Вечером 2 декабря «С-1» была отозвана с позиции и утром следующего дня была в Таллине, однако тут же, после пополнения запасов, была отправлена к порту Раума в Ботническом заливе (позиция № 13). Размер района действий подводной лодки был слишком мал (10 × 10 миль). Сигнальщики несколько раз (как минимум было пропущено восемь пароходов и один парусник) обнаруживали цели, но они проходили слишком далеко от субмарины. Только 10 декабря «С-1» заметила и атаковала одиночный транспорт под германским флагом с закрашенными надписями на носу и корме. Когда торпеда прошла мимо, субмарина всплыла и начала расстреливать его артиллерией. На пятом залпе 100-мм орудие заклинило, а еще один двухторпедный залп ушел «В молоко». Наконец, после полуторачасового маневрирования, судно было потоплено огнем из 45-мм орудия. (Всего израсходовано 4 100-мм и 35 45-мм снарядов.) Им оказался немецкий пароход «Больхайм» (3324 брт.), перевозивший целлюлозу из Мянтюлуото. Несмотря на потерю транспорта и гибель при этом 3 человек (капитана судна Хильдесхайма и радиста) из его экипажа, никакой реакции Германии не последовало. Больше никого на позиции «С-1» не встретила, и 16 декабря она благополучно вернулась в Либаву.
22 декабря 1939 года «С-1» снова вышла в боевой поход. Первоначально ей предстояло действовать в районе к северу у острова Аланд (позиция № 10), но затем она была переразвернута у порта Кристина (позиция № 12). За 22 дня патрулирования лодка обнаружила лишь два транспорта, но не смогла их догнать. 16 января «С-1» была отозвана в базу, но в силу выхода из строя вертикального руля подводная лодка задержалась в Ботническом заливе для исправления повреждения. Возвращение подлодки проходило в сложных ледовых условиях. Часть пути лодка шла подо льдом, другую часть — лавируя между льдинами; в этот момент ее атаковали два финских гидросамолета «Юнкерс К-43», один из которых артиллеристам «С-1» (по данным советской стороны) удалось сбить. На исходе суток 19 января субмарина наконец-то вышла на чистую воду. На следующий день лодка благополучно прибыла в Либаву, имея всего 300 кг соляра. При форсировании льдов подводная лодка получила повреждения легкого корпуса, который в нескольких местах помяло и продавило льдом, оборвало антенны и леера, штормовой волной с верхней палубы сорвало семь листов обшивки и обломало козырек ограждения рубки.
За мужество, проявленное экипажем «С-1», субмарину 7 февраля 1940 года наградили орденом Красного Знамени, а ее командир А. В. Трипольский удостоен звания Героя Советского Союза.
22 июня 1941 года «С-1» встретила в Либаве на заводе «Тосмаре» в составе 1-го дивизиона ПЛ КБФ, которым командовал ее бывший командир, капитан 3-го ранга А. В. Трипольский. Лодкой командовал капитан 3-го ранга И. Т. Морской. Подводная лодка находилась в ремонте.
Вечером 23 июля 1941 года, когда немцы были уже на подступах к городу, экипаж взорвал свой корабль и перешел на ПЛ «С-3», на которой и ушел из Либавы.
Восстанавливать субмарину немцы не стали, а использовали в качестве опытового судна.
7 августа 1943 года корпус субмарины был потоплен в ходе проведения испытаний в районе Киля.
Во время советско-финляндской войны совершила 3 боевых похода:
30.11.1939-02.12.1939.
03.12.1939-16.12.1939.
22.12.1939-20.01.1940.
В результате потоплен транспорт «Больхайм» (3324 брт., 10.12.1939), сбит 1 самолет.
С-3 IX СЕРИЯ
Заложена 25 апреля 1935 года на заводе № 189 (Балтийский завод) в Ленинграде под строительным номером 268 и литерным обозначением «Н-З». 30 апреля 1936 года подводная лодка была спущена на воду 20 октября 1937 года она получила обозначение «С-3», и 13 июля 1938 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Советско-финляндскую войну подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Малофеева К. И. в составе 13-го дивизиона 1-й бригады ПЛ КБФ. 30 ноября 1939 года согласно сигналу о начале боевых действий «Факел» подводная лодка заняла позицию у южного входа в залив Кальмарзунд (позиция № 19). За время патрулирования «С-3» обнаружено усиленное движение немецких транспортов и нескольких шведских тральщиков. Кроме этого никаких движений в этом районе не наблюдалось. 8 декабря 1939 года, не добившись результатов, лодка вернулась на базу.
Второй выход на позицию юго-западнее Аландских островов «С-3» делает в середине декабря 1939 года (позиция № 7). 17 декабря вне зоны объявленной блокады артиллерией подводной лодки обстреляны германские пароходы «Гильхаузен» и «Линнас». По одному из них субмарина выпустила 48 45-мм снарядов, но ни один из них не попал в цель. Свои действия командир лодки объяснил тем, что принял германский транспорт за финский лесовоз на том основании, что труба и мостик судна были расположены на корме. Следует отметить, что альбомов силуэтов транспортов в штабах соединений подводных лодок не имелось и их изучению не уделялось достаточного внимания. Оба парохода сумели уйти. Во время нахождения на позиции подводная лодка несколько раз встречала канонерские лодки типа «Карьяла» и «Уусимаа» и наблюдала полеты самолетов противника. Не добившись результатов, 22 декабря 1939 года «С-3» вернулась на базу.