В результате действий подводной лодки повреждены транспорт «Сабине Ховальд» (5956 брт., 21.10.1942) и «Мальгаш» (6903 брт., 27.10.1942). Всего 2 транспорта суммарным водоизмещением 12 859 брт.
С-13 IX-БИС СЕРИЯ
Заложена 19 октября 1938 года на заводе № 112 (Красное Сормово) в Горьком (Нижний Новгород) под заводским номером 263. 25 апреля 1939 года подводная лодка спущена на воду, и 11 июня 1941 года «С-13» начала переход на Балтику по Мариинской водной системе в Ленинград. 22 июня подводная лодка встретила под командованием старшего лейтенанта Маланченко Петра Петровича в составе учебной бригады ПЛ. Начало войны застало корабль в городе Вознесенье. 25 июня подводная лодка прибыла в Ленинград.
До 31 июля подводная лодка проходила ходовые испытания и только 14 августа 1941 года вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота. 30 августа «С-13» включена в состав 1-го дивизиона 1-й бригады ПЛ КБФ. Подводную лодку предполагалось перебазировать на Север, для чего в первую половину сентября «С-13» прошла докование. Субмарина была готова к переходу, когда немцы блокировали Ленинград с суши, и субмарина осталась на Балтике.
Благополучно перезимовав первую блокадную зиму в Ленинграде, в свой первый боевой поход на позицию в Ботническом заливе (позиция № 8) «С-13» вышла 2 сентября 1942 года. Советские подводные лодки в этот район в 1942 году еще не проникали. Обеспечивающим в море вышел командир 1-го дивизиона ПЛ капитан 2-го ранга Юнаков Евгений Гаврилович. До точки погружения «С-13» сопровождали тральщики и сторожевые катера. В 2.30 эскорт оставил лодку, и она продолжила движение самостоятельно. Вечером 3 сентября произошла первая встреча с врагом. Подводная лодка дважды обнаруживалась сторожевым катером противника, который сбросил на нее 7 глубинных бомб. В ночь на 8 сентября «С-13» завершила форсирование Финского залива, и вечером следующих суток вышла в Аландское море. Днем 11 сентября подводная лодка была в Ботническом заливе.
Противник не ожидал действий советских субмарин в этом районе, поэтому возможность открыть счет представилась уже на исходе текущих суток, когда подводная лодка обнаружила финский пароход «Гера» (1379 брт:) с грузом угля для Финляндии. Первая торпеда прошла мимо, и тогда «С-13» открыла артиллерийский огонь (выпущено 13 100-мм снарядов). Транспорт застопорил ход и, получив еще две торпеды, скрылся под водой. Спустя три часа подводная лодка топит новую цель — финский транспорт «Юсси Х» (2325 брт.), перевозивший штучный груз в Кёнигсберг. Патрулируя в заданном районе, «С-13» имела несколько шансов пополнить счет потопленных судов, но атаки срывались из-за ошибок личного состава, а утром 17 сентября при попытке атаковать «С-13» выбросило волной на мелководье. Наконец, вечером 17 сентября «С-13» выпустила торпеду по голландской парусно-моторной шхуне «Анна В» (290 брт.). Торпеда прошла мимо цели. От второй торпеды судно увернулось. Тогда в дело вступило 100-мм орудие подводной лодки (выпущено 24 снаряда). После того как транспорт загорелся, была выпущена еще одна торпеда, прошедшая под носовой частью судна. Горящая шхуна сдрейфовала к берегу, где в итоге была разобрана. При атаке подводной лодки на судне погибло 5 человек. (Необходимо отметить, что в некоторых источниках эту победу относят на счет ПЛ «С-9».) Продолжая патрулирование, «С-13» неоднократно обнаруживала как одиночные суда, так и конвои противника, но атаки по разным причинам срывались. Только 4 октября подводная лодка произвела торпедную атаку по конвою, но, видимо, неудачно. Вечером 10 октября «С-13» начала возвращение на базу. У острова Вайндло 15 октября подводная лодка подверглась атаке финских сторожевых катеров «VMV-13» и «VMV-15». От близких разрывов глубинных бомб «С-13» получила повреждения: вышли из строя гирокомпас и эхолот, на 28° влево заклинило вертикальный руль. Вечером 17 октября на буксире катера «МО-124» и тральщика «№ 34» подводная лодка была приведена на Лавенсари, и 19 октября она благополучно прибыла в Кронштадт. 22 октября субмарина перешла в. Ленинград для ремонта и зимовки. За успешный боевой поход все члены экипажа «С-13» получили правительственные награды.
19 апреля 1943 года командиром «С-13» назначается капитан 3-го ранга Маринеско Александр Иванович (ранее командовал «М-96»)
В 1943 году немцы надежно перекрыли Финский залив минами и противолодочными сетями. 12 августа готовая к походу «С-13» перешла в Кронштадт, но, поскольку прорыв в открытую часть Балтики был невозможен, поход отменили, а 6 ноября субмарина встала на ремонт.
Только после выхода Финляндии из войны в сентябре 1944 года подводные лодки КБФ финскими шхерными фарватерами вновь получили возможность выходить на коммуникации противника. До октября 1944 года «С-13» проходила боевую подготовку. 1 октября субмарина вышла в свой следующий боевой поход. Утром 8 октября подводная лодка заняла позицию севернее полуострова Хель (позиция № 5). 9 октября «С-13» обнаружила и атаковала траулер «Зигфрид» (563 брт.), потратив на него впустую 4 торпеды. По докладу командира, заметив атаку (выпущено 3 торпеды), судно уклонилось от них резкой остановкой, четвертая торпеда прошла мимо, так как траулер увеличил ход. Подводники применили артиллерию (выпущено 39 100-мм и 14 45-мм снарядов), насчитав 11 попаданий. По докладу командира судно начало быстро тонуть. Посчитав дело сделанным, подводная лодка удалилась, но поврежденное судно все-таки сумело добраться до базы. (По некоторым данным, жертвой «С-13» стало учебное судно «Нордпол» в 363 брт., которое погибло.) 11 ноября «С-13» благополучно вернулась из похода.