Увеличение в 1943 года состава авиационных сил флота позволило более широко организовать взаимодействие подводных лодок с разведывательной авиацией. Однако оно все еще носило эпизодический характер, так как воздушная разведка морских коммуникаций противника велась нерегулярно. Наведение подводных лодок на обнаруженные конвои осуществлялось путем передачи лодкам штабом флота данных о месте и элементах движения конвоев, обнаруженных воздушной разведкой. Трудности при наведении заключались в том, что разведывательная авиация действовала в основном в светлое время суток, когда подводные лодки находились в подводном положении и не могли вести радиоприем, поэтому полученные от самолетов данные репетовались штабом флота, в результате чего они нередко устаревали и лодки не могли их использовать. Всплытие же подводных лодок в светлое время суток для приема разведывательных данных от самолетов было сопряжено с риском обнаружения их противником.
К концу года установилась следующая организация во взаимодействии подводных лодок с разведывательной авиацией. Группа из нескольких подводных лодок заблаговременно развертывалась в районе ожидания, располагаясь в 25–30 милях от побережья (мористее минных заграждений). Никаких ограничений при их выходе на курс противника не давалось. Все подводные лодки были свободны в выборе района атаки. На позиции ожидания они держали связь с самолетами-разведчиками и береговой радиостанцией. С получением данных о движении конвоев противника подводные лодки рассчитывали курсы сближения и следовали на перехват конвоев. После атаки они должны были отходить в свои районы и ожидать новых донесений от самолетов. Атаки самостоятельно обнаруженных подводных лодок запрещались (исключая случаи, когда было очевидно, что это противник). Управление подводными лодками осуществлялось командиром бригады. В целях лучшей организации взаимодействия в штаб авиации высылался от бригады подводных лодок офицер связи.
Такая организация вылилась в новый метод боевого использования подводных лодок, названный впоследствии методом нависающей завесы. Преимущество действий по методу завесы заключалось в том, что во время ожидания противника лодки находились за пределами миноопасных районов. Они приближались к берегу лишь в том случае, когда авиация обнаруживала транспорты противника. При этом значительно снижалась возможность встречи лодок с минами, которые представляли для них основную опасность. Метод нависающей завесы, по существу, был методом группового использования подводных лодок, примененным в условиях Северного флота.
Для минных постановок использовались подводные минные заградители Л-15, Л-20, Л-22 и крейсерская лодка К-21. Ими выполнено 14 Боевых походов, выставлено 276 мин. Десять походов на постановку мин совмещались с решением других задач (действия на морских коммуникациях противника, высадка разведывательно-диверсионных групп на побережье противника и т. и.).
Наиболее успешно в 1943 г. действовала подводная лодка С-101 (командир капитан 3 ранга П.И.Егоров, с 23 июля – капитан 3 ранга Е.Н.Трофимов), выполнившая девять торпедных атак. Ею было потоплено и повреждено десять кораблей противника. Мастером торпедного удара проявил себя командир подводной лодки С-55 капитан 3 ранга Л.М.Сушкин. В трех атаках ему удалось поразить одним залпом по две цели. Смелостью и решительностью отличались боевые действия командира подводной лодки С-56 капитана 3 ранга Г.И.Щедрина.
В кампанию 1943 года его лодка совершила три боевых похода, выполнила шесть успешных торпедных атак, причем в двух из них одним залпом уничтожила по два вражеских корабля.
Эффективные торпедные атаки провели подводные лодки Щ-422 (командир капитан 3 ранга Ф.А.Видяев) и Щ-404 (командир капитан-лейтенант Г.Ф.Макаренков), потопившие по три транспорта и по одному сторожевому кораблю противника.
В общей сложности за год подводные лодки Северного флота, действуя на морских коммуникациях противника, совершили 103 Боевых похода, провели 81 торпедную атаку, из которых 80 оказались успешными, израсходовали 261 торпеду. Как и в предыдущие годы, подавляющее число атак (75) было выполнено по охраняемым конвоям. Стрельба торпедами выполнялась преимущественно четырех– и двухторпедными залпами. 29 действующих лодок потопили 49 транспортов и 19 кораблей. В среднем на один потопленный транспорт расходовалось пять торпед. Средняя дистанция стрельбы составляла 10,2 кабельтова.