и IХ-бис серии («С-1», «С-3», «С-4», «С-5», «С-6,, «С-7», «С-8» и «С-9») с плавбазой «Смольный». Две подводные лодки («С-1» и «С-3») 1-го дивизиона на момент начала войны ремонтировались в Либаве, а «С-7» находилась в дозоре в Ирбенском проливе. 2-й дивизион (командир капитан 3-го ранга Червинский В. А.) с базированием также на Усть-Двинск состоял из трех подводных лодок IХ-бис серии («С-10», «С-101» и «С-102») и плавбазы «Иртыш». На Либаву базировалось два дивизиона — 3-й (командир капитан 3-го ранга Аверочкин А. К.) и 4-й (командир капитан-лейтенант Матвеев С. И.). В составе третьего дивизиона числились подводные минные заградители и лодки иностранной постройки, доставшиеся в наследство от Эстонии и Латвии («Л-3», «Калев», «Лембит», «Ронис», «Спидола»). 4-й дивизион состоял из «малюток» VI-бис серии («М-71», «М-77», «М-78», «М-79», «М-80», «М-81», «М-83»), которые, как показал опыт их использования, годились для действий только в Финском заливе.