28 августа «Щ-405» в составе отряда прикрытия совершила прорыв из Таллина в Кронштадт. На борту подводной лодки находились штаб и командование 2-й бригады ПЛ.
31 августа «Щ-405» перешла в Ленинград, где встала на ремонт на заводе № 194.
1 сентября командиром «Щ-405» стал капитан 2-го ранга Федотов Михаил Васильевич, бывший командиром 6-го дивизиона подводных лодок. (По данным М. Морозова, вступил в командование лодкой до таллинского перехода — 27 августа).
1 октября в командование подводной лодкой вступил капитан 3-го ранга Грачев Иван Васильевич, потерявший. свою «Щ-301» в ходе таллинского прорыва. 16 октября «Щ-405» завершила ремонт.
Всю первую блокадную зиму подводная лодка простояла в Ленинграде. Экипаж занимался боевой учебой, и к началу кампании 1942 года «Щ-405» считалась одной из самых боеготовых лодок флота.
В ночь на 8 июня «Щ-405» перешла в Кронштадт, откуда вечером 11 июня вышла к Лавенсари для дальнейшего следования в район Норчёпингской бухты (позиция № 4). До Шепелевского маяка подводную лодку сопровождал сторожевой катер. Здесь, согласно инструкции, подводная лодка легла на грунт, пережидая светлое время суток. С наступлением темноты «Щ-405» всплыла и в надводном положении продолжила движение. В ночь на 13 июня подводная лодка наблюдалась постом СНиС на острове Сескар. До Лавенсари оставалось несколько часов хода, но туда лодка так и не прибыла.
Днем 15 июня в четырех милях западнее Сескара (60°01′ с.ш./28°13′ в.д.) сторожевые катера подобрали из воды тела помощника командира подлодки капитан-лейтенанта М. С. Бакутина и старшего рулевого В. В. Жулепникова. Спустя сутки к берегу Сескара прибило труп командира «Щ-405» И. В. Грачева. Учитывая то, что на всех погибших были надеты капковые бушлаты, можно сделать вывод, что подводная лодка погибла, находясь в надводном положении. Так как ни финны, ни немцы не претендуют на потопление «Щ-405», а сама подводная лодка до сих пор не найдена, можно лишь предполагать о причинах ее гибели.
Поиск корабля, проведенный силами авиации, показал наличие большого масляного пятна в 3 милях северо-западнее банки Нагаева, в месте, где, как выяснилось после войны, немцы установили минное заграждение «Тигр». Кроме того, можно предположить повторение истории августа 1941 года с более трагическими последствиями. На подводной лодке в ее последнем походе было 40 членов экипажа.
2 боевых похода:
21.07.1941-15.08.1941.
11.06. 1942 — из похода не вернулась.
В торпедные атаки не выходила.
Щ-406 X-БИС СЕРИЯ
Головная подводная лодка X-бис серии. Заложена 31 декабря 1938 года на заводе № 194 в Ленинграде под стапельным номером 511. 17 декабря 1939 года спущена на воду и 7 мая 1941 года под заводским флагом передана КБФ. Через месяц подводная лодка вступила в строй и 28 июня 1941 года официально вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
Начало Великой Отечественной войны подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Максимова Владимира Васильевича в составе учебной бригады ПЛ в Кронштадте, где завершала программу испытаний. Степень технической готовности корабля составляла 98 %.
Уже 11 июля подводная лодка перешла в Таллин, откуда 13 июля, всего через 15 дней после вступления в состав флота, направилась в район Карлскрона — остров Борнхольм (позиция № 2). Патрулирование указанного района не принесло результата. Командир подводной лодки, видя неподготовленность экипажа, вел себя достаточно пассивно. Большую часть времени подводная лодка находилась на глубине 20–25 м достаточно далеко от берега, лишь изредка подвсплывая под перископ. Единственная встреча с противником произошла при возвращении на базу, когда в ночь на 2 августа в проливе Соэловяйн «Щ-406» обнаружила германскую «U-144». Подводные лодки уклонились друг от друга погружением, и утром 2 августа «Щ-406» благополучно прибыла в Триги. 5 августа подводная лодка перешла в Кронштадт, а затем в Ленинград.
Здесь «Щ-406» ждала смена командира. Подводя итоги ее первого похода, командование учло слабую подготовку экипажа подводной лодки. В сентябре 1941 года командиром «Щ-406» назначен капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3-го ранга, капитан 2-го ранга) Осипов Евгений Яковлевич.
Первую блокадную зиму «Щ-406» провела в Ленинграде, начав кампанию 1942 года в составе первого эшелона подводных лодок, выходивших на коммуникации противника. 14 июня подводная лодка перешла в Кронштадт, вечером 21 июня на Лавенсари, откуда в ночь на 24 июня вышла на позицию в район Стокгольма (позиция № 5).