Продолжая патрулирование района, подводная лодка переместилась к маяку Стило, где днем 28 октября атаковала одиночно идущее судно. Торпеда прошла мимо. Осипов, опознав принадлежность судна Швеции, от повторной атаки отказался. Возможно, в этот день повезло шведскому пароходу «Тиланд». Вечером того же дня «Щ-406» обнаружила судно, оцененное командиром в 8000 тонн, шедшее без охранения. По нему был дан залп из двух торпед, но они прошли мимо. Подводная лодка начала преследование цели и около полуночи повторила атаку, но торпеду сбило с курса. Через полчаса была выпущена еще одна торпеда, которая попала в цель. Судно разломилось на две части и затонуло. Приблизившись к месту гибели транспорта (54°58′ с.ш./17°26′ в.д.), «Щ-406» подобрала из воды 7 человек. От них командир подводной лодки узнал, что на этот раз жертвой атаки субмарины стало шведское судно «Бенгт Стуре» (872 брт.), которое доставило в Данциг железную руду и возвращалось в Швецию с грузом угля. Капитан парохода Стурре Хедберг, первый штурман Ион-Арне Вальтер, второй штурман Пер-Ивар-Альфред Каппели, механик Густав Руслинд, матрос Нильс Фрик, кок Зекиль Телин и буфетчица Кетти-Мария фон Хамм взяты на борт подводной лодки. Остальные члены экипажа потопленного судна (8 человек) погибли.
Последнюю оставшуюся торпеду «Щ-406» использовала для атаки, которая произошла вечером 1 ноября в 8 милях севернее маяка Риксгафт. Финский параход «Агнесс» в 2983 брт. с грузом кокса пошел ко дну. Вместе с судном погибли 4 человека.
Оставшись без торпед, «Щ-406» начала возвращение на базу. Происшествий, за исключением двух случаев касания минрепов при прохождении минного заграждения «Зееигель», не было. 7 ноября «Щ-406» прибыла на Лавенсари, где передала пленных коменданту Островного района. Дальнейшие следы шведов теряются. Известно, что до декабря 1942 года они допрашивались разведотделом флота. По данным И. Г. Устименко, их видел в лагере для военнопленных № 7099 под Карагандой финн Хейно Йоента.
Вечером 10 ноября «Щ-406» прибыла в Ленинград для ремонта и зимней стоянки. К концу апреля 1943 года корабль был подготовлен к боевому походу. В ночь на 1 мая «Щ-406» совместно с «Щ-323» начала переход в Кронштадт. У выхода огражденной части Морского канала на «Щ-406», которая шла головной, вышел из строя гирокомпас. Подводные лодки поменялись местами. Вскоре «Щ-323» подорвалась на неконтактной мине и затонула. «Щ-406» прибыла в Кронштадт. В ночь на 25 мая субмарина перешла на Лавенсари для выхода на позицию, расположенную в северной части Данцигской бухты. 29 мая тральщики и сторожевые катера проводили «Щ-406» до точки погружения на Восточном Гогландском плесе.
Где и когда погибла «Щ-406» — неизвестно. 1 июня на подходе к Нарген-Поркалаудскому противолодочному рубежу авиационной разведкой была обнаружена и атакована советская подводная лодка. Ее атаковали финский минный заградитель «Риилахти» и германский самолет «Арадо-196». После сбрасывания глубинных бомб с лодки началось интенсивное выделение соляра и воздушных пузырей, на поверхности воды появились обломки дерева. Противник прослушивал взрывы на самой лодке. Масляное пятно в этом месте держалось несколько дней. В этот же день в районе острова Вайндло германская авиация и корабли 24-й десантной флотилии бомбили подводную лодку, наблюдая признаки ее вероятной гибели. В этот период силы ПЛО противника провели ряд атак по находившимся в этом районе кроме «Щ-406» подводным лодкам «Щ-303» и «Щ-408». Вполне вероятно, подводная лодка погибла на минах, количество которых в Финском заливе насчитывало более 20 000 штук. По вызывающим сомнения данным А. Широкорада, подводная лодка поднята противником 11 октября 1943 года. На борту «Щ-406» в ее последнем походе находилось 39 человек.