Форсируя Финский залив, в ночь на 25 июня при уклонении от сторожевых кораблей противника «Щ-406» несколько раз ударялась о грунт, повредив в носовой части легкий корпус, а затем в районе банки Калбодагрунд подверглась атаке самолета. Бомбы взорвались неподалеку. На подводной лодке вышло из строя управление вертикальными и горизонтальными рулями, и нарушилась изоляция аккумуляторной батареи, повреждены перископы. Впрочем, один из перископов быстро исправил штурманский электрик старшина 2-й статьи Лапшонков. Для устранения повреждений субмарина была вынуждена лечь на грунт. Наконец, 28 июня, подводная лодка завершила форсирование Финского залива и спустя двое суток заняла указанный район. Тогда же «Щ-406» получила приказ включить в зону своих действий район позиции № 4 (Норчёпингская бухта).
Утром 6 июля в 5 милях севернее маяка Хевринге Осипов провел свою первую торпедную атаку по транспорту из состава конвоя. Через 2,5 минуты на подводной лодке слышали два взрыва и посчитали судно потопленным. Был атакован транспорт из состава конвоя под эскортом шведских кораблей. Торпеды взорвались, ударившись о скалу Геддан. Сторожевой корабль «Капарен» так же безуспешно сбросил на большом удалении от подводной лодки 9 глубинных бомб.
Спустившись южнее к маяку Херадшер, днем 7 июля с дистанции 8 кбт «Щ-406» вновь атаковала конвой. Через 1 минуту после пуска торпеды на подводной лодке был услышан взрыв большой силы. На субмарине посчитали цель пораженной. Ни германская, ни шведская сторона не указывают, какое судно подверглось нападению, соответственно не подтверждая успех атаки. Реальный успех пришел на следующий день. На исходе 8 июля «Щ-406» в 9 милях восточнее маяка Сандсенкан атаковала одиночное судно. Торпеда поразила германскую шхуну «Фидес» (545 брт.), которая удержалась на плаву только благодаря Находившемуся на борту грузу леса.
Шведы не раз протестовали по поводу атак шведских судов советскими подводными лодками. Не желая дальнейших инцидентов, нарком ВМФ СССР адмирал Н. Г. Кузнецов приказом от 14 июля запретил атаки в территориальных водах Швеции. Поскольку коммуникации противника проходили вдоль берега, подводным лодкам, развернутым у шведского побережья, было приказана перейти на новые позиции.
16 июля «Щ-406» перешла для действий в Аландское море, но и здесь суда под шведским флагом попали под удар, хотя по прибытии в новый район подводная лодка три раза по разным причинам отказывалась от атаки. Днем 22 июля в 13 милях западнее Мариенхамна «Щ-406» выпустила две торпеды по транспорту из состава конвоя. Услышав после пуска торпед два сильных взрыва, на «Щ-406» посчитали, что цель поражена. В действительности торпеды прошли вблизи шведского судна «Беле». Сопровождавшие конвой эсминцы «Норчёпинг», «Карлскрона» и сторожевик «Капарен», наводимые гидросамолетом, безрезультатно сбросили на подводную лодку 56 глубинных бомб.
Спустя три дня в 8 милях северо-восточнее маяка Симпнесклубб «Щ-406» выпустила две торпеды по конвою. На подводной лодке слышали два взрыва, но эскорт не преследовал лодку. Возможные жертвы нападения оставляют без комментариев данную атаку.
На подводной лодке подходили к концу топливо и продовольствие. 28 июля «Щ-406» начала возвращение на базу и 30 июля приступила к форсированию Финского залива. В ночь на 3 августа подводная лодка прибыла в Нарвский залив для встречи с катерами, которые должны были сопровождать возвращавшиеся с позиций подводные лодки «Щ-406» и «Щ-303» до базы. Командование Островного района не смогло должным образом организовать встречу, зато вместо наших катеров появились корабли противника, которые устроили охоту за подводными лодками. Осипов решил самостоятельно идти на Лавенсари, куда лодка прибыла вечером 7 августа. В ночь на 9 августа «Щ-406» ошвартовалась в Кронштадте.
Командование высоко оценило второй поход «Щ-406», засчитав на счет подводной лодки уничтожение 5 судов противника общим водоизмещением более 29 000 тонн. Командиру подводной лодки Е. Я. Осипову присвоили звание Героя Советского Союза, сам корабль награжден орденом Красного Знамени (оба приказа объявлены 23 октября 1942 года). Не был забыт и экипаж подводной лодки, удостоенный орденов и медалей.
После межпоходового ремонта «Щ-406» снова вышла в море в ночь на 21 октября. В это время на вражеских коммуникациях развертывался третий эшелон подводных лодок КБФ. В условленной точке эскорт оставил лодку, и она, погрузившись, направилась в северную часть Данцигской бухты (позиция № 2). К началу суток 24 октября «Щ-406» без особых происшествий завершила форсирование Финского залива и 26 октября заняла указанный район у маяка Брюстерорт. Уже вечером этого же дня подводной лодке представилась возможность атаковать. Из надводного положения «Щ-406» выпустила две торпеды по одиночному судну, водоизмещение которого Осипов оценил в 12 000 тонн. Одна торпеда затонула, задев за срез торпедного аппарата, другая попала в правый борт транспорта. На подводной лодке зафиксировали сильный взрыв и крен судна. Желая окончательно добить судно, через семь минут подводная лодка повторила атаку. Две выпущенные торпеды прошли мимо. Ни противник, ни нейтралы не комментируют эту атаку. Объект нападения также неизвестен. Во многих источниках жертвой этой атаки называют пароход «Меркатор» (4660 брт.), однако это судно по ошибке потоплено немецкой подводной лодкой «U-31» 1 декабря 1939 года в Бискайском заливе.