На первом этапе вторжения немцы прекратили свое судоходство по Балтийскому морю, но спустя три недели, к 12 июля, восстановили его в полном объеме. Так что недостатка в целях не было. Фактическим итогом действий советских подводных лодок на Балтике в июне — июле 1941 года стали приговоры военных трибуналов о расстреле командиров «С-8» и «Щ-308». 1-я бригада была практически разгромлена, потеряв из своего состава к сентябрю 1941 года 13 подводных лодок из 24 числящихся в ее составе к началу войны.
Противник советских подводников. Минный заградитель «Руотсинсалми».
Фронт стремительно откатывался на восток. Обстановка на театре развивалась настолько быстро, что командиры лодок, выходя в море, не знали, в какую базу им придется возвращаться. В конце августа советские войска оставили Главную базу флота Таллин, а в сентябре немцы были уже у Ленинграда. Флот снова оказался запертым в «Маркизовой луже». Принимая во внимание сложившуюся ситуацию, командование КБФ приняло меры к переброске части подводных лодок на другие театры. Строящиеся «малютки» XV серии («М-200», «М-201», «М-202», «М-203», «М-204», «М-205» и «М-206») были по внутренним водным путям переведены в Астрахань, где к концу войны три из них удалось достроить. На Каспий были также перебазированы недостроенные «С-19», «С-20», «С-21» и экспериментальная «М-401». В Молотовск (ныне Северодвинск) переведены для достройки имевшие высокую степень готовности «Л-20» и «Л-22».
На Север были отправлены новейшие «К-22», «К-3», «С-101» и «С-102». Три последние успели в начальный период войны совершить по одному боевому походу на Балтике. «С-101» (командир капитан 3-го ранга Векке И. К.) 27 июня вышла на позицию в западной части Ирбенского пролива. В течение 17 суток лодка отлеживалась на грунте, лишь изредка всплывая под перископ. Противник не был обнаружен, При возвращении на-базу «С-101» подверглась атаке вражеского самолета. Две сброшенные им бомбы, к счастью, не взорвались, хотя летчик добился прямого попадания (бомба попала в барбет 100-мм орудия и пробила цистерну главного балласта). Итогом похода стал выговор командиру от командования за проявленную пассивность.
27 июля 1941 года «С-102» (командир Иванов Б. И.) вышла на позицию в Рижский залив. На борту подводной лодки в качестве обеспечивающего находился командир 2-го дивизиона капитан 2-го ранга Червинский В. А. 12 июля в районе южнее мыса Колкасрагс «С-1 02» единственный раз обнаружила противника. Это были корабли десантного соединения «Балтика». Малые глубины и прикрытие конвоя с воздуха помешали командиру лодки выйти в атаку. Тем не менее по возвращении лодки на базу ее командир был снят с должности.
«К-3» под командованием капитан-лейтенанта Малофеева К. И. 27 июля вышла в район западнее острова Борнхольм с задачей постановки мин. 1 августа подводная лодка достигла указанного района и, выполнив задачу, 8 августа благополучно вернулась на базу. По возвращении в Таллин при вскрытии минных цистерн обнаружилось, что ни одна мина из труб не вышла, несмотря на то, что все приборы внутри лодки показывали обратное.
Подобные описания первых боевых походов характерны для большинства подводных лодок КБФ в начальный период войны.
К переброске на Север предназначались также «С-7», «С-8», «С-9», «С-12», «С-13» и «Л-3», но с выходом немцев к Неве в конце августа переход по внутренним путям стал невозможен. Граничащий с самоубийством прорыв лодок через Датские проливы тоже вскоре отставили, понимая невозможность его проведения. (При проходе пролива Зунд глубина узкого фарватера составляла 8–9 м, поэтому подводным лодкам предстояло несколько часов идти в надводном положении, не имея возможности миновать линии противолодочного дозора противника.)
6 сентября подводные силы КБФ были реорганизованы. Все имеющиеся подводные лодки были сведены в одну бригаду (командир капитан 1-го ранга Египко Н. П., с 27 сентября — капитан 2-го ранга Трипольский А. В.).
1-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Трипольский А. В., с ноября капитан 2-го ранга Юнаков Е. Г.) включал в себя подводные лодки «С-4», «С-7», «С-8», «С-9», «С-12», «С-13» при плавбазе «Смольный».
2-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Полещук В. А.) состоял из подводных минных заградителей «Л-2», «Л-3», «Калев» и «Лембит» при плавбазе «Иртыш».
3-й дивизион (командир капитан 2-го ранга Червинский В. А.), в котором при плавбазе «Полярная Звезда» состояли «Щ-303», «Щ-304», «Щ-309», «Щ-310», «Щ-311», «Щ-405», «Щ-406».