11 октября подводная лодка перешла в Ленинград для ремонта и зимней стоянки. К маю 1943 года ремонт «Щ-407» был завершен, субмарина, готовая к походу, перешла в Кронштадт, но так как вышедшие ранее подводные лодки так и не смогли преодолеть противолодочный рубеж противника в Финском заливе, выход на позицию отменили. 23 июня 1943 года командиром «Щ-407» стал капитан-лейтенант (впоследствии капитан 3-го ранга) Бочаров Павел Иванович, ранее командовавший тихоокеанской «Щ-123».
Вынужденный простой экипаж подводной лодки использовал для проведения боевой подготовки. Летом 1944 года «Щ-407» получила гидроакустическую станцию «Дракон-129».
Когда Финляндия подписала перемирие и проход подводных лодок КБФ в открытую часть Балтики стал возможен, «Щ-407» в числе первых вышла в Балтийское море. 2 октября из района Утё подводная лодка направилась к Мемелю (позиция № 4). На переходе в район действий в 35 милях западнее Либавы утром 5 октября «Щ-407» атаковала двумя торпедами транспорт «Леда» (594 брт.), идущий без эскорта. Одна из торпед, оснащенная неконтактным взрывателем НВС, взорвалась, пройдя всего 250 метров. Заметив след второй торпеды, атакованное судно уклонилось от нее, открыв по обнаруженной подводной лодке, находящейся в надводном положении, пушечно-пулеметный огонь. При срочном погружении «Щ-407» упала на грунт на глубине 70 метров — вышел из строя кингстон уравнительной цистерны.
В ночь на 6 октября подводная лодка прибыла на позицию. Цель не заставила себя ждать. Днем 6 октября в 44 милях северо-западнее Мемеля «Щ-407» атаковала транспорт из состава конвоя, шедшего из Виндавы в Готенхафен. Через минуту после пуска торпед на подводной лодке слышали сильные взрывы и треск. Торпеда поразила германское вспомогательное судно «Нордштерн» (бывшее «Минос») водоизмещением 1127 брт. На борту транспорта погибло 531 человек — члены экипажа и беженцы из Прибалтики. Заявленный в качестве жертвы атаки «Щ-407» транспорт «Нептун» (1594 брт.) на самом деле получил повреждения на британской донной мине западнее острова Рюген и в 1947 году передан Греции. После атаки субмарина два с половиной часа подвергалась атакам сопровождавшей конвой плавбатареи «SAT-18» («Остзее»), которая сама едва избежала торпеды. «Остзее» израсходовала 6 глубинных бомб, 60 ручных гранат и 117 105-мм снарядов, сама получив повреждения от взрывной волны и сотрясения орудий при стрельбе.
В ночь на 7 октября «Щ-407» отошла к побережью Готланда, где в 25 милях северо-восточнее маяка Хоборг атаковала одиночное судно. Торпеда, выпущенная лодкой, прошла мимо. Противник оставляет без комментариев эту атаку. Вероятно, атакованное судно шло под шведским флагом.
Утром 14 октября в 12 милях юга-западнее Мемеля «Щ-407» обнаружила корабли 2-й Боевой группы противника (крейсера «Лютцов» и «Принц Евгений», 3 эсминца, 4 миноносца), следующих для поддержки своих войск на полуострове Сырве. Из-за высокой скорости целей выйти в атаку подводная лодка не смогла. Спустя несколько часов «Щ-407» атаковала транспорт из состава конвоя. Торпеды прошли мимо канонерской лодки «LAT-24». В ответ эскорт почти час бомбил подводную лодку, сбросив на нее 155 глубинных бомб.
17 октября «Щ-407» получила разрешение командования на возвращение на базу. Утром 20 октября у острова Утё подводная лодка была встречена тральщиком и сопровождена в пролив Юнгфрунзунд. Поскольку договоренности с финнами о ремонте советских кораблей на финских верфях еще не было, подводная лодка направилась в Кронштадт, где прошла межпоходовый ремонт и докование.
Следующий выход в море «Щ-407» пришелся на 24 ноября. В этот день она вышла Лавенсари и направилась на Ханко. Вечером 28 ноября в районе Утё «Щ-407» погрузилась и направилась в северную часть Данцигской бухты (позиция № 5). В ночь на 2 декабря подводная лодка прибыла в район действий. Командир субмарины решил произвести самостоятельный поиск. Днем «Щ-407» в подводном положении прошла вдоль северного побережья косы Хель и проникла в Пуцкий залив. Опасность замысла заключалась в том, что в этом районе противник обладал значительными силами ПЛО, в дополнение к этому район активно минировался британской авиацией. Днем 4 декабря в 36 кбт южнее маяка Хейстернест подводная лодка обнаружила крупное судно, стоящее на якоре. Две выпущенные торпеды попали в цель. Спустя пять минут командир «Щ-407» мог видеть гибель транспорта. Жертвой торпед подводной лодки стал теплоход «Зеебург» (12 181 брт.), за два дня до этого подорвавшийся на британской мине. Судно использовалось в качестве корабля-цели для тренировок германских подводников. Следует отметить, что «Зеебург» стал третьим по водоизмещению транспортом (после «В. Густлова» и «Штойбена»), потопленным советскими подводниками в годы войны. Преследования не было, и подводная лодка без труда покинула место катастрофы. При выходе из залива «Щ-407» намотала на левый гребной вал кусок противолодочной сети. Освободиться от него своими силами экипаж подводной лодки не сумел. Вал пришлось остановить. Утром 5 декабря в 9 милях юго-западнее Пиллау субмарина выпустила 3 торпеды по одиночному транспорту, но промахнулась. Продолжать поход с такой неисправностью подводная лодка не могла и вечером 6 декабря была отозвана на базу. В ночь на 11 декабря «Щ-407» прибыла в Турку, где прошла доковый ремонт.