Днем 12 января 1945 года «Щ-407» вышла в район северо-западнее маяка Брюстерорт (позиция № 3). Погода и активизация сил ПЛО противника не способствовали удачному патрулированию. В ночь на 16 января подводная лодка заняла указанный район. Возможность атаковать представилась тем же вечером. Суда конвоя без труда уклонились от трех торпед, выпущенных подводной лодкой в условиях 6-балльного шторма (сопровождавший суда сторожевик «V-1704» наблюдал след двух торпед). Четвертая торпеда, приготовленная к пуску, не вышла из торпедного аппарата и выпала при дифферентовке спустя три часа после атаки. Подводная лодка продолжала оставаться на позиции, которая была несколько расширена до меридиана маяка Риксгафт. Возможность пополнить счет представилась только вечером 12 февраля, но суда конвоя уклонились от трех выпущенных подводной лодкой торпед. (Их след наблюдал торпедолов «TS-8».) Четвертая торпеда, подготовленная к пуску, снова не вышла из торпедного аппарата. Корабли эскорта конвоя сбросили на «Щ-407» 9 глубинных бомб, подводная лодка получила незначительные повреждения.
Израсходовав топливо, продовольствие и торпеды в носовых торпедных аппаратах, «Щ-407» вечером 17 февраля начала возвращение на базу и 21 февраля прибыла в Турку, где встала на межпоходовый ремонт.
19 апреля «Щ-407» вновь вышла в море для патрулирования в районе острова Борнхольм, но ничего, кроме шведских дозоров, не обнаружила. После подписания акта о капитуляции Германии подводная лодка получила приказ о возвращении на базу и вечером 13 мая прибыла в Турку. На этом участие «Щ-407» в боевых действиях подошло к концу.
9 июня 1949 года подводная лодка получила обозначение «С-407». 17 февраля 1956 года она была выведена из боевого состава и обращена в опытовую подводную лодку, а 19 января 1959 года субмарина исключена из списков ВМФ, расформирована и впоследствии разделана на металл в Лиепае.
5 боевых походов:
12.08.1942-28.09.1942.
28.09.1944-21.10.1944.
24.11.1944-11.12.1944.
12.01.1945-21.02.1945.
19.04.1945-13.05.1945.
10 торпедных атак (выпущено 23 торпеды). Потоплено 2 судна (13 308 брт.): «Нордштерн» (1127 брт., 06.10.1944) и «Зеебург» (12 181 брт., 04.12.1944).
Щ-408 X-БИС СЕРИЯ
Заложена 23 апреля 1939 года на заводе № 194 (им. Марти) в Ленинграде и 4 июня 1940 года спущена на воду. Начало Великой Отечественной войны подводная лодка встретила под командованием капитан-лейтенанта Кузьмина Павла Семеновича в составе учебной бригады ПЛ КБФ в Кронштадте. На корабле подходили к концу монтажные работы. Степень технической готовности субмарины составляла 80–82,7 %. 10 сентября 1941 года «Щ-408» вступила в строй и 22 сентября вошла в состав Краснознаменного Балтийского флота.
26 сентября 1941 года при переходе из Кронштадта в Ленинград лодка столкнулась в Морском канале с сетевым заградителем «Онега». В результате аварии на подводной лодке пробит прочный корпус, погнута тумба перископов. Субмарина была вынуждена вернуться на завод и встать на ремонт.
22 июня 1942 года, когда лодка стояла у стенки завода № 194, она вновь была повреждена в результате попадания двух снарядов. Через образовавшиеся пробоины внутрь корабля поступила вода. 5-й отсек был затоплен. Второй снаряд нанес повреждения в надстройке. Кораблю снова потребовался ремонт.
16 октября «Щ-408» перешла в Кронштадт. 25 октября у борта лодки взорвался 210-мм снаряд. Субмарина вновь получила 2 осколочные пробоины в прочном корпусе. 5 членов экипажа субмарины были ранены.