Вечером 9 октября «Щ-318» получила приказ, занять сектор № 1 у Либавы. Но и здесь подводная лодка не смогла добиться успеха: 10 октября не состоялась атака по конвою — пропущен угол упреждения, 12 октября дважды из-за неправильного маневрирования «Щ-318» пропускала конвои противника мимо себя. 13 октября, днем, подводная лодка перешла для действий в район маяка Паппензее. 15 октября «Щ-318» выпустила торпеду по одиночной десантной барже, которая первоначально была принята за транспорт. Видимо, заметив след торпед, баржа изменила курс, и они прошли мимо цели. Продолжая оставаться в этом районе, «Щ-318» во время шторма в результате ударов о грунт повредила вертикальный руль. В ночь на 24 октября, находясь уже в секторе № 3 у Либавы, «Щ-318» не смогла атаковать одиночный транспорт из-за временного выхода из строя станции электродвигателей, после чего по вине личного состава еще дважды упускала цели.
Вечером 29 октября в 17 милях южнее Либавы подводная лодка атаковала транспорт из состава конвоя. Через 40 секунд после пуска торпед на «Щ-318» зафиксировали два взрыва и посчитали цель пораженной, но противник отрицает успех этой атаки. Сопровождавший конвой германский тральщик «М-256» наблюдал след торпеды, взрывы последовали из-за преждевременного срабатывания взрывателей НВС. В советских источниках жертвой этой атаки называют транспорт «Танн» (бывший голландский «Фобос» водоизмещением 7412 брт.), но данное судно погибло в этот же день на британской донной мине у острова Рюген. Днем 30 октября подводная лодка имела неоднократные контакты с кораблями противника, но не атаковала, а утром 31 октября, обнаружив вражескую субмарину, уклонилась от нее погружением. Вечером 1 ноября при попытке атаковать конвой «Щ-318» была обнаружена миноносцем «Т-3», который контратаковал подводную лодку, безрезультатно сбросив 8 глубинных бомб. В ночь на 4 ноября «Щ-318» в 10 милях западнее знака Бернату атаковала транспорт из состава конвоя. Выпущенные торпеды на пути к цели выскочили на поверхность, были обнаружены, и судно сумело уклониться от них.
5 ноября днем подводная лодка вновь повредила вертикальный руль и вечером 9 ноября была вынуждена, отойдя от берега, заниматься устранением повреждений. Продолжая крейсерство, вечером 10 ноября «Щ-318» случайно оказалась внутри ордера конвоя противника, но из-за темноты и плохих погодных условий атаковать не смогла.
Вечером 15 ноября «Щ-318» получила «добро» командования на возвращение на базу. 19 ноября подводная лодка прибыла в Турку, где встала на межпоходовый ремонт.
Следующий выход в море состоялся 11 января 1945 года, когда «Щ-318» вышла в район маяк Паппензее — Паланга (позиция № 2-новая), но в тот же день из-за неисправности механизмов вынуждена была вернуться. Исправив повреждения, на следующий день подводная лодка направилась на позицию и в ночь на 16 января была в указанном районе. За то время, пока «Щ-318» стояла в ремонте, противник значительно усилил свою противолодочную оборону в этом районе. Трижды подводная лодка имела встречи с кораблями и конвоями противника, но по разным причинам выйти в атаку не смогла. Вечером 1 февраля субмарина получила приказ переместиться на позицию на подходах к Либаве (позиция № 1), где в ночь на 3 февраля едва избежала столкновения с одиночным судном. Наконец, вечером 4 февраля «Щ-318» открыла счет. Командир подводной лодки наблюдал попадание торпед в два транспорта из состава конвоя по 6000 тонн каждый. Противник подтверждает гибель в этом районе танкера «Хиддензее» в 643 брт. Эскорт не преследовал лодку, и ей благополучно удалось уйти с места катастрофы.